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- PDB-5fa7: CTX-M-15 in complex with FPI-1523 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fa7
タイトルCTX-M-15 in complex with FPI-1523
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5VR / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.67 Å
データ登録者King, A.M. / King, D.T. / French, S. / Brouillette, E. / Asli, A. / Alexander, A.N. / Vuckovic, M. / Maiti, S.N. / Parr, T.R. / Brown, E.D. ...King, A.M. / King, D.T. / French, S. / Brouillette, E. / Asli, A. / Alexander, A.N. / Vuckovic, M. / Maiti, S.N. / Parr, T.R. / Brown, E.D. / Malouin, F. / Strynadka, N.C.J. / Wright, G.D.
資金援助 カナダ, 米国, 4件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Canada Research Chair Programs カナダ
Canadian Foundation for Innovation カナダ
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural and Kinetic Characterization of Diazabicyclooctanes as Dual Inhibitors of Both Serine-beta-Lactamases and Penicillin-Binding Proteins.
著者: King, A.M. / King, D.T. / French, S. / Brouillette, E. / Asli, A. / Alexander, J.A. / Vuckovic, M. / Maiti, S.N. / Parr, T.R. / Brown, E.D. / Malouin, F. / Strynadka, N.C. / Wright, G.D.
履歴
登録2015年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6214
ポリマ－56,9722
非ポリマー6492
水9,368520
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8112
ポリマ－28,4861
非ポリマー3241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8112
ポリマ－28,4861
非ポリマー3241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.730, 60.270, 76.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 28486.230 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 26-291 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: blaUOE-1, bla, bla CTX-M-15, bla_1, bla_2, bla_3, blaCTX-M-15, blaCTX-M15, CTX-M-15, ECONIH1_02760, ECONIH1_27135, ERS085368_04262, ERS085370_01802, ERS085377_05268, ERS139214_01914, ...遺伝子: blaUOE-1, bla, bla CTX-M-15, bla_1, bla_2, bla_3, blaCTX-M-15, blaCTX-M15, CTX-M-15, ECONIH1_02760, ECONIH1_27135, ERS085368_04262, ERS085370_01802, ERS085377_05268, ERS139214_01914, ERS139238_04648, ERS139238_04652, ERS150880_04508, HUS2011_pI0012, pCTXM15_EC8_00003, SK84_05077, SK86_03319
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EXV5, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-5VR / [[(3~{R},6~{S})-6-(acetamidocarbamoyl)-1-methanoyl-piperidin-3-yl]amino] hydrogen sulfate


分子量: 324.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N4O7S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES pH6.5, 30% PEG5K monomethyl ether

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→70.1 Å / Num. obs: 59836 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 16.67 Å2 / Net I/σ(I): 12.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.67→33.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9385 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9203 / SU R Cruickshank DPI: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.096 / SU Rfree Blow DPI: 0.095 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.095
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2065 3068 5.13 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.1767 59810 98.39 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7967 Å20 Å2-1.4902 Å2
2---0.6746 Å20 Å2
3---2.4713 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.178 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.67→33.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7846 0 42 520 8408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017976HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1214448HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1785SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes104HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1181HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7976HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.75
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion553SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9204SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.71 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2506 218 4.95 %
Rwork0.2081 4184 -
all0.2102 4402 -
obs--98.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2923-0.07190.03180.24120.01780.6122-0.0249-0.0076-0.0060.00430.0003-0.02090.0140.02150.0246-0.07030.0017-0.0365-0.0012-0.00010.004216.6607-3.435718.2839
20.39540.0794-0.03460.2389-0.00720.62430.00020.0362-0.0014-0.00970.0263-0.0056-0.0349-0.0133-0.0265-0.07310.0083-0.0406-0.01250.00580.007115.3338-8.9331-18.4739
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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