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万見
- PDB-5d56: In meso in situ serial X-ray crystallography structure of diacylg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d56
タイトルIn meso in situ serial X-ray crystallography structure of diacylglycerol kinase, DgkA, at 100 K
要素Diacylglycerol kinase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


diacylglycerol kinase (ATP) / lipid kinase activity / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / phosphatidic acid biosynthetic process / response to UV / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #3610 / DAGK family / Diacylglycerol kinase, prokaryotic / Diacylglycerol kinase (DAGK) superfamily / Prokaryotic diacylglycerol kinase / Prokaryotic diacylglycerol kinase signature. / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / ACETATE ION / CITRATE ANION / Diacylglycerol kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Huang, C.-Y. / Howe, N. / Olieric, V. / Warshamanage, R. / Diederichs, K. / Wang, M. / Caffrey, M.
資金援助 アイルランド, 1件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland12/IA/1255 アイルランド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: In meso in situ serial X-ray crystallography of soluble and membrane proteins at cryogenic temperatures.
著者: Huang, C.Y. / Olieric, V. / Ma, P. / Howe, N. / Vogeley, L. / Liu, X. / Warshamanage, R. / Weinert, T. / Panepucci, E. / Kobilka, B. / Diederichs, K. / Wang, M. / Caffrey, M.
履歴
登録2015年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diacylglycerol kinase
B: Diacylglycerol kinase
C: Diacylglycerol kinase
D: Diacylglycerol kinase
E: Diacylglycerol kinase
F: Diacylglycerol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,99920
ポリマ－85,2276
非ポリマー3,77314
水23413
1
A: Diacylglycerol kinase
B: Diacylglycerol kinase
C: Diacylglycerol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,12911
ポリマ－42,6133
非ポリマー2,5168
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8620 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area15530 Å2
手法PISA
2
D: Diacylglycerol kinase
E: Diacylglycerol kinase
F: Diacylglycerol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8709
ポリマ－42,6133
非ポリマー1,2576
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7390 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area14570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.800, 93.040, 143.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Diacylglycerol kinase / DAGK / Diglyceride kinase / DGK


分子量: 14204.451 Da / 分子数: 6 / 変異: A41C, C46A, I53V, I70L, M96L, V107D and C113A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: dgkA, b4042, JW4002 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABN1, diacylglycerol kinase (ATP)

-
非ポリマー , 5種, 27分子

#2: 化合物
ChemComp-78M / (2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / 7.8 MONOACYLGLYCEROL


分子量: 314.460 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 3-6 %(v/v) MPD, 0.1 M NaCl, 60 mM Mg(CH3COO)2 and 50 mM Na3C6H5O7, pH 5.6
PH範囲: 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 25188 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 9.3 % / Net I/σ(I): 4.42
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 8.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ze3

3ze3


解像度: 2.8→46.52 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2831 1260 5 %
Rwork0.2432 --
obs0.2452 25188 96.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4438 0 260 13 4711
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034759
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.586431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3411672
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022806
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002764
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7738-2.88480.36691050.3212232X-RAY DIFFRACTION83
2.8848-3.01610.35221520.29742659X-RAY DIFFRACTION99
3.0161-3.17510.33521380.27872704X-RAY DIFFRACTION100
3.1751-3.37390.30111450.27082710X-RAY DIFFRACTION100
3.3739-3.63440.31031420.28162650X-RAY DIFFRACTION98
3.6344-3.99990.34911430.26982663X-RAY DIFFRACTION97
3.9999-4.57830.23241340.1982720X-RAY DIFFRACTION99
4.5783-5.76640.27051480.25122750X-RAY DIFFRACTION99
5.7664-46.52650.26451530.22252840X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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