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- PDB-1l8b: Cocrystal Structure of the Messenger RNA 5' Cap-binding Protein (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l8b
タイトルCocrystal Structure of the Messenger RNA 5' Cap-binding Protein (eIF4E) bound to 7-methylGpppG
要素EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
キーワードRNA BINDING PROTEIN / eukaryotic initiation factor 4E / eIF4E / cap / 7-methylGpppG
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / ISG15 antiviral mechanism / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / mTORC1-mediated signalling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / ISG15 antiviral mechanism / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / mTORC1-mediated signalling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / eukaryotic initiation factor 4G binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / chromatoid body / mRNA cap binding / RNA 7-methylguanosine cap binding / RISC complex / nuclear export / stem cell population maintenance / negative regulation of neuron differentiation / behavioral fear response / mRNA export from nucleus / translation initiation factor activity / positive regulation of mitotic cell cycle / cellular response to dexamethasone stimulus / translational initiation / P-body / G1/S transition of mitotic cell cycle / neuron differentiation / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / DNA-binding transcription factor binding / postsynapse / negative regulation of translation / nuclear speck / nuclear body / translation / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / enzyme binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Eukaryotic translation initiation factor 4E
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Niedzwiecka, A. / Marcotrigiano, J. / Stepinski, J. / Jankowska-Anyszka, M. / Wyslouch-Cieszynska, A. / Dadlez, M. / Gingras, A.-C. / Mak, P. / Darzynkiewicz, E. / Sonenberg, N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Biophysical studies of eIF4E cap-binding protein: recognition of mRNA 5' cap structure and synthetic fragments of eIF4G and 4E-BP1 proteins.
著者: Niedzwiecka, A. / Marcotrigiano, J. / Stepinski, J. / Jankowska-Anyszka, M. / Wyslouch-Cieszynska, A. / Dadlez, M. / Gingras, A.C. / Mak, P. / Darzynkiewicz, E. / Sonenberg, N. / Burley, S.K. / Stolarski, R.
履歴
登録2002年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation_author / struct_site
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 600HETEROGEN THE 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE (MGP) IS ACTUALLY BOUND TO ANOTHER GUANOSINE-5'- ...HETEROGEN THE 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE (MGP) IS ACTUALLY BOUND TO ANOTHER GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE, WHICH IS MISSING IN THE ELECTRON DENSITY.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
B: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3674
ポリマ－44,2902
非ポリマー1,0762
水3,351186
1
A: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6832
ポリマ－22,1451
非ポリマー5381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6832
ポリマ－22,1451
非ポリマー5381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.12, 75.92, 77.84
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E / EIF-4E / EIF4E / MRNA CAP-BINDING PROTEIN / EIF-4F 25 KDA SUBUNIT


分子量: 22145.113 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 28-217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET3b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63073
#2: 化合物 ChemComp-MGP / 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7-メチル-7-アゾニアグアノシン5′-三りん酸


分子量: 538.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N5O14P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 4000, isopropanol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Marcotrigiano, J., (1997) Cell, 89, 951.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mMMES1reservoir
210-12 %PEG40001reservoir
310 %isopropanol1reservoir
420 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1997年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 38968 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.103
反射 シェル解像度: 1.8→1.82 Å / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.259 / % possible all: 87.5
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.103

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.8→20 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.252 3608 random
Rwork0.224 --
obs-35866 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2994 0 66 186 3246
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.24
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.81 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.238 41
Rwork0.211 -
obs-370
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.224 / Rfactor Rfree: 0.252 / Rfactor Rwork: 0.224
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.238 / Rfactor Rwork: 0.211 / Rfactor obs: 0.211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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