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- PDB-5e9m: Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with N-methyltr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5e9m | |||||||||
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Title | Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with N-methyltrimethylacetamide | |||||||||
![]() | Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B | |||||||||
![]() | TRANSCRIPTION / four helical bundle | |||||||||
Function / homology | ![]() chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lolli, G. / Caflisch, A. | |||||||||
![]() | ![]() Title: High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography. Authors: Lolli, G. / Caflisch, A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 67.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 48.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 420.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 420.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 8.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 11.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5dyuC ![]() 5dyxC ![]() 5e9iC ![]() 5e9kC ![]() 5e9lC ![]() 5e9yC ![]() 5ea1C ![]() 4ir5S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 13531.574 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Bromodomain (residues 2054-2168) Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: First two residues SM derive from the expression tag Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-BAE / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.18 Å3/Da / Density % sol: 70.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: PEG500MME (20%), PEG1000 (2%), PEG3350 (2%), PEG20000 (10%), MPD (2%) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Mar 5, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.778→48.056 Å / Num. all: 22139 / Num. obs: 22139 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 6.4 % / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.038 / Rsym value: 0.031 / Net I/av σ(I): 17.574 / Net I/σ(I): 28.8 / Num. measured all: 141369 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4IR5 Resolution: 1.778→48.056 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.11 / Phase error: 24.76 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 107.73 Å2 / Biso mean: 39.0841 Å2 / Biso min: 20.01 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.778→48.056 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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