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Yorodumi- PDB-3sex: Ni-mediated Dimer of Maltose-binding Protein A216H/K220H by Synth... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sex | |||||||||
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Title | Ni-mediated Dimer of Maltose-binding Protein A216H/K220H by Synthetic Symmetrization (Form II) | |||||||||
Components | Maltose-binding periplasmic protein | |||||||||
Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / metal-mediated synthetic symmetrization / synthetic symmetrization | |||||||||
Function / homology | Function and homology information detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.95 Å | |||||||||
Authors | Zhao, M. / Soriaga, A.B. / Laganowsky, A. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yeates, T.O. | |||||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2011 Title: An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization. Authors: Laganowsky, A. / Zhao, M. / Soriaga, A.B. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yeates, T.O. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3sex.cif.gz | 306.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3sex.ent.gz | 245.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3sex.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/3sex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/3sex | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3sb5C 3sb6C 3sb7C 3sb8C 3sb9C 3sbaC 3sbbC 3serC 3sesC 3setC 3seuC 3sevC 3sewC 3seyC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40698.020 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: A216H, K220H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 / Gene: b4034, JW3994, malE / Plasmid: pMal-a1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: P0AEX9 #2: Polysaccharide | #3: Chemical | ChemComp-IOD / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 0.2M SODIUM IODIDE, 2.2M AMMONIUM SULFATE, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 11, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→63.659 Å / Num. obs: 56472 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 21.774 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 10.09 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95→63.659 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.93 / FOM work R set: 0.8505 / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.99 / Phase error: 21.97 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.17 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.588 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 59.66 Å2 / Biso mean: 14.8124 Å2 / Biso min: 0.94 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→63.659 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 17.3316 Å / Origin y: 19.5957 Å / Origin z: 23.0794 Å
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Refinement TLS group |
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