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- PDB-5feu: Noroxomaritidine/Norcraugsodine Reductase in complex with NADP+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5feu
タイトルNoroxomaritidine/Norcraugsodine Reductase in complex with NADP+
要素Noroxomaritidine/Norcraugsodine Reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / short-chain dehydrogenase/reductase alkaloid biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


alkaloid metabolic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Tropinone reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Noroxomaritidine/norcraugsodine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Narcissus pseudonarcissus (ラッパズイセン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Holland, C. / Jez, J.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1RC2GM092561 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Identification of a Noroxomaritidine Reductase with Amaryllidaceae Alkaloid Biosynthesis Related Activities.
著者: Kilgore, M.B. / Holland, C.K. / Jez, J.M. / Kutchan, T.M.
履歴
登録2015年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22016年8月17日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Noroxomaritidine/Norcraugsodine Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9312
ポリマ－31,1871
非ポリマー7431
水2,468137
1
A: Noroxomaritidine/Norcraugsodine Reductase
ヘテロ分子

A: Noroxomaritidine/Norcraugsodine Reductase
ヘテロ分子

A: Noroxomaritidine/Norcraugsodine Reductase
ヘテロ分子

A: Noroxomaritidine/Norcraugsodine Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,7238
ポリマ－124,7494
非ポリマー2,9744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/21
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area18850 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area32300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.377, 60.377, 136.142
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-486-

HOH

21A-509-

HOH

31A-532-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Noroxomaritidine/Norcraugsodine Reductase


分子量: 31187.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Narcissus pseudonarcissus (ラッパズイセン)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1A9TAK5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG-8000 100 mM HEPES buffer (pH 7.5).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→45.2 Å / Num. obs: 27021 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.6 % / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AE2

2ae2


解像度: 1.73→45.169 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.81 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2106 1359 5.03 %
Rwork0.1786 --
obs0.1801 27018 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→45.169 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1848 0 48 137 2033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061968
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0322688
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.126726
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005343
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7299-1.79180.29371150.23062474X-RAY DIFFRACTION98
1.7918-1.86350.27691100.21412515X-RAY DIFFRACTION99
1.8635-1.94830.24161570.19742521X-RAY DIFFRACTION99
1.9483-2.0510.19231450.17722490X-RAY DIFFRACTION100
2.051-2.17950.23781380.17442541X-RAY DIFFRACTION99
2.1795-2.34780.22351410.17532530X-RAY DIFFRACTION100
2.3478-2.58410.24921310.18172572X-RAY DIFFRACTION100
2.5841-2.95790.22761470.19032584X-RAY DIFFRACTION100
2.9579-3.72640.18431520.18132620X-RAY DIFFRACTION100
3.7264-45.18470.1871230.16312812X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.66840.4494-0.64451.54260.81530.9136-0.03420.02640.22890.02050.0625-0.2742-0.92910.8721-0.02940.5148-0.2968-0.01810.56080.0640.32319.505319.283723.732
21.64340.1908-0.10371.51040.48610.21920.03570.40160.5067-0.3653-0.0397-0.0454-1.55150.6672-0.08680.8592-0.4267-0.00560.58030.16270.403216.33123.367310.08
36.51481.83341.30961.95360.11910.3104-0.09270.6794-0.135-0.48970.1183-0.29-0.47311.38590.03280.3565-0.14470.01780.9220.03120.240218.41259.44054.6007
40.24550.4729-0.11470.93090.30042.8189-0.0350.0984-0.0371-0.0498-0.0108-0.0455-0.27520.36630.05040.1618-0.0156-0.01190.23060.02060.21086.17946.439416.9353
53.3052-1.0407-1.22992.77270.96254.2452-0.07580.09660.25430.04540.06080.0864-0.78790.05660.02160.3192-0.0674-0.04940.21050.04810.22494.139214.350326.6691
65.112-1.5837-0.25291.90730.11922.6705-0.0404-0.05240.080.0320.06090.0039-0.5210.46560.00070.2836-0.1046-0.03090.25070.01540.19249.551112.680731.1234
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 48 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 49 through 85 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 86 through 99 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 100 through 192 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 193 through 237 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 238 through 271 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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