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Yorodumi- PDB-5e1h: Ricin toxin in complex with neutralizing single chain monoclonal ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5e1h | ||||||
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Title | Ricin toxin in complex with neutralizing single chain monoclonal antibodies (VHHs) | ||||||
Components |
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Keywords | TOXIN/IMMUNE SYSTEM / Ricin toxin / VHHs / TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Ricinus communis (castor bean) Vicugna pacos (alpaca) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.032 Å | ||||||
Authors | Rudolph, M.J. / Vance, D. / Shoemaker, C. / Mantis, N. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Proteins / Year: 2016 Title: Structural analysis of nested neutralizing and non-neutralizing B cell epitopes on ricin toxin's enzymatic subunit. Authors: Rudolph, M.J. / Vance, D.J. / Cassidy, M.S. / Rong, Y. / Shoemaker, C.B. / Mantis, N.J. #1: Journal: To Be Published Title: Crystal structures of ricin toxin's enzymatic subunit (RTA) in complex with neutralizing and non-neutralizing single-chain antibodies Authors: Rudolph, M.J. / Mantis, N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5e1h.cif.gz | 168.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5e1h.ent.gz | 134 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5e1h.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/5e1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/5e1h | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28903.562 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ricinus communis (castor bean) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase | ||
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#2: Antibody | Mass: 13653.028 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vicugna pacos (alpaca) / Production host: Escherichia coli (E. coli) | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 5.5 Details: 100 mM BisTris pH 5.5, 25% PEG 3000, 260 mM NaCl, and 10 mM Tris (2carboxyethyl)phosphine hydrochloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-E / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 1, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: -k,-h,-l / Fraction: 0.04 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.03→50 Å / Num. obs: 24972 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.152 / Χ2: 0.89 / Net I/av σ(I): 11.396 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 148336 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.032→45.888 Å / FOM work R set: 0.7661 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.56 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.538 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 109.17 Å2 / Biso mean: 43.21 Å2 / Biso min: 14.89 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.032→45.888 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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