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万見
- PDB-5i30: Crystal structure of the human astrovirus 2 neutralizing monoclon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i30
タイトルCrystal structure of the human astrovirus 2 neutralizing monoclonal antibody PL-2 Fab fragment at 1.9 A resolution
要素
  • Fab PL-2 heavy chain
  • Fab PL-2 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody Fab fragment
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bogdanoff, W.A. / DuBois, R.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI095369 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2016
タイトル: De Novo Sequencing and Resurrection of a Human Astrovirus-Neutralizing Antibody.
著者: Bogdanoff, W.A. / Morgenstern, D. / Bern, M. / Ueberheide, B.M. / Sanchez-Fauquier, A. / DuBois, R.M.
履歴
登録2016年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_ref_seq
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab PL-2 light chain
H: Fab PL-2 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4763
ポリマ－47,2542
非ポリマー2211
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.220, 170.470, 78.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体 Fab PL-2 light chain


分子量: 23680.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab PL-2 heavy chain


分子量: 23573.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: PEG 3350, ammonium phosphate monobasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→38.79 Å / Num. obs: 37834 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 17.45 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Num. measured all: 34428 / Num. unique all: 5395 / CC1/2: 0.825 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.036 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I) obs: 3.4 / Rejects: 0 / % possible all: 97.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXPHENIX1.10-2152精密化
MOSFLM3.3.21データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
Coot0.8.2モデル構築
PHASER6.5位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NCA

1nca


解像度: 1.9→38.788 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 1904 5.03 %
Rwork0.1796 --
obs0.1818 37831 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 80.32 Å2 / Biso mean: 23.952 Å2 / Biso min: 7.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→38.788 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3249 0 14 115 3378
Biso mean--73.18 24.26 -
残基数----424
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133402
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3364652
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079528
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8932038
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.94750.2531300.22182479260997
1.9475-2.00020.2261380.192504264297
2.0002-2.0590.20731420.18252529267197
2.059-2.12550.24771110.17682541265298
2.1255-2.20140.21491300.16582533266398
2.2014-2.28960.2091450.17532512265798
2.2896-2.39380.19861330.17882555268899
2.3938-2.51990.23641210.1772578269999
2.5199-2.67780.24381350.18732577271299
2.6778-2.88450.22661420.19482587272999
2.8845-3.17460.25561420.18832562270499
3.1746-3.63370.21841140.1812641275599
3.6337-4.57690.20111590.16452589274899
4.5769-38.79620.21621620.17432740290299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.8519 Å / Origin y: -25.9887 Å / Origin z: -10.3584 Å
111213212223313233
T0.1404 Å2-0.0238 Å20.0113 Å2-0.1194 Å20.0101 Å2--0.1624 Å2
L0.5321 °2-0.046 °2-0.4053 °2-0.1493 °2-0.1227 °2--0.8791 °2
S0.1058 Å °0.0026 Å °0.1814 Å °-0.0034 Å °-0.0313 Å °0.0294 Å °-0.2403 Å °0.0217 Å °-0.0339 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB1
2X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 212
3X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 222
4X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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