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- PDB-5dyu: Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with fragment F39 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dyu | ||||||
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Title | Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with fragment F39 | ||||||
![]() | Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / four helical bundle | ||||||
Function / homology | ![]() chromatin remodeling / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lolli, G. / Caflisch, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography. Authors: Lolli, G. / Caflisch, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 66.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 48 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5dyxC ![]() 5e9iC ![]() 5e9kC ![]() 5e9lC ![]() 5e9mC ![]() 5e9yC ![]() 5ea1C ![]() 4ir5S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 13531.574 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: bromodomain, UNP residues 1858-1971 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.15 Å3/Da / Density % sol: 70.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: PEG500MME (20%), PEG1000 (2%), PEG3350 (2%), PEG20000 (10%), MPD (2%) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 27, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→48.07 Å / Num. obs: 27388 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 179350 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4ir5 Resolution: 1.65→48.07 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.07 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 116.8 Å2 / Biso mean: 41.3276 Å2 / Biso min: 22.11 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.65→48.07 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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