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- PDB-3cbo: SET7/9-ER-AdoHcy complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cbo
タイトルSET7/9-ER-AdoHcy complex
要素
  • Estrogen receptor
  • Histone-lysine N-methyltransferase SETD7
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE RECEPTOR / Estrogen receptor / protein lysine methylation / Activator / Chromatin regulator / Chromosomal protein / Methyltransferase / Nucleus / S-adenosyl-L-methionine / Transcription / Transcription regulation / Transferase / DNA-binding / Lipid-binding / Metal-binding / Phosphoprotein / Steroid-binding / Zinc-finger / TRANSFERASE-TRANSFERASE RECEPTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


heterochromatin organization / peptidyl-lysine monomethylation / peptidyl-lysine dimethylation / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / histone H3 methyltransferase activity / regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis ...heterochromatin organization / peptidyl-lysine monomethylation / peptidyl-lysine dimethylation / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / histone H3 methyltransferase activity / regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / histone methyltransferase activity / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / mammary gland branching involved in pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / steroid hormone receptor signaling pathway / androgen metabolic process / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / regulation of DNA repair / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / estrogen receptor signaling pathway / protein localization to chromatin / steroid binding / 14-3-3 protein binding / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of miRNA transcription / nitric-oxide synthase regulator activity / ESR-mediated signaling / TBP-class protein binding / transcription coregulator binding / nuclear estrogen receptor binding / transcription corepressor binding / stem cell differentiation / cellular response to estradiol stimulus / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / beta-catenin binding / PKMTs methylate histone lysines / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / transcription coactivator binding / nuclear receptor activity / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of fibroblast proliferation / male gonad development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / p53 binding / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / chromosome / chromatin organization / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / response to ethanol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain / Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain / Histone-lysine N-methyltransferase, SET / SETD7, SET domain / : / Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7 N-terminal / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / MORN motif / MORN repeat / Beta-clip-like ...Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain / Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain / Histone-lysine N-methyltransferase, SET / SETD7, SET domain / : / Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7 N-terminal / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / MORN motif / MORN repeat / Beta-clip-like / SET domain / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / : / Single Sheet / Beta Complex / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Estrogen receptor / Histone-lysine N-methyltransferase SETD7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Cheng, X. / Jia, D.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Regulation of estrogen receptor alpha by the SET7 lysine methyltransferase.
著者: Subramanian, K. / Jia, D. / Kapoor-Vazirani, P. / Powell, D.R. / Collins, R.E. / Sharma, D. / Peng, J. / Cheng, X. / Vertino, P.M.
履歴
登録2008年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase SETD7
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4367
ポリマ－29,7252
非ポリマー7115
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-9.4 kcal/mol
Surface area11840 Å2
手法PISA
2
A: Histone-lysine N-methyltransferase SETD7
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子

A: Histone-lysine N-methyltransferase SETD7
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,87214
ポリマ－59,4504
非ポリマー1,42210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-28.2 kcal/mol
Surface area22380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.707, 38.870, 66.338
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase SETD7 / Histone H3-K4 methyltransferase SETD7 / H3-K4-HMTase SETD7 / SET domain-containing protein 7 / ...Histone H3-K4 methyltransferase SETD7 / H3-K4-HMTase SETD7 / SET domain-containing protein 7 / SET7/9 / Lysine N-methyltransferase 7


分子量: 28563.785 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 111-366 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SETD7, KIAA1717, KMT7, SET7, SET9 / プラスミド: pXC408 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)C+ / キーワード: catalytic domain / 参照: UniProt: Q8WTS6, histone-lysine N-methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Estrogen receptor / ER / Estradiol receptor / ER-alpha / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 1161.419 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 298-307 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ER peptide / キーワード: ER peptide / 参照: UniProt: P03372

-
非ポリマー , 4種, 142分子

#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 40-42.5% PEG3350, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→25.55 Å / Num. obs: 31642 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 2965 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1O9S

1o9s


解像度: 1.65→25.55 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 1459 -RANDOM
Rwork0.195 ---
obs-31642 97.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.43 Å20 Å20 Å2
2---1.32 Å20 Å2
3----1.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.18 Å
Luzzati d res low-35 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→25.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1869 0 44 137 2050
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.037
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 46 -
Rwork0.258 --
obs-2965 92.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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