PDB-5dd6: Crystal structures in an anti-HIV antibody lineage from immunizat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dd6

タイトル

Crystal structures in an anti-HIV antibody lineage from immunization of Rhesus macaques

要素

ANTI-HIV ANTIBODY DH570.mut58 FAB HEAVY CHAIN
ANTI-HIV ANTIBODY DH570.mut58 FAB LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HIV HIV-1 gp41 MPER antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Macaca mulatta (アカゲザル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.699 Å

データ登録者

Nicely, N.I. / Pemble IV, C.W. / Haynes, B.F.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2016
タイトル: Initiation of immune tolerance-controlled HIV gp41 neutralizing B cell lineages.
著者: Zhang, R. / Verkoczy, L. / Wiehe, K. / Munir Alam, S. / Nicely, N.I. / Santra, S. / Bradley, T. / Pemble, C.W. / Zhang, J. / Gao, F. / Montefiori, D.C. / Bouton-Verville, H. / Kelsoe, G. / ...

履歴

登録	2015年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月18日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dd6.cif.gz	341.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dd6.ent.gz	281.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dd6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dd6_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dd6_full_validation.pdf.gz	463.2 KB	表示
XML形式データ	5dd6_validation.xml.gz	31.9 KB	表示
CIF形式データ	5dd6_validation.cif.gz	45.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/5dd6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/5dd6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5dd0C 5dd1C 5dd3C 5dd5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4uik-d 4uil-d 2ojz-1 4yr6-2 6ugs-1 6ugu-2 4yr6-1 1jfq-d 5vh3-2 6ev2-1 4wht-2 6dzn-d 1hh6-d 3x3g-d 5u4r-1 6me1-1 4evn-5 4kjw-2 3qpq-4 5ywf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: ANTI-HIV ANTIBODY DH570.mut58 FAB HEAVY CHAIN

L: ANTI-HIV ANTIBODY DH570.mut58 FAB LIGHT CHAIN

A: ANTI-HIV ANTIBODY DH570.mut58 FAB HEAVY CHAIN

B: ANTI-HIV ANTIBODY DH570.mut58 FAB LIGHT CHAIN

95.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: ANTI-HIV ANTIBODY DH570.mut58 FAB HEAVY CHAIN

L: ANTI-HIV ANTIBODY DH570.mut58 FAB LIGHT CHAIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: ANTI-HIV ANTIBODY DH570.mut58 FAB HEAVY CHAIN

B: ANTI-HIV ANTIBODY DH570.mut58 FAB LIGHT CHAIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.557, 66.128, 73.346
Angle α, β, γ (deg.)	116.94, 104.73, 92.90
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	ANTI-HIV ANTIBODY DH570.mut58 FAB HEAVY CHAIN 分子量: 24754.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293, Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	ANTI-HIV ANTIBODY DH570.mut58 FAB LIGHT CHAIN 分子量: 23075.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293, Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium/sodium tartrate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 87986 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.5 % / Net I/σ(I): 18.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.699→29.391 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 25.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2243	1925	2.19 %
R_work	0.1905	-	-
obs	0.1913	87986	92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.699→29.391 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6487	0	0	212	6699

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6738
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.052	9206
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.891	2367
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1074
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1161

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6986-1.7411	0.2879	119	0.2167	5487	X-RAY DIFFRACTION	82
1.7411-1.7881	0.2603	132	0.2106	5903	X-RAY DIFFRACTION	88
1.7881-1.8407	0.2347	147	0.2061	6022	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8407-1.9002	0.2577	129	0.2062	6167	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9002-1.9681	0.2532	143	0.2115	6193	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9681-2.0468	0.2553	140	0.2072	6328	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0468-2.14	0.2611	143	0.2025	6339	X-RAY DIFFRACTION	95
2.14-2.2527	0.2409	144	0.2016	6344	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2527-2.3938	0.2416	135	0.2024	6396	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3938-2.5786	0.2189	148	0.2105	6439	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5786-2.8379	0.2623	142	0.205	6468	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8379-3.248	0.2429	148	0.2066	6417	X-RAY DIFFRACTION	96
3.248-4.0904	0.1867	142	0.1672	6389	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0904-29.3951	0.1842	113	0.1585	5169	X-RAY DIFFRACTION	77

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2536	2.4708	3.7031	1.9859	2.8302	4.9363	-0.5545	-0.9129	-0.5473	1.0598	0.6458	-0.1749	0.7829	0.2253	-0.1192	0.7732	0.4193	-0.1087	0.7573	-0.1084	0.3633	-54.7188	-81.3834	1.9066
2	2.2519	0.785	0.0719	4.7532	2.4997	6.5629	-0.31	-0.5465	0.1455	0.633	0.7534	-0.6737	0.3794	0.5292	-0.3775	0.3847	0.2202	-0.1212	0.4625	-0.2241	0.3029	-52.9071	-73.8309	-6.5525
3	2.1092	-0.3899	0.4292	1.8869	1.0051	3.242	-0.3932	-0.3886	0.1739	0.5683	0.6358	-0.75	0.3644	0.7826	-0.2712	0.4992	0.2578	-0.1554	0.613	-0.2356	0.4128	-49.6916	-73.8088	-4.426
4	-0.1043	0.3816	-0.4374	0.1717	-0.471	4.6955	0.0873	-0.2959	0.1764	0.1138	0.315	-0.1033	1.9699	0.5544	-0.0768	0.9144	0.1654	-0.1808	0.4727	-0.0719	0.3396	-69.1742	-77.4865	21.1207
5	3.1416	-1.1971	-0.4273	2.8318	0.7359	3.1479	-0.157	-0.2283	0.3288	0.3493	0.3142	-0.354	0.0457	0.0846	-0.1219	0.2198	0.0231	-0.0337	0.1427	-0.0606	0.1886	-68.1398	-60.3096	-6.3873
6	4.0492	-1.2546	3.4968	1.4125	-0.5785	6.9292	0.3116	0.0964	-0.3089	-0.1177	0.0085	0.0412	0.4894	0.1367	-0.2807	0.248	0.0035	-0.0025	0.298	-0.0162	0.1574	-75.6697	-64.2645	27.2038
7	3.8099	-4.2642	-5.1401	4.8899	5.8968	7.1119	0.1646	-0.3566	0.7186	0.1283	0.4532	-0.7398	-0.1746	1.392	-0.6351	0.3414	-0.0947	0.0239	0.4719	-0.0374	0.2733	-66.9388	-56.9759	33.9848
8	2.9785	-0.9793	2.0706	2.5405	-0.6528	6.0734	0.1259	-0.0286	-0.0912	-0.0189	0.0848	-0.0298	0.2617	0.092	-0.2047	0.194	-0.0113	0.0108	0.2492	-0.0085	0.1495	-74.9114	-61.959	30.146
9	3.5834	0.6386	-0.6032	1.7173	0.0412	4.7539	0.0146	0.3553	0.2385	-0.1035	0.0412	0.0135	-0.1336	-0.2658	-0.0496	0.1689	-0.01	-0.0041	0.179	0.0293	0.1234	-41.2341	-35.6762	31.1318
10	4.5968	-2.6839	-2.7106	3.7818	3.3422	5.6968	0.1658	-0.0554	0.0674	0.087	-0.1273	-0.1616	0.1667	0.1637	-0.042	0.2137	0.0066	-0.0289	0.2104	0.0257	0.1153	-37.1116	-39.2825	36.8143
11	1.8356	0.5429	-0.67	0.6926	-0.2717	3.2434	-0.0361	-0.1645	0.0059	-0.0489	0.0224	0.0374	0.1579	-0.0254	0.0604	0.1622	-0.027	-0.0128	0.1309	0.0169	0.1258	-38.5328	-36.6985	21.0387
12	3.4237	0.0745	0.7062	3.3519	-0.4459	4.0219	-0.4136	-0.0151	0.5857	-0.178	0.2015	0.1266	-0.9288	0.1638	0.1437	0.4013	-0.0477	-0.0914	0.1935	-0.0024	0.2716	-28.0031	-23.5161	-0.3235
13	1.6904	-0.0434	0.9723	1.5992	-1.1614	4.1184	0.1587	0.0175	-0.0455	-0.0621	-0.0216	0.1556	0.4465	-0.5134	-0.1295	0.2119	-0.1313	-0.0157	0.3851	-0.0016	0.1783	-54.4711	-45.1673	16.0071
14	7.821	-0.2137	1.0232	0.8754	0.2991	2.8486	-0.017	-0.0388	0.1248	-0.0039	0.082	-0.0938	-0.1295	0.1377	-0.0674	0.1438	-0.0301	-0.0159	0.1742	0.0222	0.165	-31.2115	-35.4712	-7.0696
15	4.4696	-1.6039	-3.4428	4.2397	3.555	4.0316	-0.1021	-0.0485	-0.1347	0.0231	0.242	-0.1708	0.3785	0.0927	-0.0971	0.2419	0.0535	-0.0352	0.2244	0.02	0.2688	-25.2024	-44.0911	-5.3
16	5.1781	0.1373	-0.0804	0.9743	0.5676	2.2462	0.0292	0.2722	-0.1011	-0.1336	0.0517	0.0441	-0.035	0.1439	-0.0998	0.1793	-0.0136	-0.018	0.1647	0.0429	0.1922	-29.1774	-38.3288	-9.1099

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( chain A and resid 1:27 )	A	1 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( chain A and resid 28:56 )	A	28 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( chain A and resid 57:100F )	A	57 - 213
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( chain A and resid 100G:213 )	A	1 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( chain B and resid 1:105 )	B	1 - 105
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( chain B and resid 106:148 )	B	106 - 148
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( chain B and resid 149:161 )	B	149 - 161
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( chain B and resid 162:213 )	B	162 - 213
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( chain H and resid 1:54 )	H	1 - 54
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( chain H and resid 55:82C )	H	55 - 214
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( chain H and resid 83:133 )	H	83 - 133
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( chain H and resid 134:214 )	H	134 - 214
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( chain L and resid 1:106 )	L	1 - 106
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( chain L and resid 107:147 )	L	107 - 147
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( chain L and resid 148:163 )	L	148 - 163
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( chain L and resid 164:213 )	L	164 - 213

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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