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- PDB-6lln: citronellol catabolism dehydrogenase (AtuB) [Pseudomonas aerugino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lln
タイトルcitronellol catabolism dehydrogenase (AtuB) [Pseudomonas aeruginosa PAO1]
要素Putative dehydrogenase involved in catabolism of citronellol
キーワードOXIDOREDUCTASE / Acyclic terpene utilization pathway / AtuB / Short-chain dehydrogenase/reductase(SDR) family.
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NADPH) / lipid metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / PKS_KR / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisomal trans-2-enoyl-CoA reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhang, Q. / Bartlam, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800627 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of the Pseudomonas aeruginosa dehydrogenase AtuB involved in citronellol and geraniol catabolism.
著者: Chen, Y. / Jia, H. / Liang, Y. / Zhang, H. / Che, S. / Liu, R. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
履歴
登録2019年12月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Putative dehydrogenase involved in catabolism of citronellol


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7871
ポリマ－30,7871
非ポリマー00
水2,324129
1
A: Putative dehydrogenase involved in catabolism of citronellol

A: Putative dehydrogenase involved in catabolism of citronellol

A: Putative dehydrogenase involved in catabolism of citronellol

A: Putative dehydrogenase involved in catabolism of citronellol


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,1474
ポリマ－123,1474
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area13630 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area29750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.838, 98.152, 142.907
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Space group name HallF22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x,y+1/2,z+1/2
#6: x,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x,y+1/2,-z+1/2
#8: -x,-y+1/2,z+1/2
#9: x+1/2,y,z+1/2
#10: x+1/2,-y,-z+1/2
#11: -x+1/2,y,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2
#13: x+1/2,y+1/2,z
#14: x+1/2,-y+1/2,-z
#15: -x+1/2,y+1/2,-z
#16: -x+1/2,-y+1/2,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-353-

HOH

21A-422-

HOH

31A-423-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative dehydrogenase involved in catabolism of citronellol


分子量: 30786.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: atuB, PA2887 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HZW0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.05 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 45% PEG200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 23804 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 16.44 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 31.58
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Num. unique obs: 1155 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.066 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv.1.17.1精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIXv.1.17.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YXM

1yxm


解像度: 1.8→49.08 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 1965 -
Rwork0.196 --
obs-21932 91.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1749 0 0 129 1878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00631778
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78332401
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0533272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9991622
LS精密化 シェル解像度: 1.802→1.866 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2609 --
Rwork0.2092 --
obs-1687 71.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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