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- PDB-6v7t: Crystal structure of CTX-M-14 E166A/D240G beta-lactamase in compl... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6v7t | ||||||
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Title | Crystal structure of CTX-M-14 E166A/D240G beta-lactamase in complex with ceftazidime | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE / drug resistance / protein evolution / conformational change / enzyme kinetics / enzyme catalysis / protein stability / protein-drug interaction | ||||||
Function / homology | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brown, C.A. / Hu, L. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.G. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Antagonism between substitutions in beta-lactamase explains a path not taken in the evolution of bacterial drug resistance. Authors: Brown, C.A. / Hu, L. / Sun, Z. / Patel, M.P. / Singh, S. / Porter, J.R. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Bowman, G.R. / Palzkill, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 268.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 175.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 381.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 382.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 1.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 10.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6v5eC ![]() 6v6gC ![]() 6v6pC ![]() 6v83C ![]() 6v8vC ![]() 1yltS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 27955.551 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E166A, D240G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: blaCTX-M-14, beta-lactamase CTX-M-14, bla, bla CTX-M-14, bla-CTX-M-14a, blaCTX-M, blaCTX-M-14a, blaCTX-M-14b, blaCTX-M-14c, blaCTX-M-27b, blatoho-3, blaUOE-2, CTX-M-14, AM465_01285, AM465_ ...Gene: blaCTX-M-14, beta-lactamase CTX-M-14, bla, bla CTX-M-14, bla-CTX-M-14a, blaCTX-M, blaCTX-M-14a, blaCTX-M-14b, blaCTX-M-14c, blaCTX-M-27b, blatoho-3, blaUOE-2, CTX-M-14, AM465_01285, AM465_06510, AM465_23360, APT94_14605, BEN53_26220, BET08_34355, BJJ90_27545, BK334_27290, BOH76_00730, BON63_16015, BON66_01305, BON69_22545, BON71_04040, BON75_10525, BON76_14325, BON81_01055, BON83_15455, BON86_08515, BON91_02075, BON92_04750, BON94_23850, BON95_01680, BON96_03940, BXT93_06855, C5N07_28500, C5P43_21980, CDL37_21060, CR538_26855, CRT46_23505, DW236_20870, EIA08_25160, EIA21_26975, ELT23_05930, ETN48_p0088, FNJ69_13810, FQR64_24895, FTV90_03295, pCT_085, pHK01_011, RCS103_P0010, RCS30_P0082, RCS56_P0085, RCS60_P0031, RCS63_P0006, RCS65_P0008, RCS66_P0053, SAMEA4362930_00013, SAMEA4370290_00046 Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 0.2M Na chloride, 0.1M Tris pH 8, 20% PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 7, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999974 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.34→47.04 Å / Num. obs: 99523 / % possible obs: 99.44 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 9.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 17.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.34→1.39 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Num. unique obs: 9924 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.137 / Χ2: 8.5 / % possible all: 99.26 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1YLT Resolution: 1.34→47.04 Å / SU ML: 0.0931 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 14.0695 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.34→47.04 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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