[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-5mgg: Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with 4-chloropy... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5mgg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with 4-chloropyridine derivative 3 | ||||||
![]() | Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / four helical bundle | ||||||
Function / homology | ![]() chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lolli, G. / Spiliotopoulos, D. / Caflisch, A. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Discovery of BAZ2A bromodomain ligands. Authors: Spiliotopoulos, D. / Wamhoff, E.C. / Lolli, G. / Rademacher, C. / Caflisch, A. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 64.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 46.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 432.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 432.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 7.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 9.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5mgeC ![]() 5mgfC ![]() 5mgjC ![]() 5mgkC ![]() 5mglC ![]() 5mgmC ![]() 4ir5S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 13531.574 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Bromodomain, UNP residues 2054-2167 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: First two residues SM derive from the expression tag Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-7MU / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.15 Å3/Da / Density % sol: 70.35 % / Mosaicity: 0.29 ° |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: PEG500MME (20%), PEG1000 (2%), PEG3350 (2%), PEG20000 (10%), MPD (2%) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Oct 5, 2016 | ||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→42.17 Å / Num. obs: 13460 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 38.42 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.6 | ||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
---|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4IR5 Resolution: 2.1→37.02 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.02
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 153.42 Å2 / Biso mean: 51.5932 Å2 / Biso min: 27.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→37.02 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|