PDB-5dqd: Structure of S55-5 Fab in complex with lipid A carbohydrate backbone

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dqd

タイトル

Structure of S55-5 Fab in complex with lipid A carbohydrate backbone

要素

S55-5 Fab (IgG1 kappa) light chain
S55-5 Fab (IgG1) heavy chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Carbohydrate binding / Antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Haji-Ghassemi, O. / Evans, S.V.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Lipid A-antibody structures reveal a widely-utilized pocket specific for negatively charged groups derived from unrelated V-genes
著者: Haji-Ghassemi, O. / Muller-Loennies, S. / Rodriguez, T. / Brade, L. / Kosma, P. / Brade, H. / Evans, S.V.

履歴

登録	2015年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_asym.entity_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dqd.cif.gz	110.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dqd.ent.gz	80.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dqd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dqd_validation.pdf.gz	825.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dqd_full_validation.pdf.gz	828.8 KB	表示
XML形式データ	5dqd_validation.xml.gz	22.1 KB	表示
CIF形式データ	5dqd_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dqd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dqjC 4m93S 4odsS 5dq9 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jm4-d 4odt-d 5mv3-4 3ijh-1 5dqj-1 1t4k-1 6idg-d 6wkm-d 5mp5-3 5mv3-1 5mp3-2 5b4m-1 5mv4-4 5mvj-1 5mv4-8 5mx3-2 1q9l-2 3ijh-2 5v6l-1 5mu0-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: S55-5 Fab (IgG1 kappa) light chain

H: S55-5 Fab (IgG1) heavy chain

ヘテロ分子

48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.385, 64.793, 129.771
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	L-452- HOH

#1: 抗体

S55-5 Fab (IgG1 kappa) light chain

分子量: 24087.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascites / 由来: (天然)

Mus musculus (ハツカネズミ)

#2: 抗体

S55-5 Fab (IgG1) heavy chain

分子量: 23846.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascites / 由来: (天然)

Mus musculus (ハツカネズミ)

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 584.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_1OPO/3O/3=O_2NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O_4OPO/3O/3=O]/1-2/a6-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][P]{[(0+1)][a-D-GlcpNAc]{[(6+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+0)][P]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.26 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1.0M LICL, 0.1M CITRIC ACID, AND 20% (W/V) PEG 6000, PH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP,

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年4月30日 / 詳細: VERTICAL FOCUSING MIRROR
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.938→25 Å / Num. obs: 36075 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 16.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.111 / Χ²: 1.065 / Net I/av σ(I): 15.831 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 204429
反射シェル	解像度: 1.94→2.01 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 3.93 / Num. unique all: 3847 / Χ²: 1.048 / Rejects: 0 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4M93, 4ODS

4m93

4ods

解像度: 1.94→24.09 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.222	1797	4.99 %
R_work	0.172	-	-
obs	0.175	36013	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 76.17 Å² / B_iso mean: 23.08 Å² / B_iso min: 3.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.94→24.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3359	0	39	393	3791
B_iso mean	-	-	19.68	29.26	-
残基数	-	-	-	-	439

LS精密化シェル

解像度: 1.94→2.01 Å / R_factor R_free: 0.2215 / R_factor R_work: 0.172

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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