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- PDB-5hrz: Computationally Designed Trimer 1na0C3_3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hrz
タイトルComputationally Designed Trimer 1na0C3_3
要素TPR domain protein 1na0C3_3
キーワードDE NOVO PROTEIN / Protein Design / Designed Oligomeric Interface
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Cascio, D. / McNamara, D.E. / Fallas, J.A. / Baker, D. / Yeates, T.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1332907 米国
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2017
タイトル: Computational design of self-assembling cyclic protein homo-oligomers.
著者: Fallas, J.A. / Ueda, G. / Sheffler, W. / Nguyen, V. / McNamara, D.E. / Sankaran, B. / Pereira, J.H. / Parmeggiani, F. / Brunette, T.J. / Cascio, D. / Yeates, T.R. / Zwart, P. / Baker, D.
履歴
登録2016年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TPR domain protein 1na0C3_3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7051
ポリマ－14,7051
非ポリマー00
水25214
1
A: TPR domain protein 1na0C3_3

A: TPR domain protein 1na0C3_3

A: TPR domain protein 1na0C3_3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1163
ポリマ－44,1163
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area17830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.570, 83.570, 141.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細Trimer based on SEC-MALS and SAXS

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要素

#1: タンパク質 TPR domain protein 1na0C3_3


分子量: 14705.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21 NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M sodium malonate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→64.48 Å / Num. obs: 10656 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 45.92 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 20.88
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.15-2.229.20.6753.3197.8
2.2-2.260.5664.711100
2.26-2.330.4475.69199.9
2.33-2.40.3856.541100
2.4-2.480.3287.781100
2.48-2.570.21910.421100
2.57-2.660.1911.981100
2.66-2.770.1614.731100
2.77-2.90.11519.211100
2.9-3.040.09422.511100
3.04-3.20.07426.61199.8
3.2-3.40.05931.471100
3.4-3.630.05138.571100
3.63-3.920.04642.79199.8
3.92-4.290.04145.13199.8
4.29-4.80.03844.43199.5
4.8-5.540.04145.14199.7
5.54-6.790.04145.21100
6.79-9.60.03447.211100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Computational model based on 1NA0

1na0


解像度: 2.15→64.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9562 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU R Cruickshank DPI: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.146 / SU Rfree Blow DPI: 0.132 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.135
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 946 8.89 %RANDOM
Rwork0.18 9694 --
obs0.1821 10640 99.92 %-
原子変位パラメータBiso max: 115.81 Å2 / Biso mean: 48.28 Å2 / Biso min: 30.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.185 Å20 Å20 Å2
2--3.185 Å20 Å2
3----6.3699 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.256 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→64.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数971 0 0 14 985
Biso mean---55.85 -
残基数----122
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d347SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes39HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes138HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it991HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion121SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1100SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d991HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1342HARMONIC20.94
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.27
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.4 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2048 279 9.38 %
Rwork0.1954 2696 -
all0.1963 2975 -
obs--99.92 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.4942 Å / Origin y: 26.6282 Å / Origin z: -11.8166 Å
111213212223313233
T-0.0256 Å2-0.021 Å20.0217 Å2--0.096 Å20.0263 Å2---0.0561 Å2
L0.6016 °20.366 °20.0488 °2-4.9959 °20.5258 °2--1.3914 °2
S-0.0082 Å °-0.0351 Å °-0.0088 Å °0.2147 Å °-0.0137 Å °0.093 Å °0.1884 Å °-0.0794 Å °0.022 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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