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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hry | ||||||
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タイトル | Computationally Designed Cyclic Dimer ank3C2_1 | ||||||
![]() | ank3C2_1 | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / Protein Design / Designed Oligomeric Interface | ||||||
機能・相同性 | Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cascio, D. / McNamara, D.E. / Fallas, J.A. / Baker, D. / Yeates, T.O. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Computational design of self-assembling cyclic protein homo-oligomers. 著者: Fallas, J.A. / Ueda, G. / Sheffler, W. / Nguyen, V. / McNamara, D.E. / Sankaran, B. / Pereira, J.H. / Parmeggiani, F. / Brunette, T.J. / Cascio, D. / Yeates, T.R. / Zwart, P. / Baker, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 443.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 371.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 486.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 495.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18012.885 Da / 分子数: 8 変異: K49A, E50K, K53L, S57E, K82A, E83V, K86A, S90M, Q91H, K115E, K119I, S123A, Q124M, L153V, K156D, Q157H 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21 NESG / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.11 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 200 mM MgCl2, 30% (v/v) PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→75.24 Å / Num. obs: 77138 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 34.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 11.63 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Computational model based on 4GMR 解像度: 2→75.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9377 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9265 / SU R Cruickshank DPI: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.198 / SU Rfree Blow DPI: 0.163 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.169
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原子変位パラメータ | Biso mean: 53.7 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.372 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→75.24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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