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- PDB-4gd5: X-ray Crystal Structure of a Putative Phosphate ABC Transporter S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gd5
タイトルX-ray Crystal Structure of a Putative Phosphate ABC Transporter Substrate-Binding Protein with Bound Phosphate from Clostridium perfringens
要素Phosphate ABC transporter, phosphate-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / phosphate ABC transporter / phosphate-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate ion transport / phosphate ion binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphate binding protein / : / PBP domain / PBP superfamily domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Phosphate-binding protein / Phosphate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray Crystal Structure of a Putative Phosphate ABC Transporter Substrate-Binding Protein with Bound Phosphate from Clostridium perfringens
著者: Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
履歴
登録2012年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月20日Group: Other
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphate ABC transporter, phosphate-binding protein
B: Phosphate ABC transporter, phosphate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,49810
ポリマ－59,9982
非ポリマー5008
水12,268681
1
A: Phosphate ABC transporter, phosphate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1654
ポリマ－29,9991
非ポリマー1663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphate ABC transporter, phosphate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3336
ポリマ－29,9991
非ポリマー3345
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.888, 73.302, 56.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phosphate ABC transporter, phosphate-binding protein


分子量: 29998.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
株: ATCC 13124 / 遺伝子: CPF_0617, pstS / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q0TTH0, UniProt: A0A0H2YSI2*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 689分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 681 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25%PEG 3350, 0.2M NaBr, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月6日 / 詳細: Be Lens
放射モノクロメーター: Single Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 49208 / Num. obs: 49208 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 15.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.628 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2427 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BLU-MAXデータ収集
PHENIXモデル構築
BUSTER2.10.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→28.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9604 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU R Cruickshank DPI: 0.103 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1857 2349 5.07 %RANDOM
Rwork0.1505 ---
all0.1523 49208 --
obs0.1523 46348 94.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0328 Å20 Å20.0865 Å2
2---0.8149 Å20 Å2
3----0.2179 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.165 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3670 0 25 681 4376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013837HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.035184HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2.751849SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.73
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.75
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2034 128 5.51 %
Rwork0.1743 2193 -
all0.1759 2321 -
obs-2193 94.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76210.57680.69730.1839-0.4252.3163-0.01460.2128-0.1977-0.06480.1447-0.04180.05250.2186-0.1301-0.0328-0.013900.014-0.0447-0.0549-10.027742.522423.6267
20.12481.1702-0.501801.78061.965-0.04260.2831-0.1607-0.1350.1178-0.0970.04090.0598-0.07520.0569-0.04650.00640.0913-0.0532-0.0182-4.793244.148722.0796
32.6575-0.1445-0.48791.2319-0.06061.3595-0.0749-0.00830.1456-0.06850.06580.0561-0.04270.09090.0092-0.0232-0.04450.0023-0.0557-0.0056-0.0624-5.901753.421733.5216
42.71320.31060.34642.7626-0.2961.3531-0.1024-0.27910.4079-0.13120.00690.0936-0.1817-0.07030.0955-0.0068-0.00720.013-0.0097-0.0438-0.0133-14.036255.712235.9631
51.22260.11690.3990.8214-0.82991.64570.0202-0.0808-0.0720.0304-0.0384-0.0028-0.06460.05580.0181-0.0155-0.00860.0049-0.01510.0135-0.0314-11.017935.918355.2445
60.2775-1.0837-0.85992.93690.34772.16020.025-0.36650.37040.03210.0361-0.3378-0.26710.2752-0.06110.0181-0.06630.0030.057-0.01630.0145-7.038346.239655.5335
70.7721-0.16980.53880.3118-0.56011.46660.0390.0967-0.1328-0.0874-0.0276-0.00770.13190.1025-0.0114-0.01790.00620.006-0.0246-0.0036-0.0195-11.414933.010746.0506
81.72561.182-1.71651.3354-1.66932.99150.0468-0.01580.10040.00290.1240.1935-0.1338-0.0643-0.1707-0.0263-0.00650.0121-0.060.0273-0.0335-20.214246.075539.6303
90.93530.895-0.8344.8873-0.90221.98890.04450.38580.2627-0.20970.01870.1465-0.38260.0914-0.06320.1208-0.0318-0.01770.01540.0190.0021-11.758254.744620.0995
104.13750.38120.59681.5199-0.57875.47650.07640.0767-0.302-0.066-0.0397-0.00640.1659-0.2369-0.0366-0.0123-0.033-0.023-0.0261-0.0260-21.62341.188627.6523
110.74840.2371-1.93860.9341-0.25361.7895-0.06610.31840.2265-0.16850.03870.01080.0213-0.30920.0274-0.0367-0.01550.00360.060.0384-0.068813.65260.567424.5532
120.89730.0715-2.19411.32440.56650.9303-0.050.11740.1876-0.12640.12370.01640.1408-0.2104-0.07360.0148-0.02050.01630.08990.0479-0.064611.436959.950719.2162
132.9042-0.27530.41231.0480.28010.3442-0.06880.1421-0.225-0.08270.0984-0.0301-0.0061-0.0879-0.02960.0002-0.03650.009-0.0234-0.0147-0.02349.899650.103933.5217
142.79040.4832-0.68282.3935-0.23991.7907-0.101-0.2043-0.3935-0.04740.0682-0.13890.32660.03960.03280.0260.005-0.0059-0.02090.0118-0.002217.546746.398435.5933
151.28350.2546-0.08750.75110.88511.75770.0331-0.09220.03240.0671-0.0334-0.06190.1002-0.00850.0003-0.01430.0006-0.0055-0.0353-0.006-0.035115.403666.742755.2578
161.7382-0.69570.03850.9510.12681.510.01230.0381-0.00140.0389-0.0363-0.05320.0484-0.07340.024-0.00870.00150.0006-0.0214-0.0083-0.029612.291465.997249.0461
172.81340.6239-1.49851.011.95083.7417-0.01870.1073-0.0758-0.03310.1436-0.03390.0296-0.0254-0.1248-0.04760.0067-0.00830.0001-0.04960.019329.906764.692546.3774
181.3642-0.0628-0.49580.6328-1.18330.0768-0.05510.0227-0.1231-0.15980.1003-0.12220.2207-0.0063-0.04520.0428-0.01130.0064-0.0128-0.01680.005117.773950.385232.6788
192.99860.175-0.11871.2905-0.05951.8199-0.05710.40340.0146-0.13320.05-0.20010.13650.090.0071-0.0162-0.01220.03790.04610.0263-0.064722.339256.83621.3381
201.86152.9336-0.80491.4432-1.82447.6092-0.070.08790.5304-0.22740.02490.117-0.15450.12210.0451-0.0448-0.03230.0122-0.0353-0.01560.021825.921363.731431.9836
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|34 - A|59 }A34 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|60 - A|69 }A60 - 69
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|70 - A|92 }A70 - 92
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|93 - A|108 }A93 - 108
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|109 - A|165 }A109 - 165
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|166 - A|181 }A166 - 181
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|182 - A|224 }A182 - 224
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|225 - A|243 }A225 - 243
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|244 - A|255 }A244 - 255
10X-RAY DIFFRACTION10{ A|256 - A|276 }A256 - 276
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|34 - B|57 }B34 - 57
12X-RAY DIFFRACTION12{ B|58 - B|68 }B58 - 68
13X-RAY DIFFRACTION13{ B|69 - B|92 }B69 - 92
14X-RAY DIFFRACTION14{ B|93 - B|108 }B93 - 108
15X-RAY DIFFRACTION15{ B|109 - B|165 }B109 - 165
16X-RAY DIFFRACTION16{ B|166 - B|215 }B166 - 215
17X-RAY DIFFRACTION17{ B|216 - B|232 }B216 - 232
18X-RAY DIFFRACTION18{ B|233 - B|247 }B233 - 247
19X-RAY DIFFRACTION19{ B|248 - B|266 }B248 - 266
20X-RAY DIFFRACTION20{ B|267 - B|276 }B267 - 276

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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