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- PDB-5c0y: Crystal structure of the Rrp6 catalytic domain bound to poly(U) RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c0y
タイトルCrystal structure of the Rrp6 catalytic domain bound to poly(U) RNA
要素
  • Exosome complex exonuclease RRP6
  • poly U RNA
キーワードHYDROLASE / Exoribonuclease / RNA processing and degradation / nuclear RNA Exosome
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing ...nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / histone mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / rRNA primary transcript binding / RNA catabolic process / regulation of telomere maintenance / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / RNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / single-stranded RNA binding / nucleotide binding / nucleolus / nucleus
類似検索 - 分子機能
Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like / : / PMC2NT (NUC016) domain / HRDC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / HRDC domain superfamily ...Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like / : / PMC2NT (NUC016) domain / HRDC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / HRDC domain superfamily / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / HRDC-like superfamily / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Exosome complex exonuclease RRP6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schuch, B. / Conti, E.
資金援助 ドイツ, スイス, 4件
組織認可番号国
European Research CouncilAdvanced Investigator Grant 294371 ドイツ
Marie CurieITN RNPnet ドイツ
German Research FoundationSFB646, SFB1035, GRK1721, FOR1680 and CIPSM ドイツ
Louis-Jeantet Foundation スイス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: RNA degradation paths in a 12-subunit nuclear exosome complex.
著者: Makino, D.L. / Schuch, B. / Stegmann, E. / Baumgartner, M. / Basquin, C. / Conti, E.
履歴
登録2015年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月8日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exosome complex exonuclease RRP6
B: Exosome complex exonuclease RRP6
D: poly U RNA
C: poly U RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,2645
ポリマ－103,2404
非ポリマー241
水10,593588
1
A: Exosome complex exonuclease RRP6
C: poly U RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6202
ポリマ－51,6202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Exosome complex exonuclease RRP6
D: poly U RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6443
ポリマ－51,6202
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.186, 110.186, 78.883
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth seq-ID: 127 - 515 / Label seq-ID: 11 - 399

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

-
要素

#1: タンパク質 Exosome complex exonuclease RRP6 / Ribosomal RNA-processing protein 6


分子量: 47072.430 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 122-518 / 変異: D296N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: RRP6, UNC733, YOR001W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q12149, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: RNA鎖 poly U RNA


分子量: 4547.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 588 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% PEG3350, 100 mM Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.1→47.71 Å / Num. obs: 62575 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 22.5 / Num. measured all: 402597 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible allRmerge(I) obs
2.1-2.155.91.52753547050.520.553100
9.39-47.716.7103.2471370310.00699.20.015

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.1 Å47.71 Å
Translation2.1 Å47.71 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.1.27データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→47.71 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 20.31 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1801 3003 4.8 %
Rwork0.1481 59518 -
obs0.1507 62547 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 160.5 Å2 / Biso mean: 54.8674 Å2 / Biso min: 24.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→47.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6341 166 54 588 7149
Biso mean--63.55 48.92 -
残基数----781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0176693
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.269124
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581021
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1612540
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3581X-RAY DIFFRACTION7.488TORSIONAL
12B3581X-RAY DIFFRACTION7.488TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1002-2.13640.33171600.27972972313295
2.1364-2.17520.29791380.25942965310396
2.1752-2.21710.25851190.25073025314496
2.2171-2.26230.27671220.23793051317396
2.2623-2.31150.26961280.24092944307296
2.3115-2.36520.28051410.23032966310795
2.3652-2.42440.28021190.21663032315196
2.4244-2.48990.22851420.2092997313995
2.4899-2.56310.24521740.2052966314094
2.5631-2.64580.22691650.19222946311195
2.6458-2.74040.2181690.18242959312895
2.7404-2.850.18691650.17582943310895
2.85-2.97970.17891550.16482988314395
2.9797-3.13660.20431410.15432988312995
3.1366-3.3330.19611510.14372959311095
3.333-3.590.15871850.13942950313594
3.59-3.95080.15861620.12242957311995
3.9508-4.52120.15571550.10782968312395
4.5212-5.69130.1421430.10452985312895
5.6913-32.80490.14591690.12272957312695
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.10160.5286-0.32480.4272-0.02471.99170.0854-0.4704-0.41490.37960.1917-0.79940.30730.735-0.15140.48950.1224-0.17180.6929-0.08740.78622.678228.56481.0748
22.010.0163-0.29022.15540.55062.7038-0.0466-0.2024-0.10690.16070.0659-0.3280.256-0.1148-0.03820.27740.0017-0.0270.3964-0.03910.36034.097130.2338-5.7686
32.9763-0.59530.20622.42761.0563.62150.0972-0.11580.2804-0.10490.004-0.2078-0.3225-0.4230.01880.27980.00840.04850.39370.00430.3485-1.653238.8575-9.0913
43.0818-0.1347-0.08061.96370.42372.2358-0.03560.25470.2945-0.01480.2355-0.8053-0.00780.7454-0.08490.4025-0.00190.02970.5327-0.10530.718819.66829.161-15.0222
51.34770.41380.54432.14710.03072.35210.11660.5798-0.1179-0.2687-0.1125-0.0124-0.16790.08210.03070.34410.0723-0.02890.5864-0.09590.313232.289259.9407-7.2417
62.16210.93550.19162.8934-0.18921.94290.08480.13720.6969-0.23180.10780.7166-0.3037-0.4143-0.14890.49440.1531-0.02840.54490.17480.722213.222534.8914-48.6009
71.3924-0.09460.22.2459-0.33372.29690.11650.19630.1559-0.3104-0.11860.25030.2512-0.1172-0.04580.35220.05170.01560.28690.02620.34423.984618.7439-42.5651
82.2393-0.4691-0.40892.8711-0.95233.02250.11770.04010.2992-0.1399-0.2028-0.25970.13580.4810.06580.3420.08460.03960.27860.02810.309234.610417.8966-39.2893
92.37070.001-0.25810.06380.00392.4880.11530.11080.75620.2722-0.11420.281-0.591-0.1532-0.19910.35350.05910.13320.35270.03080.656215.88931.5077-33.1812
101.70390.51020.59312.9898-0.05632.6538-0.107-0.5772-0.16210.56870.19620.2162-0.15230.0889-0.05130.45280.14130.07140.45060.07350.249936.041157.8311-41.7807
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 127 through 183 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 184 through 336 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 337 through 382 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 383 through 420 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 423 through 515 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 127 through 183 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 184 through 335 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 336 through 382 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 383 through 419 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 428 through 515 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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