PDB-5fjc: SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant C-2bU

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fjc

タイトル

SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant C-2bU

要素

SAM-I RIBOSWITCH

キーワード

RNA / KINK TURN / RNA MOTIF / SAM-I RIBOSWITCH

機能・相同性

: / : / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Huang, L. / Lilley, D.M.J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function.
著者: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J.

履歴

登録	2015年10月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月6日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fjc.cif.gz	132.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fjc.ent.gz	103.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fjc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5fjc_validation.pdf.gz	779.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fjc_full_validation.pdf.gz	780.4 KB	表示
XML形式データ	5fjc_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	5fjc_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/5fjc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/5fjc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fj0C 5fj1C 5fj4C 5fk1C 5fk2C 5fk3C 5fk4C 5fk5C 5fk6C 5fkdC 5fkeC 5fkfC 5fkgC 5fkhC 4b5rS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4b5r-d 4aob-d 5fk4-d 5fk5-d 3iqn-d 3iqr-d 5fk6-d 5fkh-d 2ygh-d 5fkd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.398, 60.398, 152.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-111- BA
2	1	A-121- BA

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖	SAM-I RIBOSWITCH 分子量: 30768.320 Da / 分子数: 1 / 断片: SAM BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 合成由来: (合成) THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)

-
非ポリマー , 6種, 212分子

#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	... ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン分子量: 137.327 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	MUTATION [A94G, C22U]

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.92 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 40 MM NA-CACODYLATE (PH 7.0), 80 MM KCL, 40 MM BACL2, 12 MM SPERMINE-HCL, 12% (V/V) MPD.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9792
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月21日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→41.13 Å / Num. obs: 31465 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 32.74 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 1.71→1.77 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
ESRF	AUTOPROCESS	データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B5R

4b5r

解像度: 1.71→41.134 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2405	2822	4.9 %
R_work	0.2009	-	-
obs	0.2028	31391	99.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→41.134 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2037	55	183	2275

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2390
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.122	3733
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.628	1183
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	489
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	99

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7101-1.7396	0.4039	133	0.3727	2536	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7396-1.7712	0.3453	138	0.3471	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7712-1.8053	0.3098	134	0.3163	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8053-1.8421	0.3247	140	0.3004	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8421-1.8822	0.3127	128	0.2864	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8822-1.926	0.3133	179	0.2779	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
1.926-1.9741	0.314	137	0.2865	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9741-2.0275	0.34	133	0.2719	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0275-2.0871	0.3119	127	0.2687	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0871-2.1545	0.3158	142	0.2471	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1545-2.2315	0.2812	114	0.2451	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2315-2.3209	0.3197	149	0.2352	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3209-2.4265	0.3102	142	0.2237	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4265-2.5544	0.2645	173	0.2163	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5544-2.7144	0.2443	154	0.2181	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7144-2.9239	0.2557	145	0.2124	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9239-3.2181	0.2327	155	0.1763	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2181-3.6835	0.2024	165	0.1607	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6835-4.6398	0.1647	112	0.1497	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6398-41.1459	0.2144	122	0.1882	2749	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1535	1.3178	-4.0389	6.5639	-1.6545	4.0675	-0.7278	1.7677	0.0445	-0.7086	0.6281	-0.3366	0.9399	-0.0644	0.1166	0.4525	-0.0717	-0.0082	0.5866	-0.024	0.4335	-0.667	-13.902	36.1422
2	4.9859	-1.0393	1.5971	1.4397	0.0761	3.8655	0.0681	0.0041	-0.1204	-0.009	-0.1531	0.3812	-0.1006	0.0416	0.0669	0.3252	-0.0707	0.0474	0.3204	-0.0438	0.4553	-16.0282	-12.5131	34.3435
3	3.4892	-4.415	3.0717	5.941	-3.1094	7.2499	0.1357	0.6618	-0.6128	-0.6976	0.3342	0.456	0.9339	-0.7107	-0.5816	0.3066	-0.0186	-0.0083	0.5523	-0.0303	0.474	-23.5513	-6.0362	20.114
4	0.1361	0.8411	0.279	6.8518	-0.9635	3.8033	-0.1836	1.0417	1.3225	-0.7684	0.5901	1.2738	0.5142	-1.3166	-0.4656	0.6246	0.133	0.0503	1.3169	0.3511	0.6133	-15.2745	9.5783	9.7289
5	3.2955	-1.7124	-1.3344	6.2972	4.0341	4.471	0.3972	0.2893	0.6535	-0.5753	0.0669	-0.4437	-0.5982	0.2099	-0.4744	0.3255	-0.0518	0.1195	0.4264	0.0119	0.4327	0.029	7.3895	8.6937
6	3.549	3.9473	-1.6528	5.5126	-0.4291	2.2157	-0.1047	0.5574	0.2532	0.3482	0.2926	0.0673	0.2466	0.0244	-0.1196	0.3734	0.0472	-0.0315	0.4188	0.021	0.3009	-2.943	-8.9771	13.726
7	5.5357	1.0016	3.209	8.2081	-0.5444	5.7537	0.2651	0.9215	-0.359	-0.681	0.3527	-1.3118	0.6338	1.1959	-0.8382	0.3339	0.0562	0.073	0.4882	-0.1034	0.4252	-3.3192	-20.36	13.3496
8	2.9864	2.8044	-1.8604	2.7743	-2.184	2.0044	0.0672	0.285	0.0305	-0.4974	-0.1201	-0.005	0.1732	-0.258	0.1329	0.3815	-0.0624	0.0074	0.4372	0.0303	0.2597	-6.7871	-6.7934	3.7561
9	2.8745	-1.8313	-2.7665	6.019	0.0748	3.1653	0.0528	0.1769	0.0782	-0.1352	0.0111	0.2384	0.1044	-0.8158	-0.0552	0.1809	0.0136	0.0204	0.4651	0.0492	0.291	-5.4751	3.1805	8.2105
10	6.4609	2.1816	-4.366	1.5773	-2.1572	3.5943	0.3717	0.4072	0.9788	0.6701	0.3096	0.6421	-0.6409	-0.6131	-0.7213	0.3218	0.0951	0.1156	0.4408	0.0524	0.5395	-16.363	8.3192	21.4615
11	2.1981	-3.606	-0.957	9.6865	-3.9402	8.3425	-0.2892	0.1272	0.5163	0.8303	0.2923	-0.0705	-0.5806	-0.9042	-0.0015	0.328	0.0733	0.0875	0.3707	-0.0429	0.3721	-18.3133	1.568	36.3793
12	3.835	-2.2321	-1.7007	3.8589	2.2729	7.3102	-0.2933	-0.0504	0.0256	1.275	0.3686	0.3657	-0.1497	-0.8587	-0.0466	0.7431	0.1127	0.1715	0.4015	0.0073	0.4975	-19.5149	11.2736	38.5249
13	4.8396	-1.4466	-1.096	4.7496	0.9583	6.9468	0.3413	0.6298	0.5981	-0.2945	-0.021	-0.5849	0.1158	0.4256	-0.2402	0.2971	0.0562	0.0842	0.4235	0.0261	0.3758	-12.485	1.1328	24.7284
14	4.9935	0.4494	-2.7008	6.5687	-6.5246	9.3527	0.2664	0.2839	-0.5398	-0.2075	0.192	0.8754	0.1876	-1.071	-0.5128	0.3716	-0.1519	-0.0318	0.5071	-0.0115	0.3543	-16.2994	-10.6797	15.2367
15	0.8977	1.5341	-0.8113	2.6115	-1.8725	3.6672	-0.0842	-0.0372	-0.2667	-0.0757	0.0412	-0.0275	-0.0669	0.3689	0.0736	0.2732	-0.0379	0.0407	0.4293	-0.0354	0.3361	-11.0565	-22.4372	17.8727
16	5.4741	5.742	-0.0736	8.5811	2.618	5.1307	0.4133	-0.6115	-0.3042	0.0528	-0.4216	-0.128	0.2345	-0.0363	-0.1008	0.3214	0.0492	-0.01	0.3633	0.0401	0.3034	-19.1337	-35.7933	23.1547
17	7.9904	-2.7017	-5.2097	4.657	3.5895	8.7244	-0.1326	0.0808	-0.1746	0.4141	0.1951	-0.1365	0.4842	0.7146	0.0151	0.3397	0.0481	-0.0085	0.3892	0.0222	0.2882	-19.7359	-35.9165	12.3351
18	8.8919	5.4533	2.6633	6.8393	3.6984	2.203	0.3079	-0.4784	0.5572	0.3601	-0.2121	-0.0822	-0.3726	0.4127	-0.0729	0.3617	-0.0711	0.0311	0.4074	-0.0127	0.3567	-16.8086	-24.9474	26.9198
19	0.9378	-1.0175	-0.1407	6.4459	3.0671	4.3997	-0.0582	-0.0483	0.2334	0.3762	0.0803	-0.3122	0.1097	0.2072	0.0502	0.2422	-0.0246	-0.0221	0.3099	-0.0254	0.298	-8.8525	-10.0059	30.6032
20	5.9321	-3.1159	1.8056	6.7948	-1.0971	5.0678	-0.2116	-0.1434	1.0616	-0.1003	0.1162	-0.294	-0.1789	0.4025	0.0998	0.3942	-0.0909	-0.017	0.3506	0.0031	0.4423	0.2667	-7.6852	42.2619

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:4)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 5:8)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 9:12)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 13:16)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 17:20)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 21:24)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 25:28)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 29:33)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 34:39)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 40:45)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 46:49)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 50:56)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 57:60)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 61:64)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 65:69)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 70:73)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 74:80)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 81:84)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 85:90)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 91:94)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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