+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5zlz | ||||||||||||||||||
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Title | Structure of tPA and PAI-1 | ||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE INHIBITOR/HYDROLASE / PAI-1 / fibrinolysis / PAItrap2 / HYDROLASE INHIBITOR-HYDROLASE complex | ||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information t-plasminogen activator / positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / prevention of polyspermy / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / negative regulation of smooth muscle cell migration / peptidase inhibitor complex / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of wound healing ...t-plasminogen activator / positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / prevention of polyspermy / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / negative regulation of smooth muscle cell migration / peptidase inhibitor complex / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of wound healing / positive regulation of odontoblast differentiation / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / Signaling by PDGF / negative regulation of endopeptidase activity / negative regulation of plasminogen activation / negative regulation of blood coagulation / regulation of signaling receptor activity / positive regulation of monocyte chemotaxis / Dissolution of Fibrin Clot / smooth muscle cell migration / plasminogen activation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / replicative senescence / ECM proteoglycans / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / negative regulation of cell migration / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / platelet alpha granule lumen / secretory granule / positive regulation of interleukin-8 production / negative regulation of proteolysis / phosphoprotein binding / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Schaffer collateral - CA1 synapse / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protein modification process / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / blood coagulation / Platelet degranulation / apical part of cell / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / defense response to Gram-negative bacterium / protease binding / response to hypoxia / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / cell surface / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.581 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Min, L. / Huang, M. | ||||||||||||||||||
Funding support | China, 5items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Development of a PAI-1 trapping agent (PAItrap2) based on inactivated tPA-SPD and the crystal structure of PAItrap2 in complex with PAI-1 Authors: Min, L. / Huang, M. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5zlz.cif.gz | 264.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5zlz.ent.gz | 214.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5zlz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5zlz_validation.pdf.gz | 807 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5zlz_full_validation.pdf.gz | 819.6 KB | Display | |
Data in XML | 5zlz_validation.xml.gz | 23.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5zlz_validation.cif.gz | 31.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/5zlz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/5zlz | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42212.379 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: N173H, K177T, Q342L, M377I Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SERPINE1, PAI1, PLANH1 Production host: prokaryotic environmental samples (environmental samples) References: UniProt: P05121 |
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#2: Protein | Mass: 28008.666 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C430A, F458E, N483Q, S513A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PLAT Production host: prokaryotic environmental samples (environmental samples) References: UniProt: P00750, t-plasminogen activator |
#3: Chemical |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 4-8% PEG 3350, 20 mM bis-Tris-HCl pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.979 Å |
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Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Jan 1, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.581→48.535 Å / Num. obs: 8956 / % possible obs: 99.97 % / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 7.6 |
Reflection shell | Resolution: 3.581→3.709 Å / Rmerge(I) obs: 0.561 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1A5H, 3PB1 Resolution: 3.581→48.535 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.81
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.581→48.535 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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