PDB-5e9i: Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with fragment F60

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e9i

タイトル

Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with fragment F60

要素

Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

キーワード

TRANSCRIPTION / four helical bundle

機能・相同性

機能・相同性情報

chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Lolli, G. / Caflisch, A.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography.
著者: Lolli, G. / Caflisch, A.

履歴

登録	2015年10月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月30日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e9i.cif.gz	67.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e9i.ent.gz	48.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e9i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/5e9i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/5e9i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dyuC 5dyxC 5e9kC 5e9lC 5e9mC 5e9yC 5ea1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5pc2-d 5peu-d 5pc3-d 5pe0-d 4nra-d 5pgh-d 5pen-d 5pd0-d 5pdp-d 5pg9-d 5cud-d 5pe6-d 5pfh-d 5pgc-d 4nr9-d 5pbq-d 5l8u-d 5pf5-d 5pbx-d 5pfj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

ヘテロ分子

13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.030, 96.037, 57.902
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B / hWALp4 分子量: 13531.574 Da / 分子数: 1 / 断片: Bromodomain (residues 2054-2168) / 由来タイプ: 組換発現詳細: First two residues SM derive from the expression tag 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ2B, KIAA1476 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UIF8
#2: 化合物	ChemComp-F60 / 1H-indol-6-ol / 1H-インド-ル-6-オ-ル分子量: 133.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₇NO
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.16 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG500MME (20%), PEG1000 (2%), PEG3350 (2%), PEG20000 (10%), MPD (2%)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ELETTRA

/ ビームライン: 5.2R / 波長: 0.915 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.96→48.02 Å / Num. obs: 16565 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.037 / R_pim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 32 / Num. measured all: 107292

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.96-2.01	6.9	0.348	4.4	8218	1191	0.978	0.141	99.6
8.98-48.02	6	0.013	81	1259	210	1	0.006	98.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.96→41.515 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2168	817	5.05 %
R_work	0.1883	15361	-
obs	0.1897	16178	95.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.87 Å² / B_iso mean: 36.0265 Å² / B_iso min: 13.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.96→41.515 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	947	0	10	166	1123
B_iso mean	-	-	27.98	42.73	-
残基数	-	-	-	-	116

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	985
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.076	1327
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	142
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	168
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.997	377

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-2.0828	0.3199	120	0.2407	2581	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0828-2.2436	0.2687	138	0.2507	2290	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2436-2.4694	0.2766	123	0.2353	2319	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4694-2.8266	0.2278	128	0.1857	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8266-3.5609	0.207	161	0.183	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5609-41.515	0.1796	147	0.16	2801	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.9959	-0.6105	-4.0027	-0.0107	0.3526	1.7264	-0.697	-0.9737	-0.8491	-0.1202	0.0381	0.1224	-0.195	0.373	0.6283	0.3202	-0.0225	-0.0171	0.4955	0.109	0.4452	1.5518	-33.6733	-9.7356
2	5.5672	-5.2422	-5.7038	4.8922	5.081	5.9363	-0.4248	0.1826	-1.0333	0.2304	0.005	0.7402	0.4873	-0.0629	0.3928	0.2657	0.0073	-0.0078	0.234	0.0016	0.4212	-20.722	-29.4537	-2.4275
3	5.6691	0.1309	0.4182	7.1299	1.8763	4.5488	-0.1381	-0.6178	-0.1459	0.5784	0.5296	0.5034	0.0069	-0.2538	-0.1638	0.223	0.0664	0.0373	0.2625	0.0231	0.2206	-28.6793	-18.6643	4.892
4	4.7294	1.2713	0.2884	4.5376	3.6398	2.9971	-0.1493	0.245	1.2087	-1.0566	0.0192	1.4428	-1.2497	-0.8275	-0.2524	0.497	0.1493	-0.0562	0.2653	0.0225	0.4476	-30.0307	-7.6712	-5.3969
5	2.2153	1.5872	0.007	2.091	1.1401	1.3939	0.504	0.2439	0.6578	-0.2758	-0.2775	-0.1247	-0.5834	-0.1412	-0.2944	0.354	0.0331	0.1037	0.1871	0.0397	0.3319	-20.7406	-6.739	-6.5201
6	4.4733	-1.9656	-0.161	3.7406	0.3643	3.0182	0.1501	0.2472	0.0168	-0.1479	-0.1344	-0.0308	0.0374	0.198	0.0131	0.1749	0.0197	-0.0143	0.1525	0.0176	0.1408	-17.4135	-18.9617	-5.5536
7	4.4866	-1.5173	-1.1517	4.9661	0.4068	4.9851	-0.5446	-0.871	-0.0892	0.7157	0.5331	-0.1274	0.2848	0.516	-0.0228	0.2911	0.0569	-0.0424	0.3295	0.0253	0.1407	-18.2687	-19.7987	7.3383

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1856 through 1868 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1869 through 1882 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1883 through 1889 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1890 through 1900 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1901 through 1910 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1911 through 1943 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1944 through 1971 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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