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Yorodumi- PDB-4my3: Crystal Structure of GCN5-related N-acetyltransferase from Kribbe... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4my3 | ||||||
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Title | Crystal Structure of GCN5-related N-acetyltransferase from Kribbella flavida | ||||||
Components | GCN5-related N-acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta structure | ||||||
Function / homology | Function and homology information acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Kribbella flavida (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.57 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Mack, J. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of GCN5-related N-acetyltransferase from Kribbella flavida Authors: Kim, Y. / Mack, J. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4my3.cif.gz | 879.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4my3.ent.gz | 760.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4my3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4my3_validation.pdf.gz | 482.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4my3_full_validation.pdf.gz | 506.9 KB | Display | |
Data in XML | 4my3_validation.xml.gz | 79.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4my3_validation.cif.gz | 110.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4my3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4my3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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Details | hexamer as in the asymmetric unit |
-Components
#1: Protein | Mass: 42526.875 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Kribbella flavida (bacteria) / Strain: DSM 17836 / Gene: Kfla_4406 / Plasmid: pMCSG68 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 magic / References: UniProt: D2PVF8 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE AUTHOR STATES THAT THE N-TERMINAL SER ASN ALA ARE CLONING ARTIFACTS THAT ARE RESIDUAL OF THE ...THE AUTHOR STATES THAT THE N-TERMINAL SER ASN ALA ARE CLONING ARTIFACTS THAT ARE RESIDUAL OF THE CLEAVED HIS-TAG AND VAL IS AN EXPRESSION | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M MES pH 6.5, 10 %(w/v) PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97937 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 23, 2012 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97937 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.57→50 Å / Num. all: 90603 / Num. obs: 90603 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 39.98 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 8.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.57→2.61 Å / Redundancy: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 4461 / Rsym value: 0.792 / % possible all: 98.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.57→41.966 Å / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: mixed / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.05 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.57→41.966 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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