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- PDB-5h79: Crystal structure of a repeat protein with three Protein A repeat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h79
タイトルCrystal structure of a repeat protein with three Protein A repeat module
要素Immunoglobulin G-binding protein A
キーワードIMMUNE SYSTEM / synthetic protein
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily ...Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Youn, S.J. / Kwon, N.Y. / Lee, J.H. / Kim, J.H. / Lee, H. / Lee, J.O.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Construction of novel repeat proteins with rigid and predictable structures using a shared helix method.
著者: Youn, S.J. / Kwon, N.Y. / Lee, J.H. / Kim, J.H. / Choi, J. / Lee, H. / Lee, J.O.
履歴
登録2016年11月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Immunoglobulin G-binding protein A
C: Immunoglobulin G-binding protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0642
ポリマ－33,0642
非ポリマー00
水30617
1
D: Immunoglobulin G-binding protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5321
ポリマ－16,5321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Immunoglobulin G-binding protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5321
ポリマ－16,5321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.689, 46.614, 74.311
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein A / IgG-binding protein A / Staphylococcal protein A


分子量: 16532.178 Da / 分子数: 2
断片: UNP RESIDUES 217-263,UNP RESIDUES 219-263,UNP RESIDUES 219-268
変異: G59A, N131A, G149A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: spa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38507
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.27 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.5, 13.5%(w/v) PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 10513 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZNC, 5COC

4znc

5coc


解像度: 2.7→28.018 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 33.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2778 500 4.77 %
Rwork0.2298 --
obs0.2321 10491 97.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→28.018 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2265 0 0 17 2282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032298
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.633106
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1291456
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038337
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005432
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6968-2.96790.37951250.31892347X-RAY DIFFRACTION92
2.9679-3.39670.3431250.28722538X-RAY DIFFRACTION99
3.3967-4.2770.29821250.20462539X-RAY DIFFRACTION99
4.277-28.01940.22041250.20772567X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3851-1.4528-2.34891.21610.27282.47260.00040.543-0.7590.07380.3613-0.23280.88930.3848-0.2680.59360.0131-0.00410.6416-0.38560.6935149.6589-0.7981161.552
21.9222-0.9889-2.46492.0151-1.00986.60880.2020.5534-0.1367-0.1580.00070.1485-0.3299-0.70880.11290.43840.07610.04890.2498-0.10640.6125151.66488.4319164.6346
34.69680.0458-2.51580.4929-0.65372.659-0.358-0.3073-0.96660.02110.1451-0.15860.54430.0458-0.02140.6133-0.02950.01060.2634-0.09180.5175142.5010.1921175.1339
45.02061.50320.85152.5539-0.40372.3376-0.7405-0.28630.1743-0.21550.7885-0.1735-0.44620.36960.01660.4929-0.11360.05340.5577-0.22560.5283130.9669-3.3091186.9144
53.09772.0581.42873.19710.16543.16470.4161-0.5969-1.110.34950.1479-0.5363-0.14520.1739-0.340.4605-0.0555-0.0620.56140.06310.5698113.0112-15.373187.8489
63.88140.82640.89262.4908-0.09931.6847-0.21912.11060.7155-0.19410.2252-0.06-0.51480.4180.01670.58180.00110.00780.76420.2590.4416167.41320.7116158.3971
73.42462.2260.45545.23840.23571.1514-0.19621.9941-0.1728-0.4610.2228-0.08990.18621.10150.20570.57920.0891-0.03511.5923-0.10630.4636162.188414.4852149.9987
83.6749-0.9748-0.13394.1267-0.72511.8913-0.02230.634-0.7208-0.83910.29780.1940.59480.5214-0.15690.78290.1132-0.05571.6746-0.39410.812147.30991.0228144.4194
90.2643-0.03260.29731.7627-0.09550.3235-0.23060.6355-0.4963-1.15882.14982.33280.9405-1.6022-0.89712.0182-0.186-0.49122.25420.40881.883125.61721.4408141.0208
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 36 through 53 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 54 through 67 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 68 through 98 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 99 through 138 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 139 through 177 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 36 through 67 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 68 through 93 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 94 through 137 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 138 through 176 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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