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- PDB-5dr5: Crystal structure of the sclerostin-neutralizing Fab AbD09097 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dr5
タイトルCrystal structure of the sclerostin-neutralizing Fab AbD09097
要素
  • AbD09097 Fab heavy chain
  • AbD09097 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / sclerostin-neutralizing / Fab / Wnt inhibitor
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Mueller, T.D. / Boschert, V. / Weidauer, S.E. / Muth, E.M. / Knappik, A. / Frisch, C.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationDFG MU1095/5-1 ドイツ
European UnionTALOS, HEALTH-F2-2008-201099
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Generation and Affinity Maturation of Neutralizing Anti-Sclerostin Antibodies
著者: Boschert, V. / Frisch, C. / Back, J.W. / van Pee, K. / Weidauer, S.E. / Muth, E.-M. / Schmieder, P. / Beerbaum, M. / Knappik, A. / Timmerman, P. / Mueller, T.D.
履歴
登録2015年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: AbD09097 Fab heavy chain
L: AbD09097 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2462
ポリマ－50,2462
非ポリマー00
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.193, 78.495, 59.196
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 AbD09097 Fab heavy chain


分子量: 26727.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The Fab heavy chain contains a C-terminal Myc- and hexahistidine extension preceded by thrombin peptidase recognition sequence to facilitate detection and purification
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1F-
#2: 抗体 AbD09097 Fab light chain


分子量: 23517.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TGF1-
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.85 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% (w/v) PEG3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 10mM zinc chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年6月13日 / 詳細: Rigaku VariMax HF
放射モノクロメーター: multilayer mirror optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→20.77 Å / Num. all: 35146 / Num. obs: 34389 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.66 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 126958 / Scaling rejects: 953
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2Rejects% possible all
1.85-1.922.940.33.7826128031.073280.1
1.92-1.993.490.2963.91210334431.098699
1.99-2.083.660.2494.51287734931.0478100
2.08-2.193.670.2214.91298435021.03116100
2.19-2.333.710.25.41312835111.04105100
2.33-2.513.750.147.31333435320.9474100
2.51-2.763.790.09610.11326634770.938799.9
2.76-3.163.820.06414.11351035170.868299.9
3.16-3.983.840.0518.71368635370.8789100
3.98-20.773.810.03428.11380935740.8820499.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.85 Å20.77 Å
Translation1.85 Å20.77 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClear9.2SSIデータ収集
CrystalClear9.2SSIデータ削減
CrystalClear9.2SSIデータスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3NH7

3nh7


解像度: 1.85→20.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / WRfactor Rfree: 0.2371 / WRfactor Rwork: 0.1797 / FOM work R set: 0.7912 / SU B: 9.789 / SU ML: 0.141 / SU R Cruickshank DPI: 0.1613 / SU Rfree: 0.1552 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2442 1721 5 %RANDOM
Rwork0.1884 ---
obs0.1913 32559 97.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK / Bsol: 250.008 Å2 / ksol: 0.77 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 71.06 Å2 / Biso mean: 29.759 Å2 / Biso min: 13.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å20 Å2-1.18 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3----0.4 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.263 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→20.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3346 0 0 288 3634
Biso mean---34.33 -
残基数----439
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.023446
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0061.9544693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5635437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.14524.101139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.04915549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.5291516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.72.0541754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5173.0692189
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2912.1891692
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 88 -
Rwork0.361 1900 -
all-1988 -
obs--76.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3525-0.60260.84662.5996-0.22061.9231-0.0144-0.0316-0.02540.1257-0.00340.15790.1488-0.19560.01780.0371-0.03260.03880.0935-0.03510.06585.2199-1.62433.0406
21.49710.77260.78571.39970.65781.5611-0.26790.07890.1955-0.24160.05160.1132-0.3491-0.10330.21630.08940.0097-0.05460.0246-0.00410.037913.466919.11320.7982
30.94360.22050.97920.9953-0.01571.59650.0474-0.1595-0.0072-0.061-0.00170.06710.0599-0.1166-0.04570.0133-0.01770.00870.09280.01090.055924.11672.664832.1163
41.093-0.48860.83621.7198-0.54411.1181-0.043-0.02220.03490.06790.0085-0.1184-0.0384-0.02620.03450.01540.00050.01420.0108-0.00050.037837.36928.326827.5698
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2L1 - 109
3X-RAY DIFFRACTION3H116 - 224
4X-RAY DIFFRACTION4L110 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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