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- PDB-5brr: Michaelis complex of tPA-S195A:PAI-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5brr
タイトルMichaelis complex of tPA-S195A:PAI-1
要素
  • Plasminogen activator inhibitor 1
  • Tissue-type plasminogen activator
キーワードHYDROLASE INHIBITOR/HYDROLASE / Tissue-Type Plasminogen Activator Catalytic Domain / Plasminogen Activator Inhibitor 1 / Structure-Activity Relationship / Thrombolysis / HYDROLASE INHIBITOR-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


t-plasminogen activator / positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / prevention of polyspermy / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / peptidase inhibitor complex / positive regulation of coagulation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / negative regulation of smooth muscle cell migration ...t-plasminogen activator / positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / prevention of polyspermy / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / peptidase inhibitor complex / positive regulation of coagulation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / negative regulation of smooth muscle cell migration / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of wound healing / positive regulation of odontoblast differentiation / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / Signaling by PDGF / regulation of signaling receptor activity / negative regulation of plasminogen activation / positive regulation of monocyte chemotaxis / Dissolution of Fibrin Clot / smooth muscle cell migration / plasminogen activation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / replicative senescence / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / ECM proteoglycans / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / negative regulation of proteolysis / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / secretory granule / negative regulation of cell migration / platelet alpha granule lumen / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / positive regulation of interleukin-8 production / phosphoprotein binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / protein modification process / Schaffer collateral - CA1 synapse / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / apical part of cell / blood coagulation / Platelet degranulation / : / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / angiogenesis / defense response to Gram-negative bacterium / response to hypoxia / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / glutamatergic synapse / cell surface / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tissue plasminogen activator / Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 ...Tissue plasminogen activator / Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / EGF-like domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Roll / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Tissue-type plasminogen activator / Plasminogen activator inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Gong, L.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31170707 中国
National Natural Science Foundation of China31370737 中国
CAS/SFEA International Partnership Program for Creative Research Teams 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of the Michaelis Complex between Tissue-type Plasminogen Activator and Plasminogen Activators Inhibitor-1
著者: Gong, L. / Liu, M. / Zeng, T. / Shi, X. / Yuan, C. / Andreasen, P.A. / Huang, M.
履歴
登録2015年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22015年9月16日Group: Database references
改定 1.32015年11月11日Group: Database references
改定 1.42017年10月18日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Plasminogen activator inhibitor 1
E: Tissue-type plasminogen activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4247
ポリマ－70,9062
非ポリマー5195
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area25370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.740, 73.940, 201.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Plasminogen activator inhibitor 1 / PAI-1 / Endothelial plasminogen activator inhibitor / Serpin E1


分子量: 42782.023 Da / 分子数: 1 / 変異: N150H, K154T, Q319L, M354I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINE1, PAI1, PLANH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05121
#2: タンパク質 Tissue-type plasminogen activator / tPA


分子量: 28123.844 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 311-562 / 変異: C120A, N173Q, S203A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAT / 発現宿主: Komagataella pastoris CBS 7435 (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: P00750, t-plasminogen activator
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 8% PEG 6000, 0.1 M Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.16→35.43 Å / Num. obs: 13390 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル最高解像度: 3.16 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
MOLREPモデル構築
HKL-2000データ収集
精密化解像度: 3.16→35.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / SU B: 25.619 / SU ML: 0.448 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27596 662 4.9 %RANDOM
Rwork0.20349 ---
obs0.2071 12728 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.843 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.55 Å20 Å2-0 Å2
2---2.61 Å20 Å2
3---6.16 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.16→35.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4918 0 34 36 4988
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195045
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.024818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5221.9556791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.885311061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6885596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.47923.636231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.61115849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.2291534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2763
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215515
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021167
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4374.6632465
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4354.6622464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1186.9723034
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1186.9733035
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1944.9322580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1934.9322580
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.737.2913758
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.13537.7275905
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.13537.7295906
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.16→3.242 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 59 -
Rwork0.238 893 -
obs--99.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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