PDB-5e9m: Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with N-methyltr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e9m

タイトル

Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with N-methyltrimethylacetamide

要素

Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

キーワード

TRANSCRIPTION / four helical bundle

機能・相同性

機能・相同性情報

chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.778 Å

データ登録者

Lolli, G. / Caflisch, A.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography.
著者: Lolli, G. / Caflisch, A.

履歴

登録	2015年10月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月30日	Group: Database references
改定 2.0	2024年1月10日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e9m.cif.gz	67.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e9m.ent.gz	48.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e9m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/5e9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/5e9m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dyuC 5dyxC 5e9iC 5e9kC 5e9lC 5e9yC 5ea1C 4ir5S 4ioo C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dyx-d 5mgf-d 5l98-d 5cq3-d 5or9-d 5e9y-d 5mgg-d 6fgt-d 4ir5-d 5e9k-d 5mge-d 4cur-d 5pgg-d 5pc9-d 5pce-d 5pbm-d 5pg2-d 5pgp-d 5pdz-d 5pbp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

ヘテロ分子

13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.370, 96.111, 57.811
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2182- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B / hWALp4 分子量: 13531.574 Da / 分子数: 1 / 断片: Bromodomain (residues 2054-2168) / 由来タイプ: 組換発現詳細: First two residues SM derive from the expression tag 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ2B, KIAA1476 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UIF8
#2: 化合物	ChemComp-BAE / N-methyltrimethylacetamide / N,2,2-trimethylpropanamide / N-メチルピバルアミド分子量: 115.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.55 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG500MME (20%), PEG1000 (2%), PEG3350 (2%), PEG20000 (10%), MPD (2%)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.778→48.056 Å / Num. all: 22139 / Num. obs: 22139 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.038 / R_sym value: 0.031 / Net I/av σ(I): 17.574 / Net I/σ(I): 28.8 / Num. measured all: 141369

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.778-1.87	6.5	0.455	1.7	20429	3164	0.21	0.455	4	99
1.87-1.99	6	0.301	2.5	18048	3029	0.154	0.301	6.4	99.7
1.99-2.12	6.4	0.149	5.1	18119	2834	0.074	0.149	11.2	99.8
2.12-2.29	6.7	0.09	8.5	17558	2629	0.043	0.09	17.1	99.5
2.29-2.51	6.8	0.058	12.9	16844	2489	0.026	0.058	23.5	100
2.51-2.81	6.1	0.038	19.5	13430	2201	0.019	0.038	33.4	99.9
2.81-3.25	6.7	0.026	26.1	13201	1985	0.012	0.026	50	100
3.25-3.98	6.3	0.021	29.6	10704	1693	0.01	0.021	72.2	99.9
3.98-5.62	6	0.016	39	8033	1332	0.008	0.016	80.6	99.9
5.62-48.056	6.4	0.012	42.8	5003	783	0.006	0.012	85.7	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IR5

4ir5

解像度: 1.778→48.056 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.11 / 位相誤差: 24.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.198	2073	5.01 %
R_work	0.174	39327	-
obs	0.1752	22139	98.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.73 Å² / B_iso mean: 39.0841 Å² / B_iso min: 20.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.778→48.056 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	947	0	8	162	1117
B_iso mean	-	-	31.34	45.84	-
残基数	-	-	-	-	116

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	990
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.054	1335
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	144
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	169
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.163	385

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7777-1.819	0.2557	134	0.294	2583	X-RAY DIFFRACTION	96
1.819-1.8645	0.2779	142	0.259	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8645-1.9149	0.3251	135	0.2961	2563	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9149-1.9713	0.292	131	0.2708	2521	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9713-2.0349	0.2625	144	0.2122	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0349-2.1077	0.2337	132	0.2202	2512	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1077-2.192	0.2133	141	0.1772	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.192-2.2918	0.2023	130	0.1765	2550	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2918-2.4126	0.1849	139	0.1707	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4126-2.5638	0.1804	147	0.1664	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5638-2.7617	0.215	133	0.1682	2633	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7617-3.0396	0.1974	141	0.1763	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0396-3.4793	0.1826	136	0.1818	2644	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4793-4.3831	0.1718	143	0.1444	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3831-48.056	0.1795	145	0.1465	2658	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6182	0.2019	-2.5225	0.041	-0.0442	1.1561	-0.5561	-0.8326	-1.1266	-0.0497	-0.1272	0.005	-0.2005	0.37	0.7592	0.4313	-0.038	0.013	0.5065	0.11	0.5083	1.3447	-34.4201	-9.8133
2	3.2365	-1.7092	-1.1197	2.7418	0.7569	2.3592	-0.2131	-0.0816	-0.5535	0.3213	0.0952	0.3816	0.2678	-0.0984	0.0693	0.3031	0.0128	0.0058	0.2553	0.0185	0.3221	-23.3092	-25.4606	0.2337
3	1.1399	1.2435	-0.4767	9.1106	0.3323	1.1535	0.0436	0.0232	0.5469	0.1549	0.0474	0.3708	-0.4474	-0.1559	0.0368	0.3342	0.0632	-0.0192	0.2695	0.0277	0.3809	-28.9044	-7.1173	-6.064
4	1.3567	0.9091	-0.39	8.7517	0.1353	1.3226	0.1544	0.1857	0.1986	-0.595	0.0653	-0.5022	-0.2999	0.1294	-0.1908	0.4537	-0.0166	0.0354	0.2149	0.0321	0.2677	-19.6139	-6.6085	-6.4086
5	2.7535	-0.9596	-0.0067	2.8774	-0.161	2.9959	0.0538	0.0787	-0.0157	-0.0172	-0.0374	-0.0615	-0.2191	0.2121	-0.0071	0.2741	-0.0054	-0.0206	0.2112	0.0073	0.1937	-17.5443	-17.5802	-3.4417
6	3.7137	-2.1052	-0.5169	5.9796	0.8961	3.8701	-0.5459	-0.436	-0.2326	0.9763	0.3275	-0.0865	0.4654	0.4772	0.1211	0.425	0.0719	-0.0152	0.3325	0.0479	0.248	-16.9651	-22.4749	6.7139

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1856 through 1868 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1869 through 1889 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1890 through 1900 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1901 through 1910 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1911 through 1948 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1949 through 1971 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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