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- PDB-6axj: Crystal structure of the Yaf9 YEATS domain bound to H3K27ac -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6axj
タイトルCrystal structure of the Yaf9 YEATS domain bound to H3K27ac
要素
  • ALY-SER-ALA-PRO-ALA
  • Protein AF-9 homolog
キーワードTRANSCRIPTION / Epigenetic / Gene Regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


Swr1 complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / subtelomeric heterochromatin formation / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation ...Swr1 complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / subtelomeric heterochromatin formation / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / epigenetic regulation of gene expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / histone binding / chromosome, telomeric region / cadherin binding / chromatin remodeling / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / DNA repair / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YEATS domain / YEATS / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A ...YEATS domain / YEATS / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein AF-9 homolog / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.379 Å
データ登録者Klein, B.J. / Kutateladze, T.G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Yaf9 subunit of the NuA4 and SWR1 complexes targets histone H3K27ac through its YEATS domain.
著者: Klein, B.J. / Ahmad, S. / Vann, K.R. / Andrews, F.H. / Mayo, Z.A. / Bourriquen, G. / Bridgers, J.B. / Zhang, J. / Strahl, B.D. / Cote, J. / Kutateladze, T.G.
履歴
登録2017年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein AF-9 homolog
C: Protein AF-9 homolog
B: Protein AF-9 homolog
D: Protein AF-9 homolog
G: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
E: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
H: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
F: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,21322
ポリマ－81,9088
非ポリマー1,30514
水12,268681
1
A: Protein AF-9 homolog
E: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子

A: Protein AF-9 homolog
E: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子

A: Protein AF-9 homolog
E: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,56018
ポリマ－61,4316
非ポリマー1,12912
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area8790 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area23380 Å2
手法PISA
2
C: Protein AF-9 homolog
F: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子

C: Protein AF-9 homolog
F: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子

C: Protein AF-9 homolog
F: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,28415
ポリマ－61,4316
非ポリマー8539
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area7900 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area22740 Å2
手法PISA
3
B: Protein AF-9 homolog
G: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子

B: Protein AF-9 homolog
G: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子

B: Protein AF-9 homolog
G: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,53618
ポリマ－61,4316
非ポリマー1,10512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area9920 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area22400 Å2
手法PISA
4
D: Protein AF-9 homolog
H: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子

D: Protein AF-9 homolog
H: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子

D: Protein AF-9 homolog
H: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,26015
ポリマ－61,4316
非ポリマー8299
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area8680 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area22750 Å2
手法PISA
5
A: Protein AF-9 homolog
B: Protein AF-9 homolog
G: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
E: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子

A: Protein AF-9 homolog
B: Protein AF-9 homolog
G: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
E: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子

A: Protein AF-9 homolog
B: Protein AF-9 homolog
G: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
E: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,09636
ポリマ－122,86212
非ポリマー2,23424
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area21310 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area43180 Å2
手法PISA
6
C: Protein AF-9 homolog
D: Protein AF-9 homolog
H: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
F: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子

C: Protein AF-9 homolog
D: Protein AF-9 homolog
H: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
F: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子

C: Protein AF-9 homolog
D: Protein AF-9 homolog
H: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
F: ALY-SER-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,54330
ポリマ－122,86212
非ポリマー1,68218
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area19180 Å2
ΔGint-186 kcal/mol
Surface area42890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.318, 140.318, 129.054
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質
Protein AF-9 homolog


分子量: 19361.684 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 8-171 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YAF9, YNL107W, N1966 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53930
#2: タンパク質・ペプチド
ALY-SER-ALA-PRO-ALA


分子量: 1115.283 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 681 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.55 %
結晶化温度: 277.14 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 2.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.379→35.1 Å / Num. obs: 37536 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 11.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.379→35.079 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2269 2012 5.39 %
Rwork0.1787 --
obs0.1814 37345 98.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.379→35.079 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4845 0 80 681 5606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085090
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9646882
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.8643015
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065719
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006875
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.379-2.43850.31651410.24092471X-RAY DIFFRACTION97
2.4385-2.50440.32231470.24522553X-RAY DIFFRACTION99
2.5044-2.57810.31981400.22682525X-RAY DIFFRACTION99
2.5781-2.66120.3221450.22172510X-RAY DIFFRACTION99
2.6612-2.75630.26881440.212580X-RAY DIFFRACTION99
2.7563-2.86660.26831460.20932543X-RAY DIFFRACTION99
2.8666-2.9970.22161410.20242519X-RAY DIFFRACTION98
2.997-3.15490.26561470.19762518X-RAY DIFFRACTION98
3.1549-3.35250.22191420.17162549X-RAY DIFFRACTION98
3.3525-3.61110.22481450.16852503X-RAY DIFFRACTION98
3.6111-3.9740.1911450.1492537X-RAY DIFFRACTION98
3.974-4.5480.15711470.13822516X-RAY DIFFRACTION98
4.548-5.7260.19791400.14692514X-RAY DIFFRACTION98
5.726-35.08330.24211420.20492495X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8557-1.82240.32743.195-0.06271.2238-0.02150.1057-0.3965-0.61810.0501-0.14980.1187-0.0570.08740.3168-0.03330.01060.2968-0.04370.488765.216-30.688119.6274
25.1075-5.10014.68957.2318-1.8748.2882-0.4999-0.00130.86740.38170.74760.052-0.9566-0.97-0.29950.662-0.0028-0.04450.35710.15730.496158.45824.387714.5422
31.5984-1.07650.03466.46840.93732.93740.07490.0941-0.1505-0.1908-0.06130.068-0.1478-0.1071-0.00320.30090.0486-0.01920.30180.03250.289656.8826-17.320118.143
44.84534.02371.51034.87252.0161.3855-0.04520.0255-0.0645-0.6117-0.12380.58370.10170.08820.170.38380.068-0.06450.2971-0.02350.459361.2732-32.358316.5788
52.75766.1565-0.20037.77280.15261.54880.1057-0.30861.01330.0241-0.11910.4712-0.05860.03060.11470.32040.0250.02760.26930.01410.360664.14631.24229.5165
67.62272.45531.52443.99043.56143.18250.16591.2132-0.6529-0.1704-0.94271.11440.8868-0.99950.0830.6247-0.1186-0.04630.6681-0.07150.657237.13247.898324.2536
74.58463.1332-0.43623.4924-0.15492.8524-0.33230.1662-0.2107-0.4580.2408-0.09980.1975-0.07180.06040.3635-0.0325-0.00530.2424-0.02310.288356.350816.078526.5934
83.17593.3548-1.26023.4897-0.41852.03430.11390.03350.50060.0339-0.03820.2079-0.2277-0.0307-0.07560.3903-0.013-0.02720.29710.02260.274158.195723.786231.3763
95.67512.54510.9959.47750.61135.5578-0.67231.2934-0.0567-1.12540.4987-0.49210.54370.2975-0.110.4118-0.1930.09350.53770.02620.377477.067728.746122.1417
104.3799-4.56510.98845.8281-0.31371.62610.26310.2675-0.7074-0.1495-0.1960.13190.0624-0.0877-0.11260.3095-0.01960.00040.30230.01020.351364.1195-31.29341.2557
118.5563-6.0464-5.23475.41614.63324.09870.4173-0.7525-0.28370.1832-0.61850.4661-1.0204-0.8706-0.10170.66810.06920.07330.6239-0.0470.375137.1081-7.857246.4987
124.2621-2.88370.15884.5929-0.32972.2424-0.2655-0.15540.3180.43270.1527-0.2755-0.1341-0.01470.07890.37310.0355-0.01730.2431-0.02150.288658.7483-16.44244.1473
132.574-1.97811.01462.03460.77723.46670.48320.1553-0.87910.1308-0.31710.38440.2692-0.5797-0.26170.4971-0.05390.01640.3123-0.02750.412748.9084-21.935437.0027
146.4596-2.67273.20723.7123-0.62421.52560.32780.27540.08810.0648-0.04420.1840.06490.0154-0.1910.39480.0649-0.01690.27970.05860.28359.3582-28.997840.2226
158.7539-1.32651.45396.5493-0.84878.4296-0.6617-0.8484-0.11170.89280.1789-0.6708-0.58010.35020.33550.38370.1567-0.03350.38190.02950.415177.3256-28.650348.5138
160.25381.7182-0.17568.38890.07470.7033-0.058-0.09110.28680.09030.23220.0777-0.0903-0.0517-0.09020.32890.01770.02890.3558-0.04020.494765.126630.66351.143
172.96091.4023-3.24387.7323-3.89914.9276-0.64710.1406-1.1356-0.70440.68350.09281.7707-0.5709-0.48340.67910.06140.05480.39760.24820.605958.4307-4.470956.2631
181.24550.6993-0.65477.17950.69462.97210.1064-0.04790.21390.206-0.08020.12240.1564-0.14810.00920.2719-0.0518-0.0060.29450.03630.309556.950517.293552.6875
195.6342-3.5346-1.25445.19352.53662.3860.4136-0.04570.8138-0.7909-0.3896-0.7435-0.19070.3097-0.11260.3637-0.00790.060.36860.0040.448565.661225.400250.1285
207.71673.9506-3.79328.6579-0.02258.63860.1495-0.29050.65131.094-0.26370.46070.1064-0.2972-0.05270.5221-0.03340.12180.3531-0.05170.57757.05640.656958.5148
218.95494.43685.5433.3954.18675.1582-0.01320.41940.01210.02810.21641.42261.0909-1.06360.14510.4692-0.00660.03670.5670.00780.455939.2154-15.950832.8285
229.9508-7.1099-2.4275.2272.35289.80060.2578-1.39390.6544-0.09210.5262-0.3402-0.46661.3609-0.62280.6691-0.12510.01180.3903-0.05790.296264.2754-1.400728.2045
238.97535.93382.72476.02345.36676.89860.6910.74540.2230.11660.3233-0.96031.06111.6844-0.48360.55720.08530.05860.3760.02450.455764.35951.363442.7493
243.2636-1.6483-3.21152.73392.39793.52770.1597-0.80540.4652-0.02590.94460.8423-1.2895-0.9226-0.78890.57750.02310.00750.51390.01930.485339.198115.956438.0081
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 40 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 41 through 143 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 144 through 168 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 6 through 26 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 27 through 40 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 41 through 100 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 101 through 156 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 157 through 169 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 6 through 26 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 27 through 40 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 41 through 108 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 109 through 144 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 145 through 156 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 157 through 169 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 6 through 26 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 27 through 40 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 41 through 144 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 145 through 156 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 157 through 169 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 28 through 31 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 28 through 31 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resid 28 through 31 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 28 through 31 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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