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Yorodumi- PDB-3sb5: Zn-mediated Trimer of T4 Lysozyme R125C/E128C by Synthetic Symmet... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sb5 | ||||||
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Title | Zn-mediated Trimer of T4 Lysozyme R125C/E128C by Synthetic Symmetrization | ||||||
Components | Lysozyme | ||||||
Keywords | HYDROLASE / metal-mediated synthetic symmetrization / synthetic symmetrization | ||||||
Function / homology | Function and homology information viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterobacteria phage T4 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.46 Å | ||||||
Authors | Laganowsky, A. / Soriaga, A.B. / Zhao, M. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yeates, T.O. | ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2011 Title: An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization. Authors: Laganowsky, A. / Zhao, M. / Soriaga, A.B. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yeates, T.O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3sb5.cif.gz | 271.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3sb5.ent.gz | 221.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3sb5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/3sb5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/3sb5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3sb6C 3sb7C 3sb8C 3sb9C 3sbaC 3sbbC 3serC 3sesC 3setC 3seuC 3sevC 3sewC 3sexC 3seyC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules BACD
#1: Protein | Mass: 18532.299 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C54T, C97A, R125C, E128C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacteria phage T4 (virus) / Gene: E / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: P00720, lysozyme |
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-Non-polymers , 5 types, 222 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.19 Å3/Da / Density % sol: 61.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.2M Magnesium Chloride, 20% PEG 8000, 0.1M TRIS, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97949 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 24, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.45→80 Å / Num. obs: 34697 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 10.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.46→33.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9419 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9191 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0
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Displacement parameters | Biso max: 121.26 Å2 / Biso mean: 43.9078 Å2 / Biso min: 10.46 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.288 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.46→33.5 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.46→2.54 Å / Total num. of bins used: 17
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -42.2759 Å / Origin y: 44.3713 Å / Origin z: 20.0287 Å
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Refinement TLS group |
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