PDB-5h7a: Crystal structure of a repeat protein with four Protein A repeat ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h7a

タイトル

Crystal structure of a repeat protein with four Protein A repeat module

要素

Immunoglobulin G-binding protein A

キーワード

IMMUNE SYSTEM / synthetic protein

機能・相同性

機能・相同性情報

IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Youn, S.J. / Kwon, N.Y. / Lee, J.H. / Kim, J.H. / Lee, H. / Lee, J.O.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Construction of novel repeat proteins with rigid and predictable structures using a shared helix method.
著者: Youn, S.J. / Kwon, N.Y. / Lee, J.H. / Kim, J.H. / Choi, J. / Lee, H. / Lee, J.O.

履歴

登録	2016年11月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h7a.cif.gz	884.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h7a.ent.gz	745.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h7a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5h7a_validation.pdf.gz	539.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5h7a_full_validation.pdf.gz	584.8 KB	表示
XML形式データ	5h7a_validation.xml.gz	78.9 KB	表示
CIF形式データ	5h7a_validation.cif.gz	107.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/5h7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/5h7a	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5h75C 5h76C 5h77C 5h78C 5h79C 5h7bC 5h7cC 5h7dC 5x3fC 5xbyC 4zncS 5cocS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3mc8-d 1p5o-d 5le7-2 1lrv-d 1p5p-d 5le7-3 5njl-d 1b3j-d 6o2u-1 1h9m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4)

登録構造単位

C: Immunoglobulin G-binding protein A

A: Immunoglobulin G-binding protein A

D: Immunoglobulin G-binding protein A

B: Immunoglobulin G-binding protein A

E: Immunoglobulin G-binding protein A

F: Immunoglobulin G-binding protein A

G: Immunoglobulin G-binding protein A

H: Immunoglobulin G-binding protein A

I: Immunoglobulin G-binding protein A

J: Immunoglobulin G-binding protein A

K: Immunoglobulin G-binding protein A

L: Immunoglobulin G-binding protein A

262 kDa, 12 ポリマー
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1

C: Immunoglobulin G-binding protein A

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Immunoglobulin G-binding protein A

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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3

D: Immunoglobulin G-binding protein A

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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4

B: Immunoglobulin G-binding protein A

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Immunoglobulin G-binding protein A

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Immunoglobulin G-binding protein A

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Immunoglobulin G-binding protein A

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Immunoglobulin G-binding protein A

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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9

I: Immunoglobulin G-binding protein A

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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10

J: Immunoglobulin G-binding protein A

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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11

K: Immunoglobulin G-binding protein A

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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12

L: Immunoglobulin G-binding protein A

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.406, 80.804, 130.334
Angle α, β, γ (deg.)	89.83, 89.62, 90.12
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	Immunoglobulin G-binding protein A / IgG-binding protein A / Staphylococcal protein A 分子量: 21839.090 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP RESIDUES 215-263, 219-263, 219-263, 219-267 / 変異: G59A, G104A, G149A, G194A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: spa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38507
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: 抗体

Immunoglobulin G-binding protein A / IgG-binding protein A / Staphylococcal protein A

分子量: 21839.090 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP RESIDUES 215-263, 219-263, 219-263, 219-267 / 変異: G59A, G104A, G149A, G194A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: spa / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38507

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.92 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.5, 43.2% (w/v) PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 65235 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 1.9 % / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZNC, 5COC

4znc

5coc

解像度: 2.7→34.297 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 36.07

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2846	2091	3.31 %
R_work	0.2461	-	-
obs	0.2473	63217	94.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→34.297 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18092	0	0	317	18409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	18367
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.822	24814
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.012	11599
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	2684
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3440

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1856	1.6238	2.8403	0.528	0.9018	1.5617	0.261	-0.3527	-0.4247	0.1572	-0.1505	0.0728	0.2603	-0.0013	-0.1478	0.2627	0.0518	0.0949	0.3388	0.0008	0.3578	48.046	2.5751	20.4588
2	1.9593	-0.136	0.0988	0.4527	-0.2259	0.3886	0.1055	-0.7507	0.2513	-0.2062	-0.2253	0.1856	0.4529	-0.0383	-0.0069	-0.4985	-0.2116	-0.0111	0.4836	0.1369	0.3418	34.7	3.5881	24.6795
3	3.0483	1.1388	0.5515	2.5253	0.6452	1.9579	-0.2139	-0.3502	-0.1898	-0.0684	0.0417	0.0574	-0.0846	0.0394	0.1717	0.1175	0.0197	0.0145	0.2261	-0.0201	0.1802	12.4153	-7.2325	22.8112
4	1.8441	0.3384	0.6001	1.7674	0.7083	2.9889	0.1448	-0.2714	-0.4795	0.0018	-0.133	-0.2254	-0.1355	-0.102	-0.011	0.1636	-0.0205	-0.0265	0.213	0.0236	0.3361	0.5177	-24.145	10.0682
5	1.3426	-0.2975	0.0291	1.4179	-0.9223	3.3588	-0.2322	-0.0206	-0.3283	0.1397	-0.159	-0.027	-0.0753	-0.1084	0.3553	0.1405	0.0031	0.044	0.2795	0.0086	0.3308	0.9492	-32.6736	-9.9003
6	2.5965	0.9236	0.1257	0.6589	0.0678	0.1241	-0.046	-0.2917	-0.0714	0.0537	-0.0683	-0.0185	0.0204	0.0432	0.0973	0.2017	-0.0217	-0.0044	0.347	-0.0179	0.2743	27.3739	34.1125	-42.5462
7	0.8612	0.4113	0.6651	0.8786	0.5004	1.5823	-0.077	-0.0851	-0.1307	0.1273	-0.2924	0.3231	0.1387	-0.3071	0.3616	0.2074	-0.0008	0.0268	0.3284	-0.0064	0.6255	0.1787	7.5753	-63.984
8	1.987	-0.4307	-0.4783	0.5817	0.2686	0.6327	0.0621	0.0681	0.0864	-0.0081	-0.0655	-0.1363	-0.0817	0.1178	0.0054	0.1282	-0.0191	-0.072	0.334	0.053	0.3592	8.6464	-15.6818	-9.328
9	2.4588	0.7013	-0.4927	2.5251	-0.5449	2.0366	0.1499	-0.3994	0.4911	0.2023	-0.012	-0.0136	-0.5953	0.0162	-0.1016	0.3213	-0.0331	0.0134	0.3309	-0.157	0.4403	-17.6783	-14.5298	16.9666
10	2.9303	-0.9681	-0.2241	2.6173	0.9257	2.944	-0.1982	-0.7198	0.5455	0.3096	0.2201	0.104	-0.1765	0.0881	-0.0257	0.2739	0.024	0.0167	0.4915	0.0099	0.3944	-16.7388	-30.4342	33.0796
11	2.3967	-0.6769	-1.8243	0.2275	0.5362	1.4797	0.1945	-0.5491	0.4418	0.0568	0.094	0.3219	-0.4371	0.3275	0.0691	-0.628	0.1332	-0.1854	0.4584	0.2033	0.7114	29.3393	14.6235	-76.3611
12	1.968	-0.3706	-1.6242	1.6401	0.0546	2.4244	0.3311	0.5498	-0.0469	0.1213	0.0343	0.0101	-0.0196	0.6113	-0.1939	-0.0393	-0.0201	0.0858	0.5652	-0.1105	0.602	19.0469	14.6396	-83.7146
13	3.2477	0.7781	-0.201	1.1626	0.2144	0.806	0.0451	-0.0825	0.117	0.2339	0.2784	-0.3286	-0.1707	0.3697	-0.163	-0.0545	0.0408	0.1062	0.4714	-0.1602	0.7186	12.9481	20.685	-76.7313
14	2.6619	0.5991	-0.473	2.8343	-0.7141	3.979	-0.1324	0.8102	0.3136	-0.2902	0.0793	0.0603	0.2359	0.027	0.1955	0.204	-0.0022	0.0112	0.3764	0.0807	0.3466	-4.8735	22.306	-76.3381
15	1.9241	0.5533	-0.6249	0.6436	-0.2972	1.3652	0.2043	-0.0637	0.1008	0.1509	0.2391	-0.4664	0.2387	-0.2263	-0.089	-0.4421	-0.6319	-0.2588	0.0713	-0.1503	0.3597	-8.4709	23.0625	-63.8362
16	2.1009	-0.0547	-0.7409	2.4239	-1.1242	2.7402	0.0193	-0.0105	0.301	-0.3528	0.0506	0.1943	-0.0942	-0.3396	-0.2331	0.3046	-0.039	-0.0771	0.2927	0.0013	0.2382	-21.3141	24.7125	-53.0947
17	0.3389	-0.2244	-0.5046	0.6326	-0.2268	0.983	0.0585	-0.2407	0.2316	0.0255	0.1061	0.2087	0.0375	0.0246	-0.1035	0.2722	-0.062	-0.1218	0.376	0.0321	0.2074	-16.7762	13.34	-36.9308
18	3.0154	-0.9343	1.3083	0.2846	-0.4374	0.5693	0.1395	0.1841	-0.5029	0.2418	0.2484	0.2291	0.2155	-0.1843	-0.1369	0.1398	-0.0758	0.0589	0.4275	0.0516	0.4988	11.2106	42.9463	-19.0376
19	2.6946	0.0103	0.1017	1.2177	0.086	0.1017	0.0285	0.5269	0.1779	0.0614	-0.1601	0.3753	0.0619	0.0553	0.1383	0.1674	-0.0137	-0.0596	0.4336	-0.0259	0.2142	19.4293	43.7686	-24.5807
20	1.5117	-1.5356	1.2204	2.1846	-2.0356	4.2999	0.1254	0.36	0.2987	-0.0556	-0.0252	-0.0349	-0.397	0.032	-0.0519	0.2392	-0.0443	0.0781	0.3393	0.0904	0.3207	41.8644	38.7748	-24.4149
21	3.582	-1.741	0.9449	1.9744	-0.4197	1.7116	-0.1593	0.1257	-0.197	-0.1267	-0.3324	0.1239	0.4618	0.04	0.0734	0.2045	-0.1851	-0.2037	0.3999	0.0914	-0.3616	42.037	28.7348	-20.8713
22	0.9348	0.2957	0.7705	1.8014	0.1666	5.3696	-0.0272	0.1311	0.023	-0.3378	-0.1757	-0.0686	0.0824	0.7301	0.2313	0.1447	0.027	0.0188	0.2806	0.0561	0.361	56.9305	18.4561	-13.8417
23	1.7901	-0.6218	2.2067	0.8687	-0.831	4.8764	-0.127	0.1062	0.0903	-0.2261	-0.1898	0.121	-0.1713	0.2855	0.2843	0.1843	-0.0341	-0.0663	0.2423	0.0837	0.348	51.9287	14.689	-5.2602
24	2.619	-0.8249	-0.253	2.3216	-0.6628	1.3125	0.1306	0.0808	-0.1621	-0.065	-0.0458	0.1032	0.1492	0.4552	-0.0314	0.1155	-0.0756	0.0121	0.297	-0.0699	0.2716	57.7573	6.0454	10.3856
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65	1.567	0.9959	0.4378	2.9792	0.0954	2.2153	0.0817	-0.2732	0.2635	0.4199	-0.0118	-0.1451	0.1042	0.4122	-0.1448	0.2125	-0.0066	0.0335	0.3521	0.0721	0.3235	20.4389	-15.9378	53.9955
66	0.5275	-0.5606	-0.9304	0.8936	1.2468	1.8058	0.0822	0.1912	0.2457	-0.3822	0.0265	-0.0037	-0.4013	-0.0815	0.0005	0.3376	0.022	-0.1313	0.453	0.1358	0.3586	15.2991	-21.0404	46.2485
67	1.4798	-0.0548	-0.4069	2.9882	0.7079	1.4769	0.2059	0.0966	0.0952	-0.3404	0.079	-0.2483	-0.5061	-0.1328	-0.2926	0.3582	-0.0978	-0.0014	0.3976	0.1125	0.2653	16.8036	-30.8659	31.7725

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 33 through 48 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 49 through 93 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 94 through 138 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 139 through 183 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 184 through 221 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 34 through 137 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 138 through 221 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 34 through 138 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 139 through 183 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 184 through 221 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 33 through 48 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 49 through 67 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 68 through 93 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 94 through 115 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 116 through 138 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 139 through 157 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 158 through 221 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 35 through 53 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 54 through 93 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 94 through 112 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 113 through 137 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 138 through 157 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 158 through 183 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 184 through 202 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 203 through 221 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 34 through 53 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 54 through 67 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 68 through 93 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 94 through 112 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 113 through 137 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 138 through 157 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 158 through 183 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 184 through 202 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 203 through 221 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 34 through 93 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 94 through 112 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 113 through 137 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 138 through 221 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 35 through 138 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 139 through 188 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 189 through 221 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'I' and (resid 34 through 47 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'I' and (resid 48 through 67 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'I' and (resid 68 through 98 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'I' and (resid 99 through 137 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'I' and (resid 138 through 143 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'I' and (resid 144 through 157 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'I' and (resid 158 through 183 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'I' and (resid 184 through 221 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'J' and (resid 35 through 137 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'J' and (resid 138 through 157 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'J' and (resid 158 through 221 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'K' and (resid 35 through 48 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'K' and (resid 49 through 93 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'K' and (resid 94 through 113 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'K' and (resid 114 through 136 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'K' and (resid 137 through 157 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'K' and (resid 158 through 183 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'K' and (resid 184 through 221 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'L' and (resid 36 through 48 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'L' and (resid 49 through 67 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'L' and (resid 68 through 93 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'L' and (resid 94 through 115 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'L' and (resid 116 through 137 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'L' and (resid 138 through 157 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'L' and (resid 158 through 183 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'L' and (resid 184 through 221 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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