PDB-5i1j: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GERMLINE ANTIBODY IGHV5-51/IGKV3-11

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i1j

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GERMLINE ANTIBODY IGHV5-51/IGKV3-11

要素

FAB HEAVY CHAIN
FAB LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / MONOCLONAL ANTIBODY

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T. / Luo, J. / Gilliland, G.

引用

ジャーナル: Mabs / 年: 2016
タイトル: Structural diversity in a human antibody germline library.
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Luo, J. / Muzammil, S. / Sweet, R. / Almagro, J.C. / Gilliland, G.L.

履歴

登録	2016年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Database references
改定 1.2	2016年8月3日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i1j.cif.gz	96.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i1j.ent.gz	76 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i1j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5i1j_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i1j_full_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示
XML形式データ	5i1j_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	5i1j_validation.cif.gz	26.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i1j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i1j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i15C 5i16C 5i17C 5i18C 5i19C 5i1aC 5i1cC 5i1dC 5i1eC 5i1gC 5i1hC 5i1iC 5i1kC 5i1lC 4kmt C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dg2-2 6p9i-1 4pb9-d 3cfd-2 6d9g-2 7k8p-d 1it9-d 5it2-d 1hil-2 5tdp-1 6bi0-2 3nab-d 5l7x-d 6a0x-1 5vh3-1 6n16-1 6mqm-1 6bhz-2 3kym-5 2fjf-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: FAB LIGHT CHAIN

H: FAB HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.140, 73.830, 102.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	FAB LIGHT CHAIN 分子量: 23421.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	FAB HEAVY CHAIN 分子量: 24544.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS PH 8.5, 25% PEG 3350, 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月22日 / 詳細: VARIMAX HF
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 17286 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 27 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.281 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
REFMAC	5.5.0109	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.5→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.871 / SU B: 9.167 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.531 / ESU R Free: 0.302

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25764	871	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17734	-	-	-
obs	0.18132	16328	94.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3248	0	6	196	3450

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	3339
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.325	1.957	4543
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.103	5	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.977	24.409	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.218	15	535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.913	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0	0.021	2496
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.782	2	2126
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.984	4	3439
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	31.869	88	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	28.549	88	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.508→2.571 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	69	-
R_work	0.213	1121	-
obs	-	-	97.3 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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