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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5h7c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a repeat protein with two Protein A-DHR14 repeat modules | ||||||
![]() | Immunoglobulin G-binding protein A, DHR14 | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / DE NOVO PROTEIN / synthetic protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Youn, S.J. / Kwon, N.Y. / Lee, J.H. / Kim, J.H. / Lee, H. / Lee, J.O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Construction of novel repeat proteins with rigid and predictable structures using a shared helix method. 著者: Youn, S.J. / Kwon, N.Y. / Lee, J.H. / Kim, J.H. / Choi, J. / Lee, H. / Lee, J.O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 325.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 270.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 449.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5h75C ![]() 5h76C ![]() 5h77C ![]() 5h78C ![]() 5h79C ![]() 5h7aC ![]() 5h7bC ![]() 5h7dC ![]() 5x3fC ![]() 5xbyC ![]() 4zncS ![]() 5cwhS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 45366.309 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 215-267,219-267 / 変異: 10 mutations / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: spa / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.93 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.0, 33.75%(w/v) PEG MME 2000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 30168 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 1.8 % / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) all: 1.59 / % possible all: 94.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4ZNC, 5CWH 解像度: 2.7→29.052 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 29.87
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.052 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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