PDB-5e9k: Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with fragment F275

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e9k

タイトル

Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with fragment F275

要素

Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

キーワード

TRANSCRIPTION / four helical bundle

機能・相同性

機能・相同性情報

chromatin remodeling / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.067 Å

データ登録者

Lolli, G. / Caflisch, A.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography.
著者: Lolli, G. / Caflisch, A.

履歴

登録	2015年10月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月30日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e9k.cif.gz	63.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e9k.ent.gz	45.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e9k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5e9k_validation.pdf.gz	425.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5e9k_full_validation.pdf.gz	425.1 KB	表示
XML形式データ	5e9k_validation.xml.gz	7.2 KB	表示
CIF形式データ	5e9k_validation.cif.gz	9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/5e9k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/5e9k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dyuC 5dyxC 5e9iC 5e9lC 5e9mC 5e9yC 5ea1C 4ir5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5mgg-d 5mgf-d 5l96-d 5mge-d 4cur-d 5l98-d 5e9m-d 5e9y-d 5dyx-d 6fgt-d 5pc0-d 4ir5-d 5or9-d 5pbs-d 5l8t-d 5pce-d 4rvr-d 5pg0-d 5pbd-d 5cq8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

ヘテロ分子

13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.331, 96.181, 57.794
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B / hWALp4 分子量: 13531.574 Da / 分子数: 1 / 断片: Bromodomain (residues 2054-2168) / 由来タイプ: 組換発現詳細: First two residues SM derive from the expression tag 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ2B, KIAA1476 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UIF8
#2: 化合物	ChemComp-5KX / 2-chloro-1H-imidazole / 2-クロロ-1H-イミダゾ-ル分子量: 102.522 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₃ClN₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.55 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG500MME (20%), PEG1000 (2%), PEG3350 (2%), PEG20000 (10%), MPD (2%)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.067→48.09 Å / Num. all: 14219 / Num. obs: 14219 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.6 % / B_iso Wilson estimate: 31.71 Å² / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.054 / R_sym value: 0.048 / Net I/av σ(I): 12.407 / Net I/σ(I): 26.3 / Num. measured all: 121784

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.067-2.18	8.5	0.396	1.9	17150	2012	0.151	0.396	6.1	97.8
2.18-2.31	8.3	0.269	2.8	16303	1955	0.105	0.269	8.6	99.9
2.31-2.47	8.2	0.193	3.9	14733	1803	0.075	0.193	10.5	100
2.47-2.67	8.8	0.131	5.8	15075	1716	0.049	0.131	14.9	100
2.67-2.92	9.2	0.08	9.4	14447	1568	0.029	0.08	23.1	100
2.92-3.27	9.1	0.054	13.4	12957	1429	0.02	0.054	32	100
3.27-3.77	8.6	0.035	18	11009	1273	0.014	0.035	47.6	99.9
3.77-4.62	7.6	0.026	23.4	8300	1086	0.011	0.026	58.6	100
4.62-6.53	8.7	0.024	26	7527	869	0.009	0.024	63.8	100
6.53-48.09	8.4	0.021	28	4283	508	0.008	0.021	76.2	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IR5

4ir5

解像度: 2.067→48.09 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 29.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2194	1342	5.04 %
R_work	0.1942	25280	-
obs	0.1955	14219	99.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.09 Å² / B_iso mean: 49.5496 Å² / B_iso min: 30.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.067→48.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	947	0	6	65	1018
B_iso mean	-	-	45.63	50.2	-
残基数	-	-	-	-	116

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	981
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.077	1320
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	142
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	168
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.49	378

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0665-2.1404	0.3272	128	0.2887	2441	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1404-2.2261	0.276	131	0.263	2514	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2261-2.3274	0.2672	131	0.2506	2522	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3274-2.4501	0.2603	133	0.228	2517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4501-2.6036	0.273	139	0.2252	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6036-2.8046	0.1932	136	0.2082	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8046-3.0868	0.2616	132	0.2101	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0868-3.5334	0.2512	139	0.2158	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5334-4.4512	0.1887	137	0.1646	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4512-48.09	0.1609	136	0.1477	2553	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8384	-0.169	0.216	-0.0054	-0.1102	-0.0253	-0.5178	-0.6975	0.5328	0.0505	0.0002	-0.0393	0.3203	-0.1956	0.5189	0.3926	-0.0297	-0.0035	0.6332	-0.0495	0.5843	-1.3527	34.3013	-9.6453
2	6.531	-3.2335	3.9253	3.1929	-2.287	4.6301	-0.1285	0.1267	0.2597	0.2836	-0.0018	-0.2237	-0.2888	0.2355	0.1031	0.298	-0.0057	0.0498	0.3179	-0.0044	0.3864	20.482	29.4867	-2.2624
3	2.5508	-0.0771	0.1759	2.4692	0.263	2.8669	0.0861	0.1072	-0.1072	-0.0583	-0.059	-0.1272	0.4897	-0.0362	-0.0572	0.3575	0.0232	0.018	0.321	-0.0044	0.3292	20.6303	14.9628	-4.3879
4	2.8462	-0.5649	0.1354	4.297	-0.1247	2.7307	-0.3736	-0.553	0.0992	0.9715	0.2648	0.1632	0.0756	-0.3058	0.0267	0.4259	0.0774	0.0477	0.4366	-0.0269	0.3162	17.7381	19.6643	7.3286

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1856 through 1868 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1869 through 1882 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1883 through 1943 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1944 through 1971 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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