+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5kwd | ||||||
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Title | Computationally Designed Symmetric Homotetramer | ||||||
Components | Ankyrin repeat-containing protein | ||||||
Keywords | DE NOVO PROTEIN / homooligomer / designed protein / ankyrin / repeat protein | ||||||
Function / homology | Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha Function and homology information | ||||||
Biological species | Metallosphaera yellowstonensis MK1 (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.75 Å | ||||||
Authors | Fallas, J.A. / Sankaran, B. / Zwart, P. / Baker, D. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Chem / Year: 2017 Title: Computational design of self-assembling cyclic protein homo-oligomers. Authors: Fallas, J.A. / Ueda, G. / Sheffler, W. / Nguyen, V. / McNamara, D.E. / Sankaran, B. / Pereira, J.H. / Parmeggiani, F. / Brunette, T.J. / Cascio, D. / Yeates, T.R. / Zwart, P. / Baker, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5kwd.cif.gz | 337 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5kwd.ent.gz | 283.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5kwd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5kwd_validation.pdf.gz | 454.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5kwd_full_validation.pdf.gz | 469 KB | Display | |
Data in XML | 5kwd_validation.xml.gz | 22.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5kwd_validation.cif.gz | 30.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/5kwd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/5kwd | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4gmrC 4gpmC 4hb5C 4hxtC 5hryC 5hrzC 5hs0C 5k7vC 5kbaC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17364.436 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Metallosphaera yellowstonensis MK1 (archaea) Gene: MetMK1DRAFT_00016260 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 2.1M DL-Malic acid pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 28, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.38→66.403 Å / Num. obs: 27140 / % possible obs: 97.13 % / Redundancy: 2 % / Net I/σ(I): 3 |
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.82 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.53 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.75→66.403 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 29
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.75→66.403 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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