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万見
- PDB-5fgz: E. coli PBP1b in complex with FPI-1465 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fgz
タイトルE. coli PBP1b in complex with FPI-1465
要素Penicillin-binding protein 1B
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Penicillin-binding-protein / inhibitor / complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of bipolar cell growth / cell wall repair / peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / regulation of cell shape ...positive regulation of bipolar cell growth / cell wall repair / peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein 1B / Bifunctional transglycosylase second domain / Transglycosylase PBP1b, N-terminal transmembrane domain / Transmembrane domain of transglycosylase PBP1 at N-terminal / Bifunctional transglycosylase second domain / Penicillin binding protein transpeptidase fold / Biosynthetic peptidoglycan transglycosylase-like / Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / Transglycosylase ...Penicillin-binding protein 1B / Bifunctional transglycosylase second domain / Transglycosylase PBP1b, N-terminal transmembrane domain / Transmembrane domain of transglycosylase PBP1 at N-terminal / Bifunctional transglycosylase second domain / Penicillin binding protein transpeptidase fold / Biosynthetic peptidoglycan transglycosylase-like / Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / Transglycosylase / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5VW / MOENOMYCIN / Penicillin-binding protein 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.85 Å
データ登録者King, D.T. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 米国, 4件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Canadian Foundation for Innovation カナダ
Canada Research Chair Programs カナダ
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural and Kinetic Characterization of Diazabicyclooctanes as Dual Inhibitors of Both Serine-beta-Lactamases and Penicillin-Binding Proteins.
著者: King, A.M. / King, D.T. / French, S. / Brouillette, E. / Asli, A. / Alexander, J.A. / Vuckovic, M. / Maiti, S.N. / Parr, T.R. / Brown, E.D. / Malouin, F. / Strynadka, N.C. / Wright, G.D.
履歴
登録2015年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2133
ポリマ－83,2801
非ポリマー1,9332
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area31910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.480, 63.220, 293.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
詳細Biological assembly is a dimer as evidenced by SPR. No crystallographic dimer observed by crystal packing

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 1B / PBP1b / Murein polymerase


分子量: 83280.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: mrcB, pbpF, ponB, b0149, JW0145 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P02919, peptidoglycan glycosyltransferase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-M0E / MOENOMYCIN / MOENOMYCIN


分子量: 1580.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H106N5O34P / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-5VW / [[(3~{R},6~{S})-1-methanoyl-6-[[(3~{S})-pyrrolidin-3-yl]oxycarbamoyl]piperidin-3-yl]amino] hydrogen sulfate / FPI-1465, bound form


分子量: 352.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H20N4O7S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.2M potassium/sodium tartate, 0.1M Bis Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→63.22 Å / Num. obs: 26383 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 23.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.85→63.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.877 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.819 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.059 / ESU R Free: 0.41 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29158 1389 5.3 %RANDOM
Rwork0.23806 ---
obs0.2409 24981 93.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.105 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.18 Å20 Å20 Å2
2---2.77 Å20 Å2
3---6.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→63.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5456 0 100 59 5615
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0195675
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.025484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.711.9897714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.629312582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9345696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.8323.953253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.02415958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2621547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2878
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0216399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0210.021285
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8746.1912791
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8716.1882789
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.3959.2733484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.3959.2753485
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5316.7132884
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5246.712880
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.99.934225
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.09750.6096673
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.08850.6146670
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.854→2.928 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 78 -
Rwork0.285 1715 -
obs--89.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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