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万見
- PDB-5d9z: Structure of Colocasia Esculenta Agglutinin with mannose bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d9z
タイトルStructure of Colocasia Esculenta Agglutinin with mannose bound
要素(Tuber agglutinin) x 2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN / PROTEIN-CARBOHYDRATE INTERACTIONS / DIETARY PROTEIN / BETA PRISM II FOLD / 18-AUG
機能・相同性
機能・相同性情報


response to other organism / D-mannose binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Agglutinin, subunit A / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain superfamily / Bulb-type lectin domain profile. / Bulb-type mannose-specific lectin / Orthogonal Prism / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / PHOSPHATE ION / Mannose-specific lectin CEA
類似検索 - 構成要素
生物種Colocasia esculenta (サトイモ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Chattopadhyaya, R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
DST, Government of IndiaInstitutional インド
引用ジャーナル: to be published
タイトル: High resolution crystal structures of Colocasia esculenta agglutinin with and without mannose
著者: Chattopadhyaya, R.
履歴
登録2015年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tuber agglutinin
B: Tuber agglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4988
ポリマ－24,5022
非ポリマー9966
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area11080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.896, 75.896, 124.065
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-319-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tuber agglutinin


分子量: 12012.415 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-132 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Colocasia esculenta (サトイモ) / Plasmid details: local market, food item / 組織: tuber / 参照: UniProt: R9RL27
#2: タンパク質 Tuber agglutinin


分子量: 12489.940 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 140-251 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Colocasia esculenta (サトイモ) / Plasmid details: local market, food item / 組織: tuber / 参照: UniProt: R9RL27
#3: 糖
ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.89 % / 解説: resembles a piece of cut diamond
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 50 molar excess of D-Mannose was added to the purified 8.10 mg/ml lectin stock solution; 2 vols of this was mixed with 1 vol of crystallizing agent containing 0.1 M sodium citrate tribasic pH ...詳細: 50 molar excess of D-Mannose was added to the purified 8.10 mg/ml lectin stock solution; 2 vols of this was mixed with 1 vol of crystallizing agent containing 0.1 M sodium citrate tribasic pH 5.6 and 1.0 M ammonium phosphate monobasic; equilibrated with above crystallizing agent in reservoir; large crystals in 3 weeks
Temp details: fluctuated within 5K

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データ収集

回折平均測定温度: 111 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年12月7日
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→29.04 Å / Num. obs: 39501 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 9.13 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.62 % / Rmerge(I) obs: 0.664 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 24.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3R0E

3r0e


解像度: 1.85→19.803 Å / SU ML: 0.7 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 60.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3693 698 1.98 %Random selection
Rwork0.3156 ---
obs0.3166 35187 97.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.803 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1716 0 65 33 1814
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111823
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5362474
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.922654
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005311
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8501-1.99290.397412520.4133627890
1.9929-2.19320.46881490.43086909100
2.1932-2.510.45841290.41977022100
2.51-3.16030.38921430.36617058100
3.1603-19.80370.30771520.2251722299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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