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- PDB-3ryo: Crystal Structure of Enhanced Intracellular Survival (Eis) Protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ryo
タイトルCrystal Structure of Enhanced Intracellular Survival (Eis) Protein from Mycobacterium tuberculosis with Acetyl CoA
要素Enhanced intracellular survival protein
キーワードTRANSFERASE / GNAT / Acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


effector-mediated defense to host-produced reactive oxygen species / symbiont-mediated perturbation of host inflammatory response / symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / Suppression of autophagy / symbiont-mediated suppression of host programmed cell death / aminoglycoside antibiotic catabolic process / aminoglycoside N-acetyltransferase activity / bacterial extracellular vesicle / symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / N-acetyltransferase activity ...effector-mediated defense to host-produced reactive oxygen species / symbiont-mediated perturbation of host inflammatory response / symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / Suppression of autophagy / symbiont-mediated suppression of host programmed cell death / aminoglycoside antibiotic catabolic process / aminoglycoside N-acetyltransferase activity / bacterial extracellular vesicle / symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / N-acetyltransferase activity / biological process involved in interaction with host / host cell cytoplasmic vesicle / protein-lysine-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / host extracellular space / response to antibiotic / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-acetyltransferase Eis / Enhanced intracellular survival protein domain / Eis-like, acetyltransferase domain / : / Sterol carrier protein domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / SCP2 sterol-binding domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily ...N-acetyltransferase Eis / Enhanced intracellular survival protein domain / Eis-like, acetyltransferase domain / : / Sterol carrier protein domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / SCP2 sterol-binding domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / N-acetyltransferase Eis / N-acetyltransferase Eis
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kim, K.H. / An, D.R. / Yoon, J.Y. / Kim, H.S. / Yoon, H.J. / Song, J. / Im, H.N. / Kim, J. / Kim, D.J. / Lee, S.J. ...Kim, K.H. / An, D.R. / Yoon, J.Y. / Kim, H.S. / Yoon, H.J. / Song, J. / Im, H.N. / Kim, J. / Kim, D.J. / Lee, S.J. / Kim, H.J. / Lee, J.Y. / Suh, S.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Mycobacterium tuberculosis Eis protein initiates suppression of host immune responses by acetylation of DUSP16/MKP-7
著者: Kim, K.H. / An, D.R. / Song, J. / Yoon, J.Y. / Kim, H.S. / Yoon, H.J. / Im, H.N. / Kim, J. / Kim, D.J. / Lee, S.J. / Kim, K.H. / Lee, H.M. / Kim, H.J. / Jo, E.K. / Lee, J.Y. / Suh, S.W.
履歴
登録2011年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enhanced intracellular survival protein
B: Enhanced intracellular survival protein
C: Enhanced intracellular survival protein
D: Enhanced intracellular survival protein
E: Enhanced intracellular survival protein
F: Enhanced intracellular survival protein
G: Enhanced intracellular survival protein
H: Enhanced intracellular survival protein
I: Enhanced intracellular survival protein
J: Enhanced intracellular survival protein
K: Enhanced intracellular survival protein
L: Enhanced intracellular survival protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)574,51724
ポリマ－564,80212
非ポリマー9,71512
水8,701483
1
A: Enhanced intracellular survival protein
B: Enhanced intracellular survival protein
C: Enhanced intracellular survival protein
D: Enhanced intracellular survival protein
E: Enhanced intracellular survival protein
F: Enhanced intracellular survival protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,25912
ポリマ－282,4016
非ポリマー4,8576
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30130 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area88490 Å2
手法PISA
2
G: Enhanced intracellular survival protein
H: Enhanced intracellular survival protein
I: Enhanced intracellular survival protein
J: Enhanced intracellular survival protein
K: Enhanced intracellular survival protein
L: Enhanced intracellular survival protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,25912
ポリマ－282,4016
非ポリマー4,8576
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30420 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area88060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.129, 150.190, 184.383
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Enhanced intracellular survival protein


分子量: 47066.848 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: eis, Rv2416c, MT2489, MTCY253.04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P71727, UniProt: P9WFK7*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.37 % / 解説: THE FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12%(w/v) PEG 3350, 300mM ammonium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 269936

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→29.937 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.62 / FOM work R set: 0.8348 / SU ML: 0.39 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2477 13184 5 %Random
Rwork0.1918 ---
obs0.1946 263856 93.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
溶媒モデル: 1. FLAT BULK SOLVENT MODEL 2. THE FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
Bsol: 20.532 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 170.02 Å2 / Biso mean: 40.1862 Å2 / Biso min: 11.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.34 Å20 Å2-4.503 Å2
2--2.0563 Å2-0 Å2
3---5.2837 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.937 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数36636 0 612 483 37731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00838100
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2351912
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0765772
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7414328
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7976-2.89750.32425710.2553112901186184
2.8975-3.01340.31036040.2202119231252789
3.0134-3.15040.29556270.2178120491267690
3.1504-3.31630.27096290.2039124461307593
3.3163-3.52380.25516430.1882125511319494
3.5238-3.79540.25167240.1864126441336895
3.7954-4.17640.23256930.1784127291342295
4.1764-4.77870.21556620.1621129181358096
4.7787-6.01260.22587330.185132461397999
6.0126-29.93910.23287060.1999135401424699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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