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万見
- PDB-2ga9: Crystal Structure of the Heterodimeric Vaccinia Virus Polyadenyla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ga9
タイトルCrystal Structure of the Heterodimeric Vaccinia Virus Polyadenylate Polymerase with Bound ATP-gamma-S
要素
  • Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase
  • Poly(A) polymerase catalytic subunit
キーワードTRANSFERASE / polyadenylate polymerase / nucleotidyltransferase / poxvirus / heterodimer / processivity
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mRNA 3'-end processing / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / mRNA processing / methyltransferase cap1 / methylation / methyltransferase cap1 activity / RNA binding ...regulation of mRNA 3'-end processing / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / mRNA processing / methyltransferase cap1 / methylation / methyltransferase cap1 activity / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poxvirus poly(A) polymerase, N domain / Poxvirus poly(A) polymerase, nucleotidyltransferase domain / Poly(A) polymerase catalytic subunit, Poxviridae / Poxvirus poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain / Poxvirus poly(A) polymerase, catalytic subunit, C-terminal / Poxvirus poly(A) polymerase, catalytic subunit, N-terminal / Poly(A) polymerase catalytic subunit superfamily / Poxvirus poly(A) polymerase, catalytic subunit, N-terminal domain superfamily / Poxvirus poly(A) polymerase, nucleotidyltransferase domain superfamily / Poxvirus poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain ...Poxvirus poly(A) polymerase, N domain / Poxvirus poly(A) polymerase, nucleotidyltransferase domain / Poly(A) polymerase catalytic subunit, Poxviridae / Poxvirus poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain / Poxvirus poly(A) polymerase, catalytic subunit, C-terminal / Poxvirus poly(A) polymerase, catalytic subunit, N-terminal / Poly(A) polymerase catalytic subunit superfamily / Poxvirus poly(A) polymerase, catalytic subunit, N-terminal domain superfamily / Poxvirus poly(A) polymerase, nucleotidyltransferase domain superfamily / Poxvirus poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain / Poxvirus poly(A) polymerase C-terminal domain / Poxvirus poly(A) polymerase N-terminal domain / mRNA methyltransferase-like / Poxvirus/kinetoplastid-type cap-specific nucleoside 2-O-methyltransferase / Poxvirus cap-specific nucleoside 2-O-methyltransferase / Poly A polymerase regulatory subunit / Poxvirus/kinetoplastid-type ribose 2'-O-methyltransferase (EC 2.1.1.57) family profile. / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase / Poly(A) polymerase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Moure, C.M. / Bowman, B.R. / Gershon, P.D. / Quiocho, F.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of the vaccinia virus polyadenylate polymerase heterodimer: insights into ATP selectivity and processivity.
著者: Moure, C.M. / Bowman, B.R. / Gershon, P.D. / Quiocho, F.A.
履歴
登録2006年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年2月15日Group: Non-polymer description / Other
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase
D: Poly(A) polymerase catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1046
ポリマ－88,9782
非ポリマー1,1274
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.050, 91.690, 133.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase / PolyA / polymerase regulatory subunit / PolyA / polymerase small subunit / PAP-S / VP39


分子量: 34588.961 Da / 分子数: 1 / 変異: R140A K142A R143A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P07617, methyltransferase cap1
#2: タンパク質 Poly(A) polymerase catalytic subunit / PolyA / polymerase large subunit / PAP-L / VP55


分子量: 54388.844 Da / 分子数: 1 / 変異: L36S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: P23371, polynucleotide adenylyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 20% PEG 4000, 0.240 M CaCl2, 5% glycerol, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月20日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(11) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 38285 / Num. obs: 38285 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化解像度: 2.3→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1819 4.7 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.225 38228 --
obs0.225 36590 93.8 %-
溶媒の処理Bsol: 35.436 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 33.885 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.611 Å20 Å20 Å2
2--2.284 Å20 Å2
3---0.328 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2959 Å / Luzzati d res low obs: 2.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6009 0 64 260 6333
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008414
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.61662
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3079 140 -
Rwork0.2617 --
obs-2973 77.45 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2sap.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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