PDB-5e9l: Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with fragment F103

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e9l

タイトル

Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with fragment F103

要素

Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

キーワード

TRANSCRIPTION / four helical bundle

機能・相同性

機能・相同性情報

chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Lolli, G. / Caflisch, A.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography.
著者: Lolli, G. / Caflisch, A.

履歴

登録	2015年10月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月30日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e9l.cif.gz	65.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e9l.ent.gz	47 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e9l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/5e9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/5e9l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dyuC 5dyxC 5e9iC 5e9kC 5e9mC 5e9yC 5ea1C 4ir5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5pe1-d 5pgq-d 5pfn-d 5pdt-d 5pcr-d 5pgk-d 5pbc-d 5pe7-d 5pba-d 5orb-d 5l96-d 5pge-d 5pgs-d 5pe5-d 5pft-d 4xub-d 4cus-d 4rvr-d 5pg4-d 5per-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

ヘテロ分子

13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.919, 96.209, 57.779
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B / hWALp4 分子量: 13531.574 Da / 分子数: 1 / 断片: Bromodomain (residues 2054-2168) / 由来タイプ: 組換発現詳細: First two residues SM derive from the expression tag 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ2B, KIAA1476 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UIF8
#2: 化合物	ChemComp-6AI / 1H-indazol-6-amine / 1H-インダゾ-ル-6-アミン分子量: 133.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₇N₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.4 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG500MME (20%), PEG1000 (2%), PEG3350 (2%), PEG20000 (10%), MPD (2%)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→48.1 Å / Num. obs: 18071 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 30.78 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 18.2 / Num. measured all: 116104 / Scaling rejects: 5

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.9-1.94	6.7	0.715	2.4	7549	1131	0.911	0.297	99.3
9.11-48.1	5.9	0.021	52.8	1172	199	0.998	0.009	98.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.3.11	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IR5

4ir5

解像度: 1.9→48.1 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2116	974	5.41 %
R_work	0.1794	17024	-
obs	0.1812	17998	99.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.05 Å² / B_iso mean: 41.2068 Å² / B_iso min: 19.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→48.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	947	0	10	122	1079
B_iso mean	-	-	54.8	47.14	-
残基数	-	-	-	-	116

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	998
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.036	1347
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	145
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	170
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.912	387

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9001-2.0003	0.3483	120	0.2762	2394	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0003-2.1256	0.2287	130	0.234	2411	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1256-2.2898	0.2313	153	0.1985	2374	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2898-2.5202	0.2772	144	0.1863	2428	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5202-2.8848	0.2117	147	0.1781	2399	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8848-3.6344	0.2221	146	0.1846	2454	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6344-48.1	0.1729	134	0.1543	2564	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0323	0.0775	0.0573	0.1572	-0.1885	0.1284	-0.3999	-0.449	0.1331	-0.1006	-0.0891	-0.2068	0.4933	-0.2355	-0.0084	0.34	-0.0197	0.0273	0.4249	-0.0753	0.5084	-1.1945	34.3308	-9.8557
2	1.786	-0.6816	-0.0637	0.533	-0.0999	0.9463	0.0621	0.0794	0.0677	-0.0251	-0.0212	-0.0845	0.137	-0.0617	0.0001	0.234	0.011	0.0146	0.2382	0.0037	0.2462	20.4454	17.7766	-4.027
3	0.3386	0.2967	0.0278	0.2036	0.1795	0.4572	-0.3863	-0.5754	0.1659	0.8022	0.2976	-0.0518	0.0504	-0.3844	0.0002	0.4265	0.1109	0.0301	0.3348	-0.0321	0.2625	17.8275	19.6972	7.3268

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1856 through 1868 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1869 through 1943 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1944 through 1971 )	A

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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