PDB-4obe: Crystal Structure of GDP-bound Human KRas

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4obe

タイトル

Crystal Structure of GDP-bound Human KRas

要素

GTPase KRas

キーワード

HYDROLASE / Small GTPase / signal transduction / GDP binding / GTP binding

機能・相同性

機能・相同性情報

GMP binding / response to mineralocorticoid / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / type I pneumocyte differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis ...GMP binding / response to mineralocorticoid / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / type I pneumocyte differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / myoblast proliferation / skeletal muscle cell differentiation / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / cardiac muscle cell proliferation / Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / glial cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Erythropoietin activates RAS / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / protein-membrane adaptor activity / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / FRS-mediated FGFR1 signaling / Tie2 Signaling / striated muscle cell differentiation / Signaling by FGFR2 in disease / positive regulation of glial cell proliferation / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / homeostasis of number of cells within a tissue / CD209 (DC-SIGN) signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / response to glucocorticoid / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / small monomeric GTPase / FCERI mediated MAPK activation / female pregnancy / RAF activation / liver development / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / visual learning / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / RAS processing / Regulation of RAS by GAPs / Negative regulation of MAPK pathway / cytoplasmic side of plasma membrane / cytokine-mediated signaling pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / positive regulation of cellular senescence / MAPK cascade / DAP12 signaling
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Hunter, J.C. / Gurbani, D. / Chen, Z. / Westover, K.D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: In situ selectivity profiling and crystal structure of SML-8-73-1, an active site inhibitor of oncogenic K-Ras G12C.
著者: Hunter, J.C. / Gurbani, D. / Ficarro, S.B. / Carrasco, M.A. / Lim, S.M. / Choi, H.G. / Xie, T. / Marto, J.A. / Chen, Z. / Gray, N.S. / Westover, K.D.

履歴

登録	2014年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月9日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4obe.cif.gz	213.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4obe.ent.gz	173.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4obe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4obe_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4obe_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	4obe_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	4obe_validation.cif.gz	26.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/4obe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/4obe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ldjC 4nmmC 4epvS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ut0-3 4tqa-2 4tq9-2 5v9l-1 4tqa-1 6p8x-4 5v71-4 6p8w-1 6mbt-1 6p8w-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (47) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (47) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (6) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (7) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (6) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (2) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (2) #14 - 2001年2月インスリン (Insulin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (47)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (47)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (6)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (7)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (6)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (5)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (2)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (3)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (2)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (2)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (2)
#14 - 2001年2月
インスリン (Insulin)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GTPase KRas

B: GTPase KRas

ヘテロ分子

39.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GTPase KRas

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GTPase KRas

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.147, 42.096, 114.393
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.32, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	GTPase KRas / 'K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras / GTPase KRas / N-terminally processed / KRAS / v-Ki-ras2 ...'K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras / GTPase KRas / N-terminally processed / KRAS / v-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog 分子量: 19328.811 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-169 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: codon optimized for expression in E. coli / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / プラスミド: pJexpress401 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P01116, small monomeric GTPase
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE SEQUENCE MATCHES UNIPROT ENTRY P01116, ISOFORM 2B WITH IDENTIFIER P01116-2

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Sodium Acetate pH4.5, 0.1M Tris pH 8.5, 26% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月3日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97926 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.24→50 Å / Num. all: 81203 / Num. obs: 81203 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 9.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 2.06

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
1.24-1.26	3.2	0.395	2.1	3601	1	94.1
1.26-1.28	3.5	0.348	2.6	3708	1	83.1
1.28-1.31	3.8	0.323	3.2	3981	1	87.7
1.31-1.34	4.1	0.304	3.6	3954	1	91.9
1.34-1.36	4.3	0.27	4.4	4058	1	93.2
1.36-1.4	4.3	0.235	5.3	4040	1	93.8
1.4-1.43	4.3	0.201	6.4	3982	1	93.3
1.43-1.47	4.3	0.172	7.8	3991	1	93
1.47-1.51	4.3	0.145	9.8	4020	1	92.4
1.51-1.56	4.3	0.123	12.2	3984	1	92.9
1.56-1.62	4.2	0.105	14.1	3992	1	93.3
1.62-1.68	4.2	0.092	16.7	4047	1	94.2
1.68-1.76	4.1	0.083	19.5	4127	1	95.6
1.76-1.85	4.2	0.071	24.5	4165	1	96.7
1.85-1.97	4.3	0.064	30.5	4207	1	97.3
1.97-2.12	4.5	0.06	37.3	4205	1	97.5
2.12-2.33	4.6	0.055	42.5	4262	1	98
2.33-2.67	4.6	0.049	45.6	4247	1	98
2.67-3.37	4.7	0.036	52.9	4306	1	98.5
3.37-50	4.7	0.029	56.6	4326	1	96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1523)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EPV

4epv

解像度: 1.24→22.065 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 18.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1686	4105	5.06 %	Random 5%
R_work	0.1566	-	-	-
obs	0.1572	81172	93.68 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→22.065 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2680	0	58	355	3093

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2782
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.427	3767
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.656	1043
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	422
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	481

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.24-1.2525	0.2935	80	0.2475	2043	X-RAY DIFFRACTION	72
1.2525-1.2678	0.2501	141	0.2293	2449	X-RAY DIFFRACTION	86
1.2678-1.2838	0.2413	136	0.2194	2439	X-RAY DIFFRACTION	89
1.2838-1.3007	0.2023	133	0.2031	2611	X-RAY DIFFRACTION	91
1.3007-1.3185	0.1932	136	0.2034	2628	X-RAY DIFFRACTION	93
1.3185-1.3374	0.2172	129	0.1954	2629	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3374-1.3573	0.2061	150	0.1927	2664	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3573-1.3785	0.2232	101	0.1826	2645	X-RAY DIFFRACTION	93
1.3785-1.4011	0.2148	148	0.1825	2692	X-RAY DIFFRACTION	93
1.4011-1.4253	0.1778	154	0.1757	2550	X-RAY DIFFRACTION	93
1.4253-1.4512	0.2137	146	0.1745	2719	X-RAY DIFFRACTION	93
1.4512-1.4791	0.2095	125	0.1719	2580	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4791-1.5093	0.1981	166	0.1642	2637	X-RAY DIFFRACTION	92
1.5093-1.5421	0.1888	115	0.1637	2573	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5421-1.578	0.1867	162	0.1586	2634	X-RAY DIFFRACTION	93
1.578-1.6174	0.1837	149	0.1539	2616	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6174-1.6611	0.1916	145	0.1506	2634	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6611-1.71	0.1747	124	0.1578	2735	X-RAY DIFFRACTION	95
1.71-1.7651	0.1544	150	0.1516	2692	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7651-1.8282	0.1459	145	0.1463	2734	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8282-1.9014	0.1623	151	0.1524	2762	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9014-1.9879	0.1735	141	0.1476	2767	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9879-2.0926	0.1533	156	0.1391	2776	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0926-2.2236	0.1689	157	0.1382	2758	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2236-2.3951	0.1397	151	0.1361	2785	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3951-2.6357	0.1439	140	0.1438	2841	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6357-3.0163	0.1708	165	0.1502	2818	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0163-3.7971	0.1406	148	0.148	2819	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7971-22.0688	0.1619	161	0.1625	2837	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5568	0.3532	-0.4556	1.8191	-0.1166	2.017	0.0261	-0.0162	0.0677	-0.0831	-0.0193	0.1294	-0.1126	-0.17	0.0177	0.0805	0.0041	-0.0089	0.0902	-0.014	0.0531	-9.1367	-17.5706	42.3918
2	0.82	-0.1914	2.6846	0.4881	0.0982	2.0835	-0.2058	0.168	0.1735	-0.2783	0.0321	0.1715	-0.5448	-0.0353	0.0576	0.2463	-0.0065	-0.0328	0.1818	-0.0011	0.1567	-3.7572	-7.2264	42.8293
3	8.511	5.1347	5.4569	3.0931	3.3338	3.5611	-0.435	0.2542	0.5198	-0.5366	0.071	0.5525	-0.2597	-0.2092	0.3111	0.2418	-0.0119	-0.0603	0.1859	0.0068	0.1534	-16.5638	-16.9666	41.8095
4	2.2537	-0.0448	1.14	1.3334	-0.2872	2.2246	-0.0019	0.07	-0.105	-0.0203	0.0262	0.0285	0.0189	-0.1227	-0.0238	0.0659	0.0086	0.0163	0.1014	-0.0048	0.0643	-9.1965	-21.4635	51.5166
5	4.6423	0.7459	-2.8137	1.0731	-1.1825	3.3698	-0.0882	-0.1347	-0.0049	-0.0827	-0.0333	-0.0794	0.0319	0.1974	0.0277	0.0996	-0.0151	-0.0065	0.1003	0.007	0.0781	0.0347	-22.7006	41.3981
6	2.4743	1.0633	-2.4572	2.1269	-2.3992	4.4239	0.0387	-0.0697	-0.0619	0.0839	-0.0506	-0.0913	-0.0133	0.3087	0.0059	0.1023	-0.001	-0.0138	0.146	-0.0016	0.1084	4.1615	-28.1332	47.9849
7	1.4209	0.7453	-0.976	2.2824	-1.7742	3.5854	0.0253	-0.0234	-0.0806	-0.1146	-0.1458	-0.1749	0.0713	0.3235	0.1065	0.086	0.0026	0.0009	0.1222	0.003	0.0828	2.4227	-24.2002	37.5794
8	7.298	4.8908	-7.8956	6.84	-6.1626	2.0849	-0.061	0.6068	-0.0911	-0.4716	0.0933	-0.1268	0.4529	-0.1177	0.072	0.183	0.0193	0.0145	0.1934	0.0085	0.0824	5.4695	-32.6801	35.1299
9	0.8033	-1.6251	0.4335	7.922	-3.6997	3.4641	0.1066	0.1098	0.0104	-0.3462	-0.207	-0.0782	0.0117	0.1765	0.0672	0.0933	-0.0123	-0.0068	0.1118	0.0009	0.0636	-2.2585	-20.7242	31.9488
10	4.1898	2.4388	-2.4345	7.429	-4.2012	5.8837	-0.144	0.2215	-0.2443	-0.2783	0.2388	0.3039	0.3117	-0.5795	-0.0473	0.0995	-0.0305	-0.0109	0.1511	-0.0071	0.0886	-12.6938	-28.8741	37.8127
11	2.8469	-0.1016	-0.6927	1.5967	0.1854	1.4922	0.0178	-0.0688	0.0578	0.086	-0.0228	-0.1521	-0.0179	0.1644	0.0216	0.0738	0.0016	-0.0093	0.0763	0.0158	0.0629	-5.5637	-19.6231	13.0133
12	0.5536	-0.034	1.9464	0.2753	-0.6444	5.8102	-0.1194	-0.0856	0.1902	0.1192	0.032	-0.0746	-0.3092	0.0358	0.0496	0.1464	-0.0008	-0.0129	0.144	-0.0072	0.1602	-11.5883	-9.3337	12.643
13	7.0127	-3.3903	3.6145	2.4652	-3.7622	6.4113	-0.2939	-0.2454	0.7044	0.2313	-0.0363	-0.3663	-0.4159	0.5148	0.183	0.2089	-0.0474	-0.0491	0.2275	-0.0064	0.1671	1.2134	-18.3895	13.307
14	1.0076	0.1643	-0.621	0.6286	0.0119	1.3099	-0.0188	-0.1038	-0.005	0.013	0.0117	-0.0576	0.0161	0.1627	0.0008	0.0743	0.0061	-0.0005	0.0874	-0.0045	0.0765	-8.5401	-23.6176	6.5119
15	3.2127	-1.4726	-3.2236	2.372	2.88	5.5011	0.0779	0.1182	-0.0995	-0.01	-0.0593	0.071	0.0187	-0.1754	-0.0058	0.0886	-0.0002	-0.0099	0.0914	0.0096	0.1041	-19.0353	-30.2938	7.1128
16	0.4888	0.5576	0.7227	1.0871	0.3124	1.8677	0.0286	0.065	-0.2491	-0.1093	-0.0472	0.0451	0.2143	0.0965	0.0058	0.1186	0.0174	-0.0065	0.1145	0.0026	0.1293	-11.2289	-32.407	11.63
17	1.9203	-1.5092	-2.6763	1.2079	2.1708	3.9023	0.1526	-0.6422	-0.1996	0.6353	-0.1371	0.242	0.2392	-0.2644	0.0394	0.1571	0.0286	0.039	0.2542	0.0276	0.1457	-23.7071	-20.7814	24.3678
18	6.3079	-1.9673	-8.634	5.3861	3.3263	2.1145	0.1214	-0.3102	-0.1194	0.3121	-0.0213	0.1646	0.0349	-0.0847	-0.1275	0.1409	-0.0084	0.0061	0.1763	0.0301	0.0917	-20.1377	-35.1859	20.0533
19	1.3221	1.3993	0.17	6.5616	2.4341	2.3751	0.0025	-0.2125	0.0579	0.277	-0.0728	0.2904	0.0391	-0.1	0.0653	0.0999	0.0158	-0.0073	0.1217	0.0026	0.0868	-12.5584	-23.1434	23.1931
20	3.6025	-1.6726	-1.3329	7.8423	3.6086	4.9082	-0.0153	-0.0553	-0.2483	0.2115	0.1129	-0.4017	0.3908	0.4129	-0.0615	0.1055	0.0393	-0.0156	0.1032	0.0131	0.0957	-2.0604	-30.9257	17.2634

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 37 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 38 through 46 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 47 through 74 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 75 through 86 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 87 through 104 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 105 through 126 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 127 through 137 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 138 through 151 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 152 through 169 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 0 through 25 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 26 through 37 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 38 through 46 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 47 through 86 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 87 through 104 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 105 through 116 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 117 through 126 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 127 through 137 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 138 through 151 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 152 through 169 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)