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- PDB-5cdp: 2.45A structure of etoposide with S.aureus DNA gyrase and DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cdp
タイトル2.45A structure of etoposide with S.aureus DNA gyrase and DNA
要素
  • (DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)- ...) x 2
  • (DNA gyrase subunit ...) x 2
キーワードISOMERASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE / ANTIBACTERIAL / INHIBITOR / fusion protein
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B ...Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EVP / : / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Bax, B.D. / Srikannathasan, V. / Chan, P.F.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis of DNA gyrase inhibition by antibacterial QPT-1, anticancer drug etoposide and moxifloxacin.
著者: Chan, P.F. / Srikannathasan, V. / Huang, J. / Cui, H. / Fosberry, A.P. / Gu, M. / Hann, M.M. / Hibbs, M. / Homes, P. / Ingraham, K. / Pizzollo, J. / Shen, C. / Shillings, A.J. / Spitzfaden, C. ...著者: Chan, P.F. / Srikannathasan, V. / Huang, J. / Cui, H. / Fosberry, A.P. / Gu, M. / Hann, M.M. / Hibbs, M. / Homes, P. / Ingraham, K. / Pizzollo, J. / Shen, C. / Shillings, A.J. / Spitzfaden, C.E. / Tanner, R. / Theobald, A.J. / Stavenger, R.A. / Bax, B.D. / Gwynn, M.N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Crystallization and initial crystallographic analysis of covalent DNA-cleavage complexes of Staphyloccocus aureus DNA gyrase with QPT-1, moxifloxacin and etoposide.
著者: Srikannathasan, V. / Wohlkonig, A. / Shillings, A. / Singh, O. / Chan, P.F. / Huang, J. / Gwynn, M.N. / Fosberry, A.P. / Homes, P. / Hibbs, M. / Theobald, A.J. / Spitzfaden, C. / Bax, B.D.
履歴
登録2015年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit A
B: DNA gyrase subunit B
C: DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B
E: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
G: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,80514
ポリマ－165,0068
非ポリマー7996
水13,818767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22220 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area57170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.364, 93.364, 411.244
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

-
DNA gyrase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit A


分子量: 54738.453 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 9-491 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain N315) (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: gyrA, SA0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3
#2: タンパク質 DNA gyrase subunit B / Greek key deletion construct


分子量: 21345.270 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 417-542, 580-640 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain N315) (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: gyrB, SA0005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P66937, EC: 5.99.1.3

-
DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)- ... , 2種, 4分子 EFGH

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')


分子量: 2451.630 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')


分子量: 3967.585 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 773分子

#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物 ChemComp-EVP / (5S,5aR,8aR,9R)-9-(4-hydroxy-3,5-dimethoxyphenyl)-8-oxo-5,5a,6,8,8a,9-hexahydrofuro[3',4':6,7]naphtho[2,3-d][1,3]dioxol -5-yl 4,6-O-[(1R)-ethylidene]-beta-D-glucopyranoside / Etoposide / VP-16 / エトポシド


分子量: 588.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H32O13 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 767 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細chains B and D is a Greek key deletion construct in which residues 544-579 of GyrB have been ...chains B and D is a Greek key deletion construct in which residues 544-579 of GyrB have been deleted and replaced with two residues TG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 150mM Bistris pH6.2, 11% PEG 5000 MME / PH範囲: 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→40 Å / Num. obs: 70926 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 46.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.026 / Net I/av σ(I): 12.224 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 199618
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.45-2.492.80.44834950.95895.5
2.49-2.542.90.40335190.95795.9
2.54-2.592.80.35235440.98695.5
2.59-2.642.90.31535090.99495.7
2.64-2.72.80.27335551.00996.1
2.7-2.762.80.2435440.96495.7
2.76-2.832.80.20235991.00196.3
2.83-2.92.80.17935290.99696
2.9-2.992.80.14635080.99295.7
2.99-3.092.80.13135611.00496.1
3.09-3.22.80.11135471.02996.3
3.2-3.322.80.09135671.00696.1
3.32-3.482.80.07635421.04495.6
3.48-3.662.80.06335230.97795.7
3.66-3.892.80.05835611.02495.9
3.89-4.192.70.05735321.14195.8
4.19-4.612.80.06535611.64195.9
4.61-5.272.80.06235481.5496
5.27-6.642.70.04535940.83496.2
6.64-402.80.02135880.45795.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XCS

2xcs


解像度: 2.45→39.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9395 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9154 / SU R Cruickshank DPI: 0.345 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.347 / SU Rfree Blow DPI: 0.218 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.221
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 2860 4.03 %RANDOM
Rwork0.1766 ---
obs0.178 70923 95.88 %-
原子変位パラメータBiso max: 131.28 Å2 / Biso mean: 37.83 Å2 / Biso min: 3.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9203 Å20 Å20 Å2
2--0.9203 Å20 Å2
3----1.8407 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.283 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→39.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10611 801 48 770 12230
Biso mean--46.57 38.79 -
残基数----1385
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4397SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes335HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1700HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12151HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1594SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14423SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d12151HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16614HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.37
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2491 178 3.48 %
Rwork0.2181 4932 -
all0.2192 5110 -
obs--95.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.20510.248-1.02240.4943-0.38260.69270.013-0.34110.2569-0.0010.01260.1253-0.03230.0476-0.02560.09160.01390.01490.0452-0.0920.027613.567154.139163.5699
21.00360.1172-0.01441.003-0.00360.845-0.0077-0.0128-0.13330.08920.0093-0.01780.0350.0281-0.0016-0.02520.01160.0199-0.1168-0.0147-0.036730.154529.447634.4189
3-1.35161.1690.84372.4014-0.65250.5606-0.00080.0571-0.0003-0.0107-0.0445-0.06790.02150.09610.04530.10590.03970.0051-0.0737-0.00330.125629.7393-2.151740.6425
43.74840.7670.63431.630.11330.00050.112-0.1881-0.061-0.032-0.0445-0.21550.088-0.1848-0.06740.13530.03130.0109-0.05370.01290.05411.4855-13.327246.3929
52.9039-0.09020.76580.83062.38744.4554-0.0011-0.30040.05830.1801-0.0176-0.08740.11450.10260.01870.0770.033-0.00030.0796-0.00420.004632.966647.011861.8178
64.4306-0.8232-0.57831.41060.51590.6911-0.00370.370.3353-0.07340.0344-0.12-0.2424-0.0363-0.03070.16930.04980.02140.12530.0850.0673-0.480753.77916.5289
71.0923-0.0406-0.0590.55510.06440.6315-0.0242-0.0134-0.16-0.0493-0.0280.01270.01220.01380.05220.01290.0650.02-0.0883-0.0213-0.0252-18.638834.184348.0776
8-0.0022-0.55181.35872.0690.06620.68550.0434-0.02570.0314-0.0152-0.06510.08410.0502-0.03820.02170.0668-0.01180.0325-0.0712-0.06350.1655-22.9212.437343.8096
93.5642-0.5585-0.02251.4889-0.07690.29980.0439-0.0972-0.1630.0023-0.04810.0320.05420.09680.00410.09440.02610.0143-0.1042-0.03940.0402-7.3218-11.724440.7547
103.1185-0.45961.80840.9928-0.96123.8957-0.01250.29740.0284-0.1661-0.0072-0.00280.029-0.16340.01970.15520.086-0.0120.13490.0016-0.0166-20.821949.819418.7056
110.9631-0.7961-0.2890.26040.36791.4662-0.05030.13880.1285-0.18560.00740.1239-0.2016-0.23860.04290.0634-0.0441-0.0267-0.00350.03380.156319.959850.947840.378
121.68890.9277-0.57330.8307-0.47741.0586-0.0461-0.08090.15750.14590.0163-0.0702-0.1380.17710.02990.14450.1406-0.02990.0245-0.03610.1576-10.703953.640639.6435
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ B|417 - B|608 M|1001 }B417 - 608
2X-RAY DIFFRACTION1{ B|417 - B|608 M|1001 }M1001
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|29 - A|244 A|328 - A|369 A|461 - A|491 }A29 - 244
4X-RAY DIFFRACTION2{ A|29 - A|244 A|328 - A|369 A|461 - A|491 }A328 - 369
5X-RAY DIFFRACTION2{ A|29 - A|244 A|328 - A|369 A|461 - A|491 }A461 - 491
6X-RAY DIFFRACTION3{ A|374 - A|379 A|451 - A|460 }A374 - 379
7X-RAY DIFFRACTION3{ A|374 - A|379 A|451 - A|460 }A451 - 460
8X-RAY DIFFRACTION4{ A|380 - A|450 }A380 - 450
9X-RAY DIFFRACTION5{ A|9 - A|28 B|609 - B|640 }A9 - 28
10X-RAY DIFFRACTION5{ A|9 - A|28 B|609 - B|640 }B609 - 640
11X-RAY DIFFRACTION6{ D|417 - D|608 M|1 }D417 - 608
12X-RAY DIFFRACTION6{ D|417 - D|608 M|1 }M1
13X-RAY DIFFRACTION7{ C|29 - C|244 C|328 - C|329 C|461 - C|490 }C29 - 244
14X-RAY DIFFRACTION7{ C|29 - C|244 C|328 - C|329 C|461 - C|490 }C328 - 329
15X-RAY DIFFRACTION7{ C|29 - C|244 C|328 - C|329 C|461 - C|490 }C461 - 490
16X-RAY DIFFRACTION8{ C|373 - C|379 C|451 - C|460 }C373 - 379
17X-RAY DIFFRACTION8{ C|373 - C|379 C|451 - C|460 }C451 - 460
18X-RAY DIFFRACTION9{ C|380 - C|450 }C380 - 450
19X-RAY DIFFRACTION10{ C|10 - C|28 D|609 - D|639 }C10 - 28
20X-RAY DIFFRACTION10{ C|10 - C|28 D|609 - D|639 }D609 - 639
21X-RAY DIFFRACTION11{ E|1 - E|8 F|2008 - F|2019 I|1 }E1 - 8
22X-RAY DIFFRACTION11{ E|1 - E|8 F|2008 - F|2019 I|1 }F2008 - 2019
23X-RAY DIFFRACTION11{ E|1 - E|8 F|2008 - F|2019 I|1 }I1
24X-RAY DIFFRACTION12{ E|2008 - E|2020 F|1 - F|8 }E2008 - 2020
25X-RAY DIFFRACTION12{ E|2008 - E|2020 F|1 - F|8 }F1 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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