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Yorodumi- PDB-5gj4: Structure of NS2B-NS3 Protease from Zika Virus caught after self-... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5gj4 | ||||||
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Title | Structure of NS2B-NS3 Protease from Zika Virus caught after self-cleavage | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / Zika virus protease / antiviral drug discovery | ||||||
Function / homology | Function and homology information symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Zika virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.839 Å | ||||||
Authors | Phoo, W.W. / Li, Y. | ||||||
Funding support | Singapore, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2016 Title: Structure of the NS2B-NS3 protease from Zika virus after self-cleavage. Authors: Phoo, W.W. / Li, Y. / Zhang, Z. / Lee, M.Y. / Loh, Y.R. / Tan, Y.B. / Ng, E.Y. / Lescar, J. / Kang, C. / Luo, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5gj4.cif.gz | 335.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5gj4.ent.gz | 271.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5gj4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/5gj4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/5gj4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2fp7S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 6721.369 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 1411-1462,UNP residues 1492-1496 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Zika virus (strain Mr 766) / Strain: Mr 766 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A142IX72, UniProt: Q32ZE1*PLUS #2: Protein | Mass: 18980.539 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 1497-1673 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Zika virus (strain Mr 766) / Strain: Mr 766 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A142IX72, UniProt: Q32ZE1*PLUS #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2 M Sodium Malonate, pH 4.0, 10% PEG 3350 / PH range: 4.0-5.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1.0004 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 12, 2016 |
Radiation | Monochromator: double channel cut fixed exit / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0004 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.84→76.9 Å / Num. obs: 105911 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.84→1.9 Å / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2FP7 Resolution: 1.839→31.496 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 42.73 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.839→31.496 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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