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- PDB-5dlm: Complex of Influenza M2e and Antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dlm
タイトルComplex of Influenza M2e and Antibody
要素
  • Heavy chain of monoclonal antibody
  • Light chain of monoclonal antibody
  • Matrix protein 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / Antibody / Extracellular domain
機能・相同性
機能・相同性情報


uncoating of virus / Transport of HA trimer, NA tetramer and M2 tetramer from the endoplasmic reticulum to the Golgi Apparatus / Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis ...uncoating of virus / Transport of HA trimer, NA tetramer and M2 tetramer from the endoplasmic reticulum to the Golgi Apparatus / Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / suppression by virus of host autophagy / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / proton transmembrane transporter activity / Viral mRNA Translation / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza virus matrix protein 2 / Influenza Matrix protein (M2) / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix protein 2 / Matrix protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cho, K.J. / Schepens, B. / Moonens, K. / Deng, L. / Fiers, W. / Remaut, H. / Saelens, X.
資金援助 ベルギー, 中国, 5件
組織認可番号国
Fonds Wetenschappelijk Onderzoek3G052412N ベルギー
Fonds Wetenschappelijk Onderzoek - Vlaanderen ベルギー
China Scholarship Council2011674067 中国
VIBIUAP BELVIR project p7/45 ベルギー
Ghent UniversityBOF12/GOA/014 ベルギー
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of the Conserved Amino Terminus of the Extracellular Domain of Matrix Protein 2 of Influenza A Virus Gripped by an Antibody.
著者: Cho, K.J. / Schepens, B. / Moonens, K. / Deng, L. / Fiers, W. / Remaut, H. / Saelens, X.
履歴
登録2015年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月30日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain of monoclonal antibody
L: Light chain of monoclonal antibody
I: Heavy chain of monoclonal antibody
M: Light chain of monoclonal antibody
X: Matrix protein 2
Y: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2408
ポリマ－99,0486
非ポリマー1922
水5,495305
1
H: Heavy chain of monoclonal antibody
L: Light chain of monoclonal antibody
X: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6204
ポリマ－49,5243
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
2
I: Heavy chain of monoclonal antibody
M: Light chain of monoclonal antibody
Y: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6204
ポリマ－49,5243
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area19360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.640, 101.440, 212.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体 Heavy chain of monoclonal antibody


分子量: 23017.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Light chain of monoclonal antibody


分子量: 24008.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド Matrix protein 2


分子量: 2497.675 Da / 分子数: 2 / Mutation: Trp15Gly / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: A4U6V3, UniProt: P06821*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100 mM sodium acetate (pH 5.0), 2 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 50230 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 84.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DVB

4dvb


解像度: 2.2→49.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 13.277 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2403 2494 5 %RANDOM
Rwork0.1866 ---
obs0.1893 47639 98.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 131.57 Å2 / Biso mean: 46.022 Å2 / Biso min: 23.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→49.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6727 0 10 305 7042
Biso mean--72.47 42.27 -
残基数----882
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.026924
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.026343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2641.9539422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.58314711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7115882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.95523.822259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.129151116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0741531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.21072
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0217725
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9372.7733531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9372.7733530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.944.1524406
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.577 152 -
Rwork0.579 3086 -
all-3238 -
obs--87.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5849-1.0851-1.1741.64160.24472.5073-0.1918-0.2490.03110.07740.0323-0.02390.27450.23290.15940.04380.0154-0.0030.07290.00580.062726.652-10.98245.13
212.4321-0.39168.5392.77431.470115.9179-0.16620.1235-0.4531-0.419-0.05120.51920.1952-1.11760.21740.3003-0.1001-0.050.1970.00120.2728-11.649-3.55135.793
33.27511.42091.9061.45751.29613.2254-0.07470.05010.02440.03880.02440.15080.1774-0.15170.05030.0295-0.02250.02260.0221-0.00890.0816-2.3-7.20639.654
42.9522-0.77010.15313.7140.00854.4444-0.12310.3750.0017-0.63510.0334-0.0070.39730.21960.08970.2568-0.0603-0.00140.1188-0.0040.028114.69121.8586.296
51.7603-1.6041-0.54286.5089-0.2841.5469-0.08260.16320.3535-0.33580.0480.0621-0.0878-0.00870.03460.1482-0.0727-0.06670.13750.05660.13411.17538.31112.023
62.21660.7398-0.24396.6221.79813.07880.09360.09130.6137-0.435-0.07680.2588-0.37520.0841-0.01670.1707-0.0204-0.0160.11190.08760.213212.88252.84713.524
711.60383.03794.2751.64541.33844.06660.07740.347-0.1286-0.09390.0172-0.13140.08120.0967-0.09460.08890.01250.05370.06420.03350.117630.393-9.26619.822
83.3786-0.23330.49542.00690.51232.9419-0.03980.3712-0.424-0.1675-0.03860.04430.23440.04630.07840.06110.0030.04360.0555-0.01570.136328.08-16.48724.506
92.9988-1.6348-1.88752.81851.68543.79740.1360.31240.0833-0.2718-0.07630.1317-0.3715-0.3262-0.05980.0616-0.0071-0.01770.09610.02960.0698-4.5062.89526.652
103.04553.9251.50837.55752.9733.1926-0.03260.003-0.2185-0.0068-0.0141-0.04810.1512-0.08550.04670.0472-0.04030.03180.08040.00680.076411.37719.40632.379
112.32390.95870.74033.53220.88532.45370.0003-0.0935-0.06880.0418-0.0318-0.19050.16880.04820.03140.0381-0.0180.01130.03380.00670.029918.74521.72228.127
123.556-1.23381.29262.5753-1.66763.3785-0.0749-0.07310.80950.2260.05310.1365-0.5589-0.21820.02180.2001-0.02450.03320.0574-0.00160.40742.45555.71126.118
137.7617-2.5577-0.114910.2594-3.621314.34530.04150.06750.12870.05390.0497-0.68560.22271.3887-0.09120.14640.07010.05080.20380.02690.152838.658-19.73437.005
147.7418-0.07780.89977.43715.016910.78750.25930.1047-0.5664-0.1506-0.2260.08351.399-0.0656-0.03330.45130.04790.04930.17010.03580.164821.34510.82515.609
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2H121 - 135
3X-RAY DIFFRACTION3H136 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4I2 - 85
5X-RAY DIFFRACTION5I86 - 135
6X-RAY DIFFRACTION6I136 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7L1 - 31
8X-RAY DIFFRACTION8L32 - 110
9X-RAY DIFFRACTION9L111 - 217
10X-RAY DIFFRACTION10M1 - 32
11X-RAY DIFFRACTION11M33 - 110
12X-RAY DIFFRACTION12M111 - 217
13X-RAY DIFFRACTION13X2 - 10
14X-RAY DIFFRACTION14Y2 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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