PDB-5dyx: Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with fragment F59

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dyx

タイトル

Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with fragment F59

要素

Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

キーワード

TRANSCRIPTION / four helical bundle

機能・相同性

機能・相同性情報

chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / DNA binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Lolli, G. / Caflisch, A.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography.
著者: Lolli, G. / Caflisch, A.

履歴

登録	2015年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月30日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dyx.cif.gz	65.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dyx.ent.gz	46.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dyx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dyx_validation.pdf.gz	428.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dyx_full_validation.pdf.gz	428.4 KB	表示
XML形式データ	5dyx_validation.xml.gz	8.1 KB	表示
CIF形式データ	5dyx_validation.cif.gz	10.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/5dyx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/5dyx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dyuC 5e9iC 5e9kC 5e9lC 5e9mC 5e9yC 5ea1C 4ir5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5e9m-d 5l98-d 6fgt-d 5mge-d 5mgg-d 5e9y-d 5or9-d 5cq3-d 5l8t-d 5pbd-d 5pce-d 5pcs-d 4ir5-d 5mgf-d 5pbm-d 5pbp-d 5e9k-d 5pgp-d 5pfu-d 5pbo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

ヘテロ分子

13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.129, 96.236, 57.783
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B / hWALp4 分子量: 13531.574 Da / 分子数: 1 / 断片: Bromodomain (residues 2054-2168) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ2B, KIAA1476 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UIF8
#2: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.49 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG500MME (20%), PEG1000 (2%), PEG3350 (2%), PEG20000 (10%), MPD (2%)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→48.12 Å / Num. obs: 19634 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 126337 / Scaling rejects: 23

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.85-1.89	6.3	0.733	2.2	7319	1154	0.865	0.312	99.6
9.06-48.12	5.7	0.082	22.8	1151	201	0.994	0.035	99.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IR5

4ir5

解像度: 1.85→42.28 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2017	990	5.05 %
R_work	0.1761	18618	-
obs	0.1774	19608	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 127.37 Å² / B_iso mean: 44.0179 Å² / B_iso min: 21.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→42.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	947	0	10	127	1084
B_iso mean	-	-	48.57	48.64	-
残基数	-	-	-	-	116

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	979
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1	1317
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	141
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	166
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.21	373

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9476	0.3031	156	0.2686	2573	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9476-2.0696	0.2543	148	0.2153	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0696-2.2294	0.1987	117	0.1919	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2294-2.4537	0.2283	135	0.1877	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4537-2.8087	0.2351	144	0.1849	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8087-3.5384	0.2165	133	0.1875	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5384-42.28	0.1659	157	0.1501	2778	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1054	-0.2322	-0.2386	0.3557	0.3594	0.0559	-0.6622	-0.6861	-0.3645	-0.3334	-0.0411	0.2459	-0.253	0.4186	-0.0105	0.3324	-0.0128	-0.0192	0.5689	0.0639	0.5535	1.4525	-34.4542	-9.8532
2	0.1254	-0.0588	0.0645	0.0912	-0.0249	0.035	-0.2434	0.1833	-0.8547	0.3201	0.0591	0.4712	0.6401	-0.1787	-0.0004	0.3379	0.0363	-0.0181	0.3054	0.0062	0.4871	-20.4322	-29.4155	-2.3438
3	0.77	-0.38	0.3922	0.5246	0.307	0.3746	-0.0802	-0.1588	0.2823	-0.0859	0.0733	0.1804	-0.2522	0.0113	0.0002	0.3434	0.0537	0.0321	0.2656	0.0039	0.337	-25.0915	-10.0669	-3.1089
4	1.0787	-0.6	0.2573	0.6904	-0.2404	0.3824	0.1465	0.1842	0.054	-0.1165	-0.1494	0.0349	-0.1564	0.1876	0	0.2708	0.0287	-0.0282	0.3	-0.0202	0.25	-16.747	-19.0945	-5.561
5	0.1582	0.1185	0.2194	0.2418	-0.1059	0.8124	-0.5346	-0.6287	-0.1259	1.021	0.4131	-0.0141	-0.027	0.2995	-0.0009	0.4477	0.1295	-0.0018	0.3764	0.0256	0.2741	-17.6948	-20.0885	7.2337

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1856 through 1868 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1869 through 1882 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1883 through 1910 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1911 through 1943 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1944 through 1971 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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