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- PDB-1h8a: CRYSTAL STRUCTURE OF TERNARY PROTEIN-DNA COMPLEX3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h8a
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TERNARY PROTEIN-DNA COMPLEX3
要素
  • CAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA
  • DNA(5'-(*CP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*TP*TP*AP* AP*GP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*T)-3')
  • DNA(5'-(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*AP* AP*TP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*G)-3')
  • MYB TRANSFORMING PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION REGULATION / BZIP / V-MYB / C-MYB / AMV / C/EBP / AVIAN MYELOBLASTOSIS VIRUS / TRANSFORMING PROTEIN / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


granuloma formation / regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of sodium-dependent phosphate transport / CHOP-C/EBP complex / C/EBP complex / positive regulation of biomineral tissue development / myeloid cell development / integrated stress response signaling / T-helper 1 cell activation / hepatocyte proliferation ...granuloma formation / regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of sodium-dependent phosphate transport / CHOP-C/EBP complex / C/EBP complex / positive regulation of biomineral tissue development / myeloid cell development / integrated stress response signaling / T-helper 1 cell activation / hepatocyte proliferation / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / regulation of osteoclast differentiation / mammary gland epithelial cell differentiation / condensed chromosome, centromeric region / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of interleukin-6 production / mammary gland epithelial cell proliferation / histone acetyltransferase binding / positive regulation of interleukin-4 production / regulation of cell differentiation / ubiquitin-like protein ligase binding / Transcriptional Regulation by VENTX / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of fat cell differentiation / embryonic placenta development / positive regulation of osteoblast differentiation / brown fat cell differentiation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / ovarian follicle development / negative regulation of T cell proliferation / response to endoplasmic reticulum stress / liver regeneration / acute-phase response / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to amino acid stimulus / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / kinase binding / histone deacetylase binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear matrix / Transcriptional regulation of granulopoiesis / positive regulation of inflammatory response / neuron differentiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / negative regulation of neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / defense response to bacterium / immune response / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / host cell nucleus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CCAAT/enhancer-binding protein, chordates / : / Transcription regulator Wos2-domain / LMSTEN motif / C-myb, C-terminal / C-myb, C-terminal / : / Myb-like domain profile. / Basic region leucine zipper / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 ...CCAAT/enhancer-binding protein, chordates / : / Transcription regulator Wos2-domain / LMSTEN motif / C-myb, C-terminal / C-myb, C-terminal / : / Myb-like domain profile. / Basic region leucine zipper / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Homeodomain-like / SANT/Myb domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transforming protein Myb / CCAAT/enhancer-binding protein beta
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
AVIAN MYELOBLASTOSIS VIRUS (ニワトリ骨髄芽球症ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Tahirov, T.H. / Ogata, K.
引用
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystals of Ternary Protein-DNA Complexes Composed of DNA-Binding Domains C-Myb or V-Myb, C/Ebpalpha or C/Ebpbeta and Tom-1A Promoter Fragment
著者: Tahirov, T.H. / Inoue, T. / Sasaki, M. / Shiina, M. / Kimura, K. / Sato, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Kamiya, N. / Ogata, K.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of C-Myb DNA-Binding Domain in Free State: An Evidence for Binding of Na+ and Comparison with Solution Structure
著者: Tahirov, T.H. / Morii, H. / Uedaira, H. / Sasaki, M. / Sarai, A. / Adachi, S. / Park, S.Y. / Kamiya, N. / Ogata, K.
#3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: Structural Analyses of DNA Recognition by the Aml1/ Runx-1 Runt Domain and its Allosteric Control by Cbfbeta
著者: Tahirov, T.H. / Inoue-Bungo, T. / Morii, H. / Fujikawa, A. / Sasaki, M. / Kimura, K. / Shiina, M. / Sato, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Ishii, S. / Ogata, K.
履歴
登録2001年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation ...Data collection / Experimental preparation / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA
B: CAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA
C: MYB TRANSFORMING PROTEIN
D: DNA(5'-(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*AP* AP*TP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*G)-3')
E: DNA(5'-(*CP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*TP*TP*AP* AP*GP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2245
ポリマ－50,2245
非ポリマー00
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)109.860, 166.700, 39.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細OF C/EBP BETA AND MONOMER OF MYB TRANSFORMING PROTEINBOUND TO A DUPLEX DNA FRAGMENTFOR THE HETERO-ASSEMBLY DESCRIBED BY REMARK 350.

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要素

#1: タンパク質 CAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA / C/EBP BETA / NFIL-6


分子量: 9381.868 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 259-336 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PAR2156 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17676
#2: タンパク質 MYB TRANSFORMING PROTEIN / AMV V-MYB


分子量: 15483.731 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-128 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) AVIAN MYELOBLASTOSIS VIRUS (ニワトリ骨髄芽球症ウイルス)
プラスミド: PAR2156 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01104
#3: DNA鎖 DNA(5'-(*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*AP* AP*TP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*G)-3')


分子量: 8028.177 Da / 分子数: 1 / 断片: FRAGMENT FROM TOM-1A PROMOTER / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: DNA鎖 DNA(5'-(*CP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*TP*TP*AP* AP*GP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*T)-3')


分子量: 7948.129 Da / 分子数: 1 / 断片: FRAGMENT FROM TOM-1A PROMOTER / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細C/EBP BETA IS IMPORTANT TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR IN THE REGULATION OF GENES INVOLVED IN IMMUNE AND ...C/EBP BETA IS IMPORTANT TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR IN THE REGULATION OF GENES INVOLVED IN IMMUNE AND INFLAMMATORY RESPONSES. SPECIFICALL
配列の詳細NUMBERING OF AMV V-MYB AMINO ACID SEQUENCE WAS CHANGED IN ORDER TO MAKE THE COMPARISON WITH ...NUMBERING OF AMV V-MYB AMINO ACID SEQUENCE WAS CHANGED IN ORDER TO MAKE THE COMPARISON WITH STRUCTURES OF MOUSE C-MYB MORE CONVENIENT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
解説: LEUCINE ZIPPER OF C/EBP BETA AND C-MYB REPEAT 1 WERE EXCLUDED FROM STARTING MODEL.
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.04 M MAGNESIUM CHLORIDE, 20% V/V MPD, 0.05 M SODIUM CACODYLATE BUFFER PH 6.0 AT 24 DEGREES C
結晶化
*PLUS
温度: 297 K / pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Tahirov, T.H., (2001) Acta Crystallogr.,Sect.D, 57, 1655.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mMdithiothreitol1droppH6.8
210 %DNA1dropexcess
36.5-7.5 mg/mlprotein1drop
40.04 M1reservoirMgCl2
50.05 Msodium cacodylate1reservoirpH6.0
620 %(v/v)MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1.02
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月29日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.02 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 42104 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.868 % / Biso Wilson estimate: 67.5 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 23.9495
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 2.56 % / Mean I/σ(I) obs: 1.784 / Rsym value: 0.389 / % possible all: 94.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / Observed criterion σ(I): 0 / Num. measured all: 162864 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル
*PLUS
冗長度: 2.56 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.9位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H88

1h88


解像度: 2.23→19.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2363401.12 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. ATOMS C, O, N, CA AND CB ARE HARMONICALLY RESTRAINED DURING REFINEMENT WITH HARMONIC RESTRAINT CONSTANT OF 20 TWO DATA SETS WERE COLLECTED FROM ONE CRYSTAL. FIRST 120 ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. ATOMS C, O, N, CA AND CB ARE HARMONICALLY RESTRAINED DURING REFINEMENT WITH HARMONIC RESTRAINT CONSTANT OF 20 TWO DATA SETS WERE COLLECTED FROM ONE CRYSTAL. FIRST 120 IMAGES WERE OBTAINED WITH EXPOSURE TIME OF 200 SEC, OSCILLATION ANGLE OF 1 DEGREE AND CRYSTAL TO DETECTOR DISTANCE OF 240 MM. ANOTHER 60 IMAGES WERE OBTAINED WITH EXPOSURE TIME OF 30 SEC, OSCILLATION ANGLE OF 1.5 DEGREES AND CRYSTAL TO DETECTOR DISTANCE OF 420 MM.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 1765 4.9 %RANDOM
Rwork0.245 ---
obs0.245 35692 97.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.2952 Å2 / ksol: 0.282507 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 64.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.93 Å20 Å20 Å2
2---12.25 Å20 Å2
3---14.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.37 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2045 1060 0 171 3276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.19
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it6.191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.452
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it10.512.5
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 275 4.8 %
Rwork0.376 5429 -
obs--96 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg17.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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