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- PDB-3ser: Zn-mediated Polymer of Maltose-binding Protein K26H/K30H by Synth... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ser | |||||||||
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Title | Zn-mediated Polymer of Maltose-binding Protein K26H/K30H by Synthetic Symmetrization | |||||||||
![]() | Maltose-binding periplasmic protein | |||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / metal-mediated synthetic symmetrization / synthetic symmetrization | |||||||||
Function / homology | ![]() detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhao, M. / Soriaga, A.B. / Laganowsky, A. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yeates, T.O. | |||||||||
![]() | ![]() Title: An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization. Authors: Laganowsky, A. / Zhao, M. / Soriaga, A.B. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yeates, T.O. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 286.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 231.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3sb5C ![]() 3sb6C ![]() 3sb7C ![]() 3sb8C ![]() 3sb9C ![]() 3sbaC ![]() 3sbbC ![]() 3sesC ![]() 3setC ![]() 3seuC ![]() 3sevC ![]() 3sewC ![]() 3sexC ![]() 3seyC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 4 molecules AC
#1: Protein | Mass: 40639.918 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: K26H, K30H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Polysaccharide | |
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-Non-polymers , 4 types, 100 molecules ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CA / | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 0.1M MES, 0.2M CALCIUM ACETATE, 20% (W/V) PEG 8000, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 16, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.35→64.154 Å / Num. obs: 35277 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 33.295 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 20.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.015 Å2 / ksol: 0.396 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 96.43 Å2 / Biso mean: 28.4773 Å2 / Biso min: 7.84 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→64.154 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -14.2587 Å / Origin y: -21.2166 Å / Origin z: -40.3863 Å
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Refinement TLS group |
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