PDB-5den: The First Structure of a Full-Length Mammalian Phenylalanine Hydr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5den

タイトル

The First Structure of a Full-Length Mammalian Phenylalanine Hydroxylase Reveals the Architecture of an Auto-inhibited Tetramer

要素

Phenylalanine-4-hydroxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / mammalian phenylalanine hydroxylase / allosteric regulation by phenylalanine / phenylketonuria / ACT-containing

機能・相同性

機能・相同性情報

tyrosine biosynthetic process, by oxidation of phenylalanine / Phenylalanine metabolism / L-phenylalanine metabolic process / phenylalanine 4-monooxygenase / phenylalanine 4-monooxygenase activity / tyrosine biosynthetic process / L-phenylalanine catabolic process / amino acid binding / iron ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Arturo, E.C. / Loll, P.J. / Jaffe, E.K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: First structure of full-length mammalian phenylalanine hydroxylase reveals the architecture of an autoinhibited tetramer.
著者: Arturo, E.C. / Gupta, K. / Heroux, A. / Stith, L. / Cross, P.J. / Parker, E.J. / Loll, P.J. / Jaffe, E.K.

履歴

登録	2015年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月2日	Group: Database references
改定 1.2	2016年3月9日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5den.cif.gz	687.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5den.ent.gz	579.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5den.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5den_validation.pdf.gz	461.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5den_full_validation.pdf.gz	475.3 KB	表示
XML形式データ	5den_validation.xml.gz	55.3 KB	表示
CIF形式データ	5den_validation.cif.gz	73.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/5den ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/5den	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1phzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fgj-d 5egq-d 6n1k-d 6hyc-1 6hyc-2 3rj3-d 4163 7k11-d 6fe8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (17) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Phenylalanine-4-hydroxylase

B: Phenylalanine-4-hydroxylase

C: Phenylalanine-4-hydroxylase

D: Phenylalanine-4-hydroxylase

ヘテロ分子

208 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.780, 89.160, 196.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.530, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and ((resid 22 and (name N or name...
2	1	(chain B and ((resid 22 and (name O or name...
3	1	(chain C and ((resid 22 and (name N or name...
4	1	(chain D and ((resid 22 and (name N or name...

#1: タンパク質	Phenylalanine-4-hydroxylase / PAH / Phe-4-monooxygenase 分子量: 51871.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pah / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04176, phenylalanine 4-monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.68 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein was stored at -80C, then thawed in a water bath at 25C for ~ 20 minutes. The protein, at a concentration of 9.5 mg/mL was diluted to 5.5 mg/mL using 30 mM Tris pH 7.4, 116 mM KCl, 15% ...詳細: Protein was stored at -80C, then thawed in a water bath at 25C for ~ 20 minutes. The protein, at a concentration of 9.5 mg/mL was diluted to 5.5 mg/mL using 30 mM Tris pH 7.4, 116 mM KCl, 15% glycerol. The diluted protein was left at 4C for ~ hours, then at room temperature for ~ 20 minutes prior to preparation of the crystallization tray. The 2 uL hanging drop (containing 1:1 protein:reservoir) hung over a reservoir solution containing 140 mM Na-acetate, 70 mM Na-citrate, 100 mM Na-cacodylate (pH 6.5), and 31.5% PEG 1,000 (Hampton Research). Temp details: Temperature is approximate. Temperature maintenance was passive; crystal trays were stored in an incubator that remained off.

結晶

マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.68 %

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein was stored at -80C, then thawed in a water bath at 25C for ~ 20 minutes. The protein, at a concentration of 9.5 mg/mL was diluted to 5.5 mg/mL using 30 mM Tris pH 7.4, 116 mM KCl, 15% ...
Temp details: Temperature is approximate. Temperature maintenance was passive; crystal trays were stored in an incubator that remained off.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→38.1 Å / Num. obs: 38661 / % possible obs: 91.01 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 9.06
反射シェル	解像度: 2.9→3.004 Å / 冗長度: 1.56 % / R_merge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / % possible all: 76.49

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	1.10pre_2120: ???	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PHZ

1phz

解像度: 2.9→38.1 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3031	1930	5 %
R_work	0.2384	36698	-
obs	0.2417	38628	90.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 179.95 Å² / B_iso mean: 81.3783 Å² / B_iso min: 29.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.9→38.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13706	0	4	8	13718
B_iso mean	-	-	61.38	55.63	-
残基数	-	-	-	-	1688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	14062
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.381	19013
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	2046
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2481
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.549	8439

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	7818	X-RAY DIFFRACTION	5.976	TORSIONAL
1	2	B	7818	X-RAY DIFFRACTION	5.976	TORSIONAL
1	3	C	7818	X-RAY DIFFRACTION	5.976	TORSIONAL
1	4	D	7818	X-RAY DIFFRACTION	5.976	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.9001-2.9726	0.4058	111	0.3614	2142	2253	75
2.9726-3.0529	0.3911	126	0.3122	2386	2512	83
3.0529-3.1427	0.3302	142	0.2839	2711	2853	94
3.1427-3.2441	0.3846	142	0.2858	2714	2856	96
3.2441-3.36	0.3509	144	0.2888	2732	2876	96
3.36-3.4944	0.3775	141	0.2765	2691	2832	94
3.4944-3.6533	0.2981	142	0.2576	2689	2831	93
3.6533-3.8458	0.336	142	0.2541	2702	2844	94
3.8458-4.0864	0.3206	139	0.2327	2625	2764	91
4.0864-4.4015	0.2827	140	0.2093	2660	2800	92
4.4015-4.8437	0.2563	141	0.189	2681	2822	93
4.8437-5.5427	0.2787	140	0.2036	2670	2810	92
5.5427-6.9763	0.3015	140	0.2377	2647	2787	91
6.9763-38.1067	0.2483	140	0.2249	2648	2788	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8967	-2.0088	1.0041	5.1156	-1.3632	0.6034	-0.1944	-0.2757	0.058	0.5876	0.3379	0.4295	0.2522	-0.3415	-0.1073	1.0229	0.0053	0.0174	0.5312	0.0539	0.3858	-29.2548	30.1909	80.6921
2	0.841	-0.2354	0.0263	0.8886	-0.1591	1.5242	0.085	-0.0383	-0.2921	0.0197	-0.0215	0.0259	0.3656	-0.0218	-0.0542	1.0062	-0.064	-0.1084	0.3435	0.0414	0.3645	-6.224	11.3761	71.2624
3	2.5473	1.073	0.5312	3.5746	-0.1207	1.447	-0.1876	0.4381	-0.1184	-0.5437	-0.0437	-0.3782	0.2306	-0.0559	0.212	0.4129	0.0494	0.1277	0.4077	-0.0298	0.2743	2.4833	28.1777	18.6672
4	1.4559	0.1006	0.295	1.6752	-0.1848	1.3621	0.0924	0.1329	-0.4939	0.0572	-0.0399	0.0166	0.2752	-0.1444	-0.04	0.7598	0.0821	-0.0582	0.3095	-0.0602	0.4367	-21.1799	10.5474	27.6726
5	1.5839	-1.3899	0.04	4.1815	-0.2419	1.2305	0.2856	0.0664	0.3838	-0.0459	-0.2591	-0.9117	-0.7522	0.4153	-0.0607	0.4623	-0.0449	0.0782	0.3821	0.0294	0.2546	17.3796	31.7354	62.1777
6	0.7881	-0.1223	0.0166	1.1742	-0.2435	0.667	-0.0127	-0.0771	0.1998	-0.2377	-0.0358	0.0287	-0.4788	0.0424	0.0546	1.1514	-0.0572	-0.0642	0.369	0.008	0.4095	-5.3677	50.1435	70.8076
7	1.8729	0.8483	-0.5261	6.5427	-2.2991	2.0095	-0.0233	0.2652	-0.1378	-0.5666	0.1291	-0.0506	0.207	-0.0587	-0.1341	0.4699	0.036	0.106	0.3958	-0.0113	0.3206	-45.6168	32.1773	31.5803
8	1.8887	-0.201	0.2567	0.8142	0.1755	1.626	-0.0383	0.2925	0.644	0.2796	-0.0004	-0.1118	-0.4762	0.0667	0.0301	0.7245	0.0212	0.0453	0.3807	0.0465	0.3182	-21.7963	49.1773	23.7322

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 22 through 115)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 116 through 450)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B and (resid 22 through 115)	B
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and (resid 116 through 447)	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain C and (resid 21 through 115)	C
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain C and (resid 116 through 447)	C
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain D and (resid 20 through 115)	D
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain D and (resid 116 through 449)	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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