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- PDB-5fmj: Bcl-xL with mouse Bak BH3 Q75L complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fmj
タイトルBcl-xL with mouse Bak BH3 Q75L complex
要素
  • BAK1 PROTEIN
  • BCL-2-LIKE PROTEIN 1
キーワードAPOPTOSIS / BCL-XL / BAK / BH3 DOMAIN / BCL-2 FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / Release of apoptotic factors from the mitochondria / leukocyte homeostasis / Pyroptosis / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / response to mycotoxin ...Activation and oligomerization of BAK protein / Release of apoptotic factors from the mitochondria / leukocyte homeostasis / Pyroptosis / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / response to mycotoxin / apoptotic process in bone marrow cell / dendritic cell apoptotic process / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / endocrine pancreas development / dendritic cell proliferation / limb morphogenesis / The NLRP1 inflammasome / positive regulation of mononuclear cell proliferation / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / B cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / fertilization / regulation of mitochondrial membrane permeability / regulation of growth / fibroblast apoptotic process / response to UV-C / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / myeloid cell homeostasis / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / thymocyte apoptotic process / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / porin activity / cellular response to alkaloid / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / hepatocyte apoptotic process / pore complex / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / germ cell development / vagina development / B cell homeostasis / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of proteolysis / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of anoikis / BH3 domain binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / homeostasis of number of cells / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / animal organ regeneration / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / blood vessel remodeling / negative regulation of protein localization to plasma membrane / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / heat shock protein binding / response to cytokine / epithelial cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / regulation of cytokinesis / regulation of mitochondrial membrane potential / response to gamma radiation / apoptotic signaling pathway / response to hydrogen peroxide / cellular response to amino acid stimulus / positive regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to gamma radiation / male gonad development / mitochondrial membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / endocytosis / RAS processing / cellular response to UV / synaptic vesicle membrane / protein-folding chaperone binding / channel activity / neuron apoptotic process / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / spermatogenesis / regulation of apoptotic process / nuclear membrane / defense response to virus / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2 homologous antagonist/killer / Bcl-2-like protein 1 / BCL2-antagonist/killer 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Fairlie, W.D. / Lee, E.F. / Smith, B.J.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2016
タイトル: Physiological Restraint of Bak by Bcl-Xl is Essential for Cell Survival.
著者: Lee, E.F. / Grabow, S. / Chappaz, S. / Dewson, G. / Hockings, C. / Kluck, R.M. / Gray, D.H. / Witkowski, M.T. / Evangelista, M. / Pettikiriarachchi, A. / Bouillet, P. / Lane, R.M. / Czabotar, ...著者: Lee, E.F. / Grabow, S. / Chappaz, S. / Dewson, G. / Hockings, C. / Kluck, R.M. / Gray, D.H. / Witkowski, M.T. / Evangelista, M. / Pettikiriarachchi, A. / Bouillet, P. / Lane, R.M. / Czabotar, P.E. / Colman, P.M. / Smith, B.J. / Kile, B.T. / Fairlie, W.D.
履歴
登録2015年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
B: BAK1 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0246
ポリマ－21,7752
非ポリマー2484
水1,58588
1
A: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
B: BAK1 PROTEIN
ヘテロ分子

A: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
B: BAK1 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,04712
ポリマ－43,5514
非ポリマー4978
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area9690 Å2
ΔGint-37.3 kcal/mol
Surface area16760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.789, 57.789, 268.327
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2008-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BCL-2-LIKE PROTEIN 1 / BCL2-L-1 / APOPTOSIS REGULATOR BCL-X / BCL-XL


分子量: 17917.959 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-26,83-209 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DELETION OF RESIDUES 27-82 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX6P3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド BAK1 PROTEIN


分子量: 3857.354 Da / 分子数: 1 / 断片: BH3 DOMAIN, UNP RESIDUES 61-94 / Mutation: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q91WX5, UniProt: O08734*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CHAIN A LACKS THE LARGE LOOP BETWEEN RESIDUES 27-82 AND HAS THE C-TERMINAL TRANSMEMBRANE DOMAIN ...CHAIN A LACKS THE LARGE LOOP BETWEEN RESIDUES 27-82 AND HAS THE C-TERMINAL TRANSMEMBRANE DOMAIN DELETED CHAIN B HAS Q75L MUTATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.58 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M SODIUM THIOCYANATE, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→19.66 Å / Num. obs: 10808 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 19.2 % / Biso Wilson estimate: 47.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 27.6
反射 シェル解像度: 2.43→2.67 Å / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2P1L

2p1l


解像度: 2.43→19.662 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 20.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2195 540 5 %
Rwork0.1799 --
obs0.1819 10808 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→19.662 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1413 0 16 88 1517
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091471
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9351980
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.758869
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048208
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005259
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4295-2.67350.29151290.22392438X-RAY DIFFRACTION99
2.6735-3.05910.27741320.20972517X-RAY DIFFRACTION100
3.0591-3.84940.25371350.18642570X-RAY DIFFRACTION100
3.8494-19.66280.17231440.1592743X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.5981 Å / Origin y: 23.6931 Å / Origin z: 12.5338 Å
111213212223313233
T0.1284 Å2-0.0265 Å2-0.0223 Å2-0.3604 Å2-0.0518 Å2--0.2616 Å2
L1.1293 °20.3036 °2-0.2865 °2-0.9913 °20.1338 °2--0.8224 °2
S0.0383 Å °0.1728 Å °-0.2436 Å °0.107 Å °-0.0417 Å °-0.0806 Å °0.0463 Å °0.1399 Å °-0.0068 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A OR CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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