PDB-5dib: 2.25 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde de...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dib

タイトル

2.25 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase (betB) Y450L point mutant from Staphylococcus aureus in complex with NAD+ and BME-modified Cys289

要素

Betaine aldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / BetB / structural genomics / NAD / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / CSGID / Rossmann fold / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Chen, C. / Joo, J.C. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.25 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase (betB) Y450L point mutant from Staphylococcus aureus in complex with NAD+ and BME-modified Cys289
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Chen, C. / Joo, J.C. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2015年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dib.cif.gz	780.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dib.ent.gz	648 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dib.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dib_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dib_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5dib_validation.xml.gz	79.6 KB	表示
CIF形式データ	5dib_validation.cif.gz	110.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/5dib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/5dib	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mpbS 4mpy 4nea 4nu9 4q92 4qje 4qn2 4qto 4zwl 4zxu S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zxu-1 4qto-d 4qn2-2 4q92-d 4zwl-2 4qn2-1 5ez4-d 5gt6-d 4zwl-1 2o2p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP00699

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Betaine aldehyde dehydrogenase

B: Betaine aldehyde dehydrogenase

C: Betaine aldehyde dehydrogenase

D: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

232 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	224.866, 102.633, 118.243
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.83, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	A	A	1 - 495	22 - 516
2	1	SER	SER	B	B	-20 - 495	1 - 516
1	2	LYS	LYS	A	A	-20 - 496	1 - 517
2	2	LYS	LYS	C	C	-20 - 496	1 - 517
1	3	SER	SER	A	A	1 - 495	22 - 516
2	3	SER	SER	D	D	-20 - 495	1 - 516
1	4	SER	SER	B	B	-20 - 495	1 - 516
2	4	SER	SER	C	C	1 - 495	22 - 516
1	5	LYS	LYS	B	B	-20 - 496	1 - 517
2	5	LYS	LYS	D	D	-20 - 496	1 - 517
1	6	SER	SER	C	C	1 - 495	22 - 516
2	6	SER	SER	D	D	-20 - 495	1 - 516

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Betaine aldehyde dehydrogenase / Betaine-aldehyde dehydrogenase 分子量: 57142.234 Da / 分子数: 4 / 変異: Y450L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: gbsA, CH51_13935, ERS157365_02065, ERS157366_01277, ERS157367_01590, ERS157368_01276, ERS157369_01327, ERS157370_01780, ERS157371_01447, ERS157372_01660, ERS157373_01815, ERS157374_00943, ...遺伝子: gbsA, CH51_13935, ERS157365_02065, ERS157366_01277, ERS157367_01590, ERS157368_01276, ERS157369_01327, ERS157370_01780, ERS157371_01447, ERS157372_01660, ERS157373_01815, ERS157374_00943, ERS157376_02019, ERS157379_02102, ERS157380_01277, ERS157381_01481, ERS157382_01327, ERS157383_01276, ERS157384_01683, ERS157385_01328, ERS157386_01590, ERS157387_01983, ERS157388_01278, ERS157389_01857, ERS157390_01571, ERS157391_01874, ERS157393_01280, ERS157394_01487, ERS157395_01059, ERS157409_01038, ERS195389_01428, ERS195391_02004, ERS445052_00785 プラスミド: P15TV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-magic / 参照: UniProt: Q9L4P8, betaine-aldehyde dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 867 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.7 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: BetB23 (Y450L mutant), 7 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3 500 mM NaCl 5 mM BME 5 mM NAD (co-crystallized) Crystallization: on 11/19/2014; The Classics II Suite (D3): 0.1 M HEPES pH 7.0 ...詳細: Protein: BetB23 (Y450L mutant), 7 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3 500 mM NaCl 5 mM BME 5 mM NAD (co-crystallized) Crystallization: on 11/19/2014; The Classics II Suite (D3): 0.1 M HEPES pH 7.0 30% (v/v) Jeffamine ED-2001; soaked in crystallization conditions for cryo protection.

結晶

マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.7 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein: BetB23 (Y450L mutant), 7 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3 500 mM NaCl 5 mM BME 5 mM NAD (co-crystallized) Crystallization: on 11/19/2014; The Classics II Suite (D3): 0.1 M HEPES pH 7.0 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月29日
放射	モノクロメーター: DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→29.72 Å / Num. obs: 122946 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 30.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.649 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4mpb

4mpb

解像度: 2.25→29.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 14.051 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25532	6154	5 %	RANDOM
R_work	0.21557	-	-	-
obs	0.21757	116530	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.716 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.25 Å²	0 Å²	0.4 Å²
2-	-	-0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15404	0	209	867	16480

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	16016
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	15222
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.769	1.974	21698
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.028	3	35151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.934	5	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.296	25.446	729
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	8.758	15	2787
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.339	15	74
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	2417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	18186
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	3484
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	31542	0.05
1	2	B	31542	0.05
2	1	A	31332	0.06
2	2	C	31332	0.06
3	1	A	31143	0.06
3	2	D	31143	0.06
4	1	B	31266	0.07
4	2	C	31266	0.07
5	1	B	31330	0.07
5	2	D	31330	0.07
6	1	C	31184	0.06
6	2	D	31184	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	430	-
R_work	0.295	8612	-
obs	-	-	99.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0201	-2.7888	1.752	10.4604	0.7506	0.9452	0.0587	-0.057	0.4967	-0.8915	-0.2512	-0.2087	-0.1464	-0.0858	0.1925	0.0981	-0.0371	0.0086	0.321	0.0393	0.589	-67.9474	36.7439	14.1196
2	0.4185	-0.2006	0.0466	0.7836	0.2237	0.6268	0.0088	0.064	0.0578	-0.0741	0.0279	0.0005	-0.0531	-0.0883	-0.0367	0.0247	0.041	-0.0045	0.165	0.0526	0.087	-66.0917	21.1867	14.4647
3	0.3227	-0.0225	0.0529	0.5098	-0.122	0.3273	0.032	0.097	0.0591	-0.0194	-0.0298	0.0558	-0.0181	-0.1636	-0.0021	0.0145	0.0334	-0.0175	0.1966	0.0151	0.0776	-69.2325	9.9604	17.6157
4	0.5108	-0.2071	0.106	1.5452	-0.8123	1.4799	0.0227	0.073	0.034	0.0988	0.0961	0.2228	-0.1867	-0.264	-0.1188	0.0461	0.0886	0.0168	0.1877	0.0382	0.1374	-79.7436	29.5984	41.9865
5	0.095	-0.0586	-0.2376	0.5819	0.3347	0.6648	-0.0079	0.0527	0.0131	0.0208	0.0334	0.0332	0.0212	-0.1354	-0.0255	0.0076	0.0209	-0.0169	0.176	0.0079	0.1043	-68.8223	6.7084	37.6189
6	2.8044	-1.539	0.5357	0.8933	-0.2851	0.107	-0.1966	-0.1234	-0.2819	0.0623	0.222	0.0761	-0.0571	0.019	-0.0254	0.6757	-0.3013	-0.0642	0.5702	-0.0306	0.6883	-75.1193	-36.1815	38.7773
7	0.6645	0.2741	0.2838	0.6443	0.3975	0.9764	-0.0203	-0.0171	-0.0607	0.1071	0.0374	-0.0038	0.2262	-0.2138	-0.0171	0.0906	-0.0965	-0.0051	0.1954	0.0115	0.1087	-73.485	-21.6063	39.4887
8	0.1477	0.1034	-0.0568	0.5016	0.0925	0.4398	0.0127	0.02	-0.0246	0.0009	-0.0278	0.0367	0.0954	-0.2224	0.0151	0.0317	-0.0629	-0.0172	0.1908	0.0001	0.1051	-74.2882	-10.3425	35.1882
9	0.8048	0.3097	-0.3212	1.3632	-0.2472	1.3258	0.0279	0.0991	-0.0549	-0.0935	-0.0094	0.1269	0.1777	-0.2418	-0.0184	0.081	-0.0908	-0.0345	0.1929	-0.0396	0.1035	-71.2327	-29.7905	8.8412
10	0.0444	-0.1206	-0.0743	0.3673	0.2543	0.8517	0.0095	0.0225	-0.0016	-0.0398	-0.0029	0.025	0.076	-0.1253	-0.0066	0.026	-0.0368	-0.0225	0.1698	-0.0122	0.0964	-65.2793	-9.643	17.0864
11	0.2431	0.3193	1.2616	0.457	1.7846	7.0686	0.1853	0.0519	0.0623	0.3191	-0.0439	-0.0039	1.172	0.0258	-0.1414	0.5287	-0.0531	0.2057	0.6608	0.2118	0.7761	-38.5546	-25.912	63.9085
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16	2.799	0.2068	-0.9238	0.0284	-0.2282	2.3286	0.2987	0.7959	-0.2247	0.0415	0.0553	0.0209	-0.4652	-0.1146	-0.3539	0.4372	-0.0538	0.139	0.3888	0.027	0.3271	-22.7577	25.6702	12.1556
17	0.8989	0.0117	-0.4237	0.6114	0.2831	0.9404	0.0117	0.0191	0.1123	-0.0389	0.0491	-0.1052	-0.188	0.0595	-0.0608	0.0491	-0.0209	-0.0204	0.1326	0.0082	0.2013	-28.3839	20.7024	24.3646
18	0.2771	0.1173	-0.4442	0.6119	-0.1299	0.9319	0.0029	-0.0296	0.0852	0.0112	0.0788	-0.0972	-0.0153	0.082	-0.0817	0.0207	-0.0078	-0.0579	0.2069	-0.0285	0.2208	-28.8436	12.0378	32.9342
19	0.6049	0.1027	-0.073	1.7667	0.0271	0.7845	0.0668	0.1288	-0.0238	-0.046	0.0485	-0.2954	0.0129	0.1875	-0.1153	0.0141	-0.0085	0.0013	0.2734	-0.0692	0.2071	-16.9508	-3.3046	6.7474
20	0.1731	-0.1626	-0.147	0.3715	0.2957	0.7296	0.0081	0.0232	-0.019	0.0349	0.0371	-0.0848	0.0514	0.0148	-0.0452	0.021	0.007	-0.0552	0.1727	-0.0306	0.1655	-35.8195	-6.3412	27.2634

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-20 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	7 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	130 - 257
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	258 - 381
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	382 - 496
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	-20 - 6
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	7 - 129
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	130 - 258
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	259 - 367
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	368 - 496
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	-20 - 5
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	6 - 129
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	130 - 257
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	258 - 404
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	405 - 496
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	-20 - 5
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	6 - 129
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	130 - 257
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	258 - 396
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	397 - 496

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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