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- PDB-5hzy: Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hzy
タイトルCrystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ - P6322
要素Uncharacterized protein RavZ
キーワードHYDROLASE / Autophagy / Atg8 / deconjugating enzyme / protease / Atg4B
機能・相同性
機能・相同性情報


host intracellular membrane-bounded organelle / protein delipidation / symbiont-mediated suppression of host autophagy / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / cysteine-type peptidase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / RavZ C-terminal PI3P-binding domain / RavZ catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine protease RavZ
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila strain Philadelphia 1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.548 Å
データ登録者Kwon, D.H. / Kim, L. / Kim, B.-W. / Hong, S.B. / Song, H.K.
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2017
タイトル: The 1:2 complex between RavZ and LC3 reveals a mechanism for deconjugation of LC3 on the phagophore membrane
著者: Kwon, D.H. / Kim, S. / Jung, Y.O. / Roh, K.H. / Kim, L. / Kim, B.-W. / Hong, S.B. / Lee, I.Y. / Song, J.H. / Lee, W.C. / Choi, E.J. / Hwang, K.Y. / Song, H.K.
履歴
登録2016年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32017年10月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein RavZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8051
ポリマ－52,8051
非ポリマー00
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18410 Å2
2
A: Uncharacterized protein RavZ

A: Uncharacterized protein RavZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,6112
ポリマ－105,6112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area33990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)219.272, 219.272, 65.853
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-627-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein RavZ


分子量: 52805.449 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 49-502 / 変異: C258S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila strain Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg1683 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZUV9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.8M Sodium Acetate trihydrate, 200mM NaCl / PH範囲: 4.0-5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.548→41.439 Å / Num. obs: 30876 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.6 % / Net I/σ(I): 47.61

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.548→41.439 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2135 2000 6.48 %
Rwork0.1788 --
obs0.181 30865 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.548→41.439 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3002 0 0 65 3067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093059
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0984131
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7241846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056467
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006525
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5483-2.61210.29141400.22932026X-RAY DIFFRACTION100
2.6121-2.68270.29611390.22171998X-RAY DIFFRACTION100
2.6827-2.76160.28041420.20872057X-RAY DIFFRACTION100
2.7616-2.85070.25711410.20742024X-RAY DIFFRACTION100
2.8507-2.95260.24071400.21332027X-RAY DIFFRACTION100
2.9526-3.07080.24691410.21352025X-RAY DIFFRACTION100
3.0708-3.21050.24721420.22052052X-RAY DIFFRACTION100
3.2105-3.37960.24111410.19832048X-RAY DIFFRACTION100
3.3796-3.59130.21231430.1782058X-RAY DIFFRACTION100
3.5913-3.86840.1931430.15832070X-RAY DIFFRACTION100
3.8684-4.25730.19671430.14822065X-RAY DIFFRACTION100
4.2573-4.87250.15141450.13852091X-RAY DIFFRACTION100
4.8725-6.13570.20991460.17022117X-RAY DIFFRACTION100
6.1357-41.4440.20131540.18432207X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.04990.0377-0.01123.006-0.71432.72880.0864-0.1004-0.0138-0.139-0.0389-0.17610.33550.0546-0.02970.45940.2258-0.08350.4237-0.03550.427561.554471.2023-8.6906
23.3731-0.7403-0.29271.68040.21292.6874-0.02910.2674-0.1473-0.0890.09480.04080.3235-0.2017-0.03080.32410.1105-0.01660.4302-0.00670.317251.178678.8664-21.4554
30.8974-0.26330.27321.1355-1.31271.9368-0.07080.0444-0.22740.02940.0562-0.03880.73110.0678-0.09580.76390.2667-0.05480.3289-0.02210.501162.801658.1232.8653
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 39 through 98 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 99 through 257 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 258 through 430 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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