PDB-5iqn: Crystal structure of the E. coli type 1 pilus subunit FimG (engin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iqn

タイトル

Crystal structure of the E. coli type 1 pilus subunit FimG (engineered variant with substitution Q134E; N-terminal FimG residues 1-12 truncated) in complex with the donor strand peptide DsF_SRIRIRGYVR

要素

Protein FimF
Protein FimG

キーワード

CELL ADHESION / Complex / Protein / FimGt

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus assembly / pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / cell adhesion
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1 Å

データ登録者

Giese, C. / Eras, J. / Kern, A. / Scharer, M.A. / Capitani, G. / Glockshuber, R.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Accelerating the Association of the Most Stable Protein-Ligand Complex by More than Two Orders of Magnitude.
著者: Giese, C. / Eras, J. / Kern, A. / Scharer, M.A. / Capitani, G. / Glockshuber, R.

履歴

登録	2016年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月10日	Group: Database references
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_conn_angle ...diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5iqn.cif.gz	202.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5iqn.ent.gz	165.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iqn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5iqn_validation.pdf.gz	446 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5iqn_full_validation.pdf.gz	446.8 KB	表示
XML形式データ	5iqn_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	5iqn_validation.cif.gz	28.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/5iqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/5iqn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5iqmC 5iqoC 3bfwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5iqo-1 5iqm-2 5iqm-1 5lp9-d 6s09-1 7dmd-d 5iqo-2 6hk5-2 4hqd-1 4gmr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein FimG

B: Protein FimF

F: Protein FimF

G: Protein FimG

ヘテロ分子

30.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein FimG

B: Protein FimF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Protein FimF

G: Protein FimG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	25.680, 52.880, 83.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.71, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein FimG 分子量: 13666.820 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 36-167 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: fimG, b4319, JW4282 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08190
#2: タンパク質・ペプチド	Protein FimF / DsF_SRIRIRGYVR 分子量: 1279.540 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 35-34 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P08189
#3: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MOPS-NaOH pH 6.8 (RT), PEG-1500, CoCl2, NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.8 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.96→50 Å / Num. obs: 133060 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 0.96→0.98 Å / R_merge(I) obs: 1.304 / R_pim(I) all: 1.304

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3bfw

3bfw

解像度: 1→25.384 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 13.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.146	5909	5 %
R_work	0.118	-	-
obs	0.1193	118186	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1→25.384 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2098	0	6	486	2590

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2459
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.419	3384
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.086	877
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	396
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	452

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1-1.0114	0.2714	191	0.2598	3627	X-RAY DIFFRACTION	98
1.0114-1.0233	0.2478	194	0.2488	3686	X-RAY DIFFRACTION	98
1.0233-1.0357	0.2603	195	0.2264	3707	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0357-1.0489	0.2461	194	0.2187	3682	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0489-1.0627	0.2383	196	0.2019	3731	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0627-1.0772	0.2157	196	0.1876	3718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0772-1.0926	0.1911	196	0.1692	3717	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0926-1.1089	0.1915	198	0.1576	3773	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1089-1.1262	0.1849	196	0.1451	3727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1262-1.1447	0.1639	195	0.1283	3705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1447-1.1644	0.1371	198	0.1258	3755	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1644-1.1856	0.17	195	0.1295	3714	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1856-1.2084	0.1666	199	0.1309	3768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2084-1.2331	0.151	197	0.1285	3756	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2331-1.2599	0.1606	196	0.1233	3715	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2599-1.2892	0.1592	198	0.1216	3767	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2892-1.3214	0.1622	196	0.1165	3710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3214-1.3572	0.1462	199	0.1146	3788	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3572-1.3971	0.145	196	0.1107	3719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3971-1.4422	0.145	197	0.1098	3757	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4422-1.4937	0.1502	197	0.1088	3743	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4937-1.5535	0.1348	197	0.1013	3745	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5535-1.6242	0.1325	199	0.0998	3766	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6242-1.7098	0.1384	199	0.1	3784	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7098-1.8169	0.1212	197	0.0986	3755	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8169-1.9572	0.1221	199	0.1018	3766	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9572-2.154	0.1179	198	0.0992	3766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.154-2.4655	0.1223	198	0.1062	3768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4655-3.1054	0.1429	200	0.1138	3803	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1054-25.3922	0.1349	203	0.1074	3859	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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